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インシリコバイオロジー公式サイト
運用：インシリコバイオロジー株式会社
=波形アラインメント。ABI Mappingよりゲノムに同一領域にマップされた複数のABIファイルから抽出された塩基配列をアラインメントし、その波形をも表示する機能をいう。ABIファイルがマップされたIMCのフィーチャーマップ上で、マウス右クリックすることにより、実行できる。
|ABI社のDNAシーケンサーから出力されるファイル形式。波形を表示するために必要な情報が格納されている。SCF参照。IMCでは、このファイルを直接読み込み、フィーチャーマップに表示でき、波形も表示できる。マッピングにフィーチャーとして登録し、そこから対応する波形（複数）をアラインメント表示できる。
= Annotation Viewer
IMCの操作用ウィンドウのひとつ。この画面から相同性検索結果などを参照し、アノテーション作業を行うことができる。
アセンブル用ソフトウェア。MGG自体にはアセンブル機能はなく、別のソフトウェアとしてのアセンブラーを起動することができる。現在、MGGで登録、起動可能なアセンブラとしては、in silico AssemblerおよびPhrapがある。
BLASTを実行するために、必要なデータベース。FormatDBというコマンドを用いて、生成することができる。IMCでは、内部的にこれを生成するので、ユーザーはFormatDBのことを知らなくともデータベースを作成することができる。
インシリコバイオロジー社で開発した、多重トレース波形表示ソフトウェア。トレース波形ビューア。IMCおよびMGGで使用される特殊ビューア。シーケンサートレース波形の多重アラインメントを表示、操作することができる。
= Codon Frequency.
コドン使用頻度
[D] Cell cycle control, cell division, chromosome partitioning
[Y] Nuclear structure
[V] Defense mechanisms
[T] Signal transduction mechanisms
[M] Cell wall/membrane/envelope biogenesis
[N] Cell motility
[Z] Cytoskeleton
[W] Extracellular structures
[U] Intracellular trafficking, secretion, and vesicular transport
[O] Posttranslational modification, protein turnover, chaperones
[J] Translation, ribosomal structure and biogenesis
[A] RNA processing and modification
[K] Transcription
[L] Replication, recombination and repair
[B] Chromatin structure and dynamics
[C] Energy production and conversion
[G] Carbohydrate transport and metabolism
[E] Amino acid transport and metabolism
[F] Nucleotide transport and metabolism
[H] Coenzyme transport and metabolism
[I] Lipid transport and metabolism
[P] Inorganic ion transport and metabolism
[Q] Secondary metabolites biosynthesis, transport and catabolism
２つ以上のフラグメント同士が共通の塩基配列を持つ場合、これらが由来するゲノムの領域が同一であると仮定することにより、１つの結合された配列（コンセンサス配列）をつくることができる。この集合をContigという。１つのフラグメントのみから構成される集合を含めてContigという場合もある。
= Current Folder.
現在フィーチャーマップ上に表示されている塩基配列が格納されているフォルダー。このフォルダーに含まれるすべての塩基配列がメモリー上にロードされている。
(=DNA Adenine Methylase/DNA Cytosine Methylase)
メチル化による影響で制限酵素消化が阻害されることを示す。IMCではこの影響を判定することができる。DAMはGATCのAdenineをメチル化する。DCMはCCWGGの第2Cytosineをメチル化する。
(= Old Name:編集DNAプール (= 反応チューブに変更))|
~反応チューブ（旧名：編集プール）には一度に複数のDNA塩基配列データを読み込めます。一度に読み込めるファイル数に制限はありませんが、メモリー容量による限界があります。
読み込み可能なDNA塩基配列データは配列コードのみで書かれたテキスト形式のファイル、FastA形式のファイル、そしてGenBank、EMBL形式のファイルです。
GenBank、EMBL形式のファイルの場合には、そのLOCUS行がチェックされ、CIRCLUARすなわち環状のDNAであれば、環状のアイコンで表示され、以外であれば線状のアイコンで表示されます。それぞれ、DNA塩基配列ファイル名称および塩基配列長が表示されます。そこにマウスを持っていくと、バルーン表示で、そのDNAファイルのSOURCE/ORGANISMに記述された内容が表示されます。
最後に読み込んだDNAファイルがアクティブとなり、塩基配列表示領域および編集DNAフィーチャーマップ表示領域にその内容が表示されます。
EMBLフォーマットはヨーロッパを中心として利用されている同じくテキスト形式の注釈付塩基配列およびアミノ酸配列データ形式を示します。Genbankフォーマットとは若干異なりますが、内容はほぼ同一です。IMCではEMBLフォーマットの塩基配列データを標準でサポートしており、読み込んでフィーチャーマップを表示したり、書き出し保存したりすることが可能です。
GenBank/EMBLマルチプルフォーマットのファイルをよみ、それぞれの配列エントリーのOrganismによって、学名による系統樹構造を作成し、それぞれ当てはまる個々の配列をシングルフォーマットに変換し、格納することを言う。IMCのExpandボタンで実行できる。
注釈なしの核酸やアミノ酸配列に一行のヘッダー情報がついた形式のファイルです。ホモロジー検索のデータベースを生成する場合によく利用されます。IMCではFastAフォーマットの塩基配列データを標準でサポートしており、読み込んで表示したり、書き出し保存したりすることが可能です。
IMCのフィーチャーマップ上から完全に削除されたフィーチャーを示す。完全削除後は回復できない（ファイルを保存する以前であれば、ファイル保存をキャンセルすることで回復可能な場合がある）。
Genbankフォーマットとは、注釈付の塩基配列データあるいはアミノ酸配列データのファイル形式を示します。米国NCBIで提供するテキスト形式のフォーマットです。このため、たいていのエディターソフトウェアでも内容を見ることが可能です。NCBIの塩基配列、アミノ酸配列データベースはもっとも大掛かりで、また頻繁に更新されています。このGenbankフォーマットのデータは様々なソフトウェアで読み込む、書き出すことができるので、研究者間のデータ交換にも最適です。IMCではGenbankフォーマットの塩基配列データを標準でサポートしており、読み込んでフィーチャーマップを表示したり、書き出し保存したりすることが可能です。
genome sequence.
Feature type is classified as Feature Key. The position of Feature is recorded as Position. By the Position on the genome base sequence, the nucleotide sequence occupied by the Feature can be found. In addition, coding region (CDS) translated into amino acid indirectly holds translated amino acid sequence information via Genetic Code Table. It is also important that features such as CDS are identified on either side of the double helix, and it is usually written using the position operator Complement.
SOLiDのマッピング結果出力フォーマット。IMCおよびMGG、GenomeTravelerで読込可能。
IMC Entry Edition, introductory product of IMC line ups.
(= インシリコ)～「シリコンの中で」というラテン語由来の言葉。in vivo（生体内）, in vitro（ガラスの中で、試験管の中で）から転じて、コンピュータの中でという意味。
(=インシリコバイオロジー株式会社）横浜、札幌に拠点を置く日本のバイオインフォマティクス企業。インシリコ生物学関連のソフトウェアを独自開発。インシリコモレキュラークローニングシリーズ、メタゲノムギャンブラーシリーズ、ゲノムトラベラーなどのバイオソフトウェアを開発、販売。奈良先端科学技術大学院大学発ベンチャー企業。
= Reference Genome Map = Multiple Genome Viewer (MGV)
IMCソフトウェアの操作はほとんどこの画面を中心に行うことになります。IMC Main Feature Windowはメニューバーおよびツールバーを上辺にもち、左側に編集DNAプール、反応DNAプール、参照DNAプールがあり、中央から右側にかけて、塩基配列表示領域、数値表示領域、編集フィーチャーマップ描画領域、参照DNAフィーチャーマップ領域からなります。また、左下隅にはJAVAメモリー使用状況が表示されます。
インシリコバイオロジー社のソフトウェア製品の１つ。生物系統樹から目的の塩基配列およびアミノ酸配列を探索し、NCBIよりその配列をダウンロードすることができる。さらにそこから、IMCを起動することが可能。
ゲノムアノテーションとは、ゲノムに注釈を加えることですが、より具体的には、ゲノム配列上に同定された特徴（Feature）の属性（Qualifier）を記述することです。
Featureの種類はFeature Key として分類されます。Featureの位置はPositionとして記録されます。ゲノム塩基配列上のPositionによって、そのFeatureが占める塩基配列が判ります。また、アミノ酸に翻訳されるコーディング領域（CDS)は、翻訳されたアミノ酸配列情報をGenetic Code Tableを介して間接的に保有することになります。CDSのようなフィーチャーは二重らせんのどちら側に特定されるかも重要で、通常はComplementという位置演算子を使って表記されています。