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A.A.

Abbreviation of Amino Acids

ACE

The output file format of Phrap assembler. This file can be generated or imported by the GenomeTraveler.

BPMAP

Affymetrix File Format

CEL

Affymetrix File Format

COG: CELLULAR PROCESSES AND SIGNALING

[D] Cell cycle control, cell division, chromosome partitioning

[Y] Nuclear structure

[V] Defense mechanisms

[T] Signal transduction mechanisms

[M] Cell wall/membrane/envelope biogenesis

[N] Cell motility

[Z] Cytoskeleton

[W] Extracellular structures

[U] Intracellular trafficking, secretion, and vesicular transport

[O] Posttranslational modification, protein turnover, chaperones

COG: INFORMATION STORAGE AND PROCESSING

[J] Translation, ribosomal structure and biogenesis

[A] RNA processing and modification

[K] Transcription

[L] Replication, recombination and repair

[B] Chromatin structure and dynamics

COG: METABOLISM

[C] Energy production and conversion

[G] Carbohydrate transport and metabolism

[E] Amino acid transport and metabolism

[F] Nucleotide transport and metabolism

[H] Coenzyme transport and metabolism

[I] Lipid transport and metabolism

[P] Inorganic ion transport and metabolism

[Q] Secondary metabolites biosynthesis, transport and catabolism

COG: POORLY CHARACTERIZED

[R] General function prediction only

[S] Function unknown

CSV

Abbreviation of Comma Separated Value.

Current Sequence Folder (ISB用語)

= Current Folder.

現在フィーチャーマップ上に表示されている塩基配列が格納されているフォルダー。このフォルダーに含まれるすべての塩基配列がメモリー上にロードされている。

DAM/DCM

(=DNA Adenine Methylase/DNA Cytosine Methylase)

メチル化による影響で制限酵素消化が阻害されることを示す。IMCではこの影響を判定することができる。DAMはGATCのAdenineをメチル化する。DCMはCCWGGの第2Cytosineをメチル化する。

FastQ

NGS用READフォーマット

Feature Lane (ISB用語)
FK

Abbreviation of Feature Key

Fragment Viewer(ISB用語)

DNAシーケンサからの配列フラグメントの品質などを閲覧するビューアを言う。

Frame Lane (ISB用語)
Gap Extension Penalty
Gap Opening Penalty
GenBank Format, Multiple
GenBank Format, Single
Genome Annotation

genome sequence.

Feature type is classified as Feature Key. The position of Feature is recorded as Position. By the Position on the genome base sequence, the nucleotide sequence occupied by the Feature can be found. In addition, coding region (CDS) translated into amino acid indirectly holds translated amino acid sequence information via Genetic Code Table. It is also important that features such as CDS are identified on either side of the double helix, and it is usually written using the position operator Complement.

Genome Rearrangement Map

ゲノムリアレンジメントマップ。リンクマップとも呼ぶ。IMCGE, IMCAE, GenomeTravelerに実装されている。

GenomeGAMLBER (ISB用語)

登録商標。ソフトウェアの名称。ゲノムギャンブラー。海洋研究開発機構が著作権を有する。

GenomeSpider

インシリコバイオロジー社のソフトウェアの名称

GenPept

GenBankの塩基配列のコーディング領域をアミノ酸翻訳し、注釈をつけたデータを言う。

Global Genome Rearrangement Map (ISB用語)

広域ゲノムゲノム再配置地図。

GT

GenomeTraveler

Homology

相同性、特に配列の

 

Homology Search

相同性検索、Blast, FastAなど。

IMC

in silico MolecularCloning:インシリコバイオロジー社が奈良先端科学技術大学院大学(小笠原教授、黒川助教授)からの協力の下に開発したバイオソフトウェア。

IMCEE

IMC Entry Edition, introductory product of IMC line ups.

in silico

(= インシリコ)~「シリコンの中で」というラテン語由来の言葉。in vivo(生体内), in vitro(ガラスの中で、試験管の中で)から転じて、コンピュータの中でという意味。

in silico Assembler

インシリコバイオロジー社が九州大学久原教授の協力の下に開発したDNAフラグメントアセンブラー。

in silico BIOLOGY

ドイツの論文誌。

in silico biology, inc.

(=インシリコバイオロジー株式会社)横浜、札幌に拠点を置く日本のバイオインフォマティクス企業。インシリコ生物学関連のソフトウェアを独自開発。インシリコモレキュラークローニングシリーズ、メタゲノムギャンブラーシリーズ、ゲノムトラベラーなどのバイオソフトウェアを開発、販売。奈良先端科学技術大学院大学発ベンチャー企業。

in silico digestion

制限酵素によるインシリコ消化切断。IMCに実装されている。

in silico Experiment

インシリコ実験。コンピュータ内で行う実験。

in silico Gel Electrophoresis

インシリコゲル電気泳動。IMCに実装されている。

in silico Ligation

コンピュータ内で仮想的に行うライゲーション実験。IMCで実行できる。

in silico PCR

インシリコPCR。IMCに実装されている

Insert Check

インサートチェック。IMCでは、インサートチェックに最適な制限酵素を探索することができる。

Intensity

発現強度値

ISB

in silico biology, inc.の略。インシリコバイオロジー株式会社のこと。

ISB Chart

インシリコバイオロジー社が開発した単一トレース波形ビューア・エディタ。多重トレース波形ビューアはChart Viewerを見よ。

Java

Sun Microsystemsが開発したプログラミング言語。ISB社開発製品で主に使用されている。

Java Memory

javaが確保するメモリー

Java Memory Indicator

(= Javaメモリー使用状況表示領域) IMCやGTに実装されている。

LAST

CBRCで開発された相同性検索ソフトウェアの名称。

Leopard (Apple用語)

Mac OS X.5のこと。

Leopard, Snow (Apple用語)

MacOSX.6のこと

LGRM

Local Genome Rearrangement Map

Ligation

ライゲーション反応。IMCクローニング機能の1つ。

Linear Genome Map (ISB用語)

= Reference Genome Map = Multiple Genome Viewer (MGV)

Linkage Map (ISB用語)

IMCGE以上で作成できる(Global) Genome Rearrangement Mapのこと。

Local Genome Rearrangement Map

局所ゲノム再配置地図。IMCGE以上に実装された近縁種間比較ゲノム機能。

Main Feature Window (ISB Term)

IMCソフトウェアの操作はほとんどこの画面を中心に行うことになります。IMC Main Feature Windowはメニューバーおよびツールバーを上辺にもち、左側に編集DNAプール、反応DNAプール、参照DNAプールがあり、中央から右側にかけて、塩基配列表示領域、数値表示領域、編集フィーチャーマップ描画領域、参照DNAフィーチャーマップ領域からなります。また、左下隅にはJAVAメモリー使用状況が表示されます。

Map Scale
Map Shift
Map Shift Left
Map Shift Right
Match Color
Mate Pair
Melting Temperature

融解温度。DNAの二重鎖が解離する温度。

Message, Error

エラーが発生した場合に表示されるメッセージ。

Metabolite

代謝物質。

Metabolite DB

植物や微生物の二次代謝物質のデータベース。奈良先端科学技術大学院大学から委託をうけ、ISB社から販売中。

Metabolite Finder

Metabolite DB専用の検索用ソフトウェア。奈良先端科学技術大学院大学から委託をうけ、ISB社から販売中。

Metabolite, Secondary

二次代謝物質

MetaGenome

メタゲノム。同一環境に成育する複数の生物種のゲノムを言う。

MetaGenomeAnnotator

東京大学で開発された原核生物ORF予測ソフトウェアの名称。IMCやMiGAPで使用されている。

MetaGenomeGAMBLER

登録商標。ソフトウェアの名称。メタゲノムギャンブラー。海洋研究開発機構が著作権を有する。

Mismatch

Perfect Matchに対応する用語。

Mismatch Color
Mismatch Probe

配列の中央に対応するゲノム塩基配列と一致しない塩基を1つもつプローブを言う。バックグランドを示すと考えられる。

Multiple Alignement

多重並置

Multiple Alignment Editor

ISB用語

Multiple Alignment Viewer
Navigation Lane

IMCに実装されたレーンの一つ

NDF

Niblegenのファイル形式

Nimblegen

Arrayメーカのひとつ。IMCAEでサポートしている。

Nimblegen Array

Nimblegenのアレイデータの読み込み方法

Nimblegen Probe

Nimblegenのプローブマッピングの方法

Option Settings

オプション設定。ISBソフトウェアでの様々な設定を行う。

Pair File

Nimblegenのアレイファイル形式

Plasmid Map
Reference Genome Map (ISB用語)

= MGV (Multiple Genome Viewer)