eShop in silico

• メインフィーチャーマップに現在表示されている領域の配列を表示するビューアです。
• ビューア上で表示範囲の変更、逆ストランドの表示・非表示、アミノ酸翻訳の表示・非表示、目盛りの表示方法の変更、1行の表示塩基数を表示できます。
• PDF, PNG, EMFのフォーマットでそれぞれ画像ファイルが出力できます。

• ゲノムアノテーション用に用意されたツールです。
• 主としてCDSに注釈を付加するために使用します。
• ウィンドウは3部分に分かれ、注釈を入力・直接編集できるデスクリプションペイン、相同性検索の結果をCDSフィーチャー自体にリンクさせそれらを表示し、転記できます。
• 配列表示領域には同時に既存をフィーチャーも選択的に表示できます。
• 配列、フィーチャー、目盛りの表示設定は変更できます。
• 表示内容はPDF,PNG,EMF形式で画像ファイル出力可能です。
• このウィンドウからこのフィーチャーをクエリーとする相同性検索も実行でき、結果はただちにリンクされます。

• 現在ロードされているゲノム配列に関する環状ゲノムマップの設計編集、フィーチャー同心円の追加・編集・削除、プロファイル同心円の追加・編集・削除、複数ゲノムの自動マップ生成、印刷・画像ファイル出力（PDF, PNG, EMF)が可能です。
• 設計されたサーキュラーレイアウトは、レイアウトスタイルとして保存でき、別のゲノム配列も同様のデザインで作成できます。
• 様々なスタイルの同心円をマップに追加できます。
• 1個の同心円には、複数のフィーチャーを表示設定でき、ストランド指定、カラー分類、指定フィーチャーのみの表示などができます。
• またGC含量などのコンテントマップも解像度などを自由に設定できます。
• カレントディレクトリにロードされているゲノム配列を順次切り替えて描画することも可能です。
• マップの解像度、直径、フォンサイズ、およびマップ名を変更できます。

• 環状ゲノムマップエディターに類似していますが、比較的小さな環状ゲノムを描画します。
• 環状レーンは同心円状に配置され、１つの同心円上に複数のフィーチャーキーを配置できます。
• ストランド、フレーム別、フィーチャー形状、塗りと枠のカラー指定、枠の太さ、カラー分類法の選択、ラベルの表示・非表示、ラベルとして使用するQualifierの選択、フォントサイズ、２つの同心円のオーバーレイ機能、目盛り間隔を変更できます。
• 設計したスタイルは保存でき、他のプラスミドに適用できます。
• 同心円の順序変更や追加・削除、編集が可能です。
• プラスミドマップはPDF, PNG, EMFの3種の画像フォーマットでファイル出力可能です。

• ABI, SCFのキャピラリーシーケンサからの出力ファイルを読み込んだ時に使用されるビューア・エディターです。
• 塩基配列だけでなく、その波形（トレース）を表示できます。
• ベースコールを変更できます。

デスクリプションウィンドウは、フィーチャーのQualifierに値を入力・編集するためのウィンドウです。

フィーチャー上の右クリックで起動され、そのフィーチャーのQualifierをすべて編集することができます。

また、フィーチャーのPositionも変更できます。

さらに、フィーチャーが属するFeature Keyも変更可能です。