eShop in silico: eショップインシリコ

8月15日11時の開店までもう少々お待ちください

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eShop in silico 初期購入ライセンス製品(新規のお客様向け)

初めてIMCライセンスを購入される方向けの製品です
ライセンスは自動継続されません。期限満了時に、継続・更新ライセンス製品からご注文いただきます。
A.A.

Amino Acidsの略

A.A. Mapping (ISB用語)

アミノ酸配列を参照ゲノム塩基配列上に相同性を利用してマッピングする機能。マッピング結果はChartViewerで閲覧できる。

A.A. Profile (ISB用語)

蛋白質のアミノ酸の性質を連続的な棒グラフで示したもの。

ABI

Applied Biosystems, Inc.の略。DNAシーケンサーなどの製造を行う企業。

ABI Alignment (ISB用語)

=波形アラインメント。ABI Mappingよりゲノムに同一領域にマップされた複数のABIファイルから抽出された塩基配列をアラインメントし、その波形をも表示する機能をいう。ABIファイルがマップされたIMCのフィーチャーマップ上で、マウス右クリックすることにより、実行できる。

ABI Format

|ABI社のDNAシーケンサーから出力されるファイル形式。波形を表示するために必要な情報が格納されている。SCF参照。IMCでは、このファイルを直接読み込み、フィーチャーマップに表示でき、波形も表示できる。マッピングにフィーチャーとして登録し、そこから対応する波形(複数)をアラインメント表示できる。

ABI Mapping (ISB用語)

=Trace Mapping. 

IMCでは、ABI形式ファイルをゲノム塩基配列上にマッピングすることができる。

ACE

Phrapアセンブラーの出力ファイルフォーマット。GenomeTravelerで作成、およびインポートすることができる。

AFG

VelvetによるDeNovoアセンブル結果ファイル

Annotation

塩基配列やアミノ酸配列上のフィーチャーに注釈をつけることを示す。

Annotation Window (ISB用語)

IMCの操作用ウィンドウのひとつ。この画面から相同性検索結果などを参照し、アノテーション作業を行うことができる。

AntigenPredictor (ISB用語)

ISB社のバイオソフトウェア製品のひとつ。抗原決定基を予測する。

Assembler

アセンブル用ソフトウェア。MGG自体にはアセンブル機能はなく、別のソフトウェアとしてのアセンブラーを起動することができる。現在、MGGで登録、起動可能なアセンブラとしては、in silico AssemblerおよびPhrapがある。

AUGUSTUS

 

Auto Annotation

自動アノテーション機能。IMCGE以上に実装されている。

Auto Copy (ISB用語)

IMCにおいて、ホモロジー検索の結果ヒットしたSubjectから必要な注釈を自動的に転記する機能。自動的にコピーするQualifierを指定できる。

BAM

SAMToolの出力フォーマット。BAMはバイナリ形式。

Batch

まとめて実行すること。

Batch Homology Search (ISB用語)

多数のフィーチャーをクエリーとして、まとめて相同性検索を実行する機能を示す。

Batch Primer Design (ISB用語)

多数の領域をそれぞれ増幅するためのPrimer Setを一括して設計すること。

BED

フィーチャーファイル形式のひとつ。UCSC Genome Browserで使用されている。

Blast

NCBIで開発された高速ホモロジー検索用アルゴリズム

Blast DB

BLASTを実行するために、必要なデータベース。FormatDBというコマンドを用いて、生成することができる。IMCでは、内部的にこれを生成するので、ユーザーはFormatDBのことを知らなくともデータベースを作成することができる。

Blast Result Mapping

Blast 検索結果をゲノム地図上にマッピングするIMCの機能。スコアやアラインメント、注釈などをマッピングできる。

Blat

UCSCで開発されたBLASTに類似したホモロジー検索ソフトウェア。NCBI BLASTより高速である。

Blunting

平滑化。酵素により、DNAの突出末端を平滑末端にする。IMCでは、この反応を実装している。

cDNA Mapping (ISB用語)

=EST Mapping。

IMCのマッピング機能の1種。EST Mappingに名称変更。

CDS

(=CoDing Sequence)。アミノ酸コーディングシーケンスを示す。

Chain Flexibility

アミノ酸鎖柔軟性判定アルゴリズム。IMCには、プロファイル解析の1手法として実装している。

ChartViewer (ISB用語)

インシリコバイオロジー社で開発した、多重トレース波形表示ソフトウェア。トレース波形ビューア。IMCおよびMGGで使用される特殊ビューア。シーケンサートレース波形の多重アラインメントを表示、操作することができる。

Chou-Fasman

アミノ酸二次構造予測アルゴリズムの1つ。IMCでは、このプロファイルを描画できる。

Circular Genome Map (ISB用語)

環状ゲノムマップ。IMCAEとIMCGEにて描画できる。

Classification Search (ISB用語)

遺伝子分類コード(COGコード)でフィーチャーを検索する機能。

ClustalW

マルチプルアラインメント用ソフトウェア。

Codon

コドン。アミノ酸1つを翻訳するために必要な3文字の核酸をいう。

Codon Usage

= Codon Frequency.

コドン使用頻度

COG

原核生物用Orthologデータベース。遺伝子の機能分類に使用される。

COG: CELLULAR PROCESSES AND SIGNALING

[D] Cell cycle control, cell division, chromosome partitioning

[Y] Nuclear structure

[V] Defense mechanisms

[T] Signal transduction mechanisms

[M] Cell wall/membrane/envelope biogenesis

[N] Cell motility

[Z] Cytoskeleton

[W] Extracellular structures

[U] Intracellular trafficking, secretion, and vesicular transport

[O] Posttranslational modification, protein turnover, chaperones

COG: INFORMATION STORAGE AND PROCESSING

[J] Translation, ribosomal structure and biogenesis

[A] RNA processing and modification

[K] Transcription

[L] Replication, recombination and repair

[B] Chromatin structure and dynamics

COG: METABOLISM

[C] Energy production and conversion

[G] Carbohydrate transport and metabolism

[E] Amino acid transport and metabolism

[F] Nucleotide transport and metabolism

[H] Coenzyme transport and metabolism

[I] Lipid transport and metabolism

[P] Inorganic ion transport and metabolism

[Q] Secondary metabolites biosynthesis, transport and catabolism

COG: POORLY CHARACTERIZED

[R] General function prediction only

[S] Function unknown

Content Map (ISB用語)

組成情報を表示するためのマップ。GC含量、GC Skewなどがある。

Contig

2つ以上のフラグメント同士が共通の塩基配列を持つ場合、これらが由来するゲノムの領域が同一であると仮定することにより、1つの結合された配列(コンセンサス配列)をつくることができる。この集合をContigという。1つのフラグメントのみから構成される集合を含めてContigという場合もある。

CSFastA

ABI SOLiDのカラースペースデータフォーマット

CSV Format File

Excelなどで読み込むことができるテキスト形式フォーマット。IMCやMGGでも、広く採用している。

Current Sequence (ISB用語)

現在フィーチャーマップ上に表示されている塩基配列

Current Sequence Folder (ISB用語)

= Current Folder.

現在フィーチャーマップ上に表示されている塩基配列が格納されているフォルダー。このフォルダーに含まれるすべての塩基配列がメモリー上にロードされている。

DAM/DCM

(=DNA Adenine Methylase/DNA Cytosine Methylase)

メチル化による影響で制限酵素消化が阻害されることを示す。IMCではこの影響を判定することができる。DAMはGATCのAdenineをメチル化する。DCMはCCWGGの第2Cytosineをメチル化する。

Description Window (ISB用語)

IMCにおけるフィーチャーへの注釈を記述するためのウィンドウ

Disagreement List

不一致部位検出リスト

DotPlot

ドットプロット。2種のDNA間の相同領域を二次元グラフ上に、ドットを用いて網羅的に表示する機能。IMCAEとIMCGEに実装されている

Edit DNA Pool (ISB用語)

(= Old Name:編集DNAプール (= 反応チューブに変更))|
~反応チューブ(旧名:編集プール)には一度に複数のDNA塩基配列データを読み込めます。一度に読み込めるファイル数に制限はありませんが、メモリー容量による限界があります。
読み込み可能なDNA塩基配列データは配列コードのみで書かれたテキスト形式のファイル、FastA形式のファイル、そしてGenBank、EMBL形式のファイルです。
GenBank、EMBL形式のファイルの場合には、そのLOCUS行がチェックされ、CIRCLUARすなわち環状のDNAであれば、環状のアイコンで表示され、以外であれば線状のアイコンで表示されます。それぞれ、DNA塩基配列ファイル名称および塩基配列長が表示されます。そこにマウスを持っていくと、バルーン表示で、そのDNAファイルのSOURCE/ORGANISMに記述された内容が表示されます。
最後に読み込んだDNAファイルがアクティブとなり、塩基配列表示領域および編集DNAフィーチャーマップ表示領域にその内容が表示されます。

EMBL Format

EMBLフォーマットはヨーロッパを中心として利用されている同じくテキスト形式の注釈付塩基配列およびアミノ酸配列データ形式を示します。Genbankフォーマットとは若干異なりますが、内容はほぼ同一です。IMCではEMBLフォーマットの塩基配列データを標準でサポートしており、読み込んでフィーチャーマップを表示したり、書き出し保存したりすることが可能です。

EMF

Extended Meta Format。画像フォーマットのひとつ。IMCで採用している。マイクロソフトのPower Pointなどで、編集できる。

EST Mapping

IMCの配列マッピング機能の一つ。多数のEST配列をエクソン、イントロンを判別してジョイン形式のフィーチャーとして、参照ゲノム塩基配列上にマッピングする。

Expand (ISB用語)

GenBank/EMBLマルチプルフォーマットのファイルをよみ、それぞれの配列エントリーのOrganismによって、学名による系統樹構造を作成し、それぞれ当てはまる個々の配列をシングルフォーマットに変換し、格納することを言う。IMCのExpandボタンで実行できる。

FastA Format

注釈なしの核酸やアミノ酸配列に一行のヘッダー情報がついた形式のファイルです。ホモロジー検索のデータベースを生成する場合によく利用されます。IMCではFastAフォーマットの塩基配列データを標準でサポートしており、読み込んで表示したり、書き出し保存したりすることが可能です。

FastQ

NGS用READフォーマット

Feature

生物学的特徴・性質を表現するために定義された具体的存在をいう。

Feature Key

生物学的特徴・性質を表現するために定義された一般概念をいう。

Feature Map (=ISB用語)

IMCにて、生体高分子(DNAやアミノ酸)への注釈をFeature Keyという概念を用いて、図示し地図のように表示する機能。

Feature, Completely Deleted

IMCのフィーチャーマップ上から完全に削除されたフィーチャーを示す。完全削除後は回復できない(ファイルを保存する以前であれば、ファイル保存をキャンセルすることで回復可能な場合がある)。

Feature, Inherit

変更されたゲノム塩基配列上のフィーチャーを継承することをいう。

Feature, Temporary Deleted

IMCのフィーチャーマップ上で一時的に削除されているフィーチャを言う。回復可能。グレーで描画されている。

Fickett, James

DNA塩基配列からコーディング領域らしさを予測するアルゴリズムであるTestCodeを発表した。

Fragment

DNAの断片を言う。あるいはNGS用語で、Paired-Endではないシングルフラグメントのショートリードを言う。

Fragment Viewer(ISB用語)

DNAシーケンサからの配列フラグメントの品質などを閲覧するビューアを言う。

Fusion, Feature (ISB用語)

2個のフィーチャーを1個に融合する機能。個々のQualifierは引き継がれる。

Gap

配列アラインメントにおいて、片方の配列にあってもう一方の配列にない塩基あるいは残基で、ない方の配列の対応する記号を示す。

Gap Extension Penalty
Gap Opening Penalty
GC Content

GC含量のこと。IMCのFeature Map上および環状ゲノムマップ上に描画することができる。

GC Skew

GCスキューのこと。IMCのFeature Map上および環状ゲノムマップ上に描画することができる。

GE

 (= Gel Electrophoresis (= ゲル電気泳動))

GE in silico

コンピュータ内で仮想的に行うゲル電気泳動実験。IMCで実行できる。

GenBank

NCBIで運営されている配列データベース。各投稿者からのエントリー配列をそのまま掲載している。RefSeqは、NCBIで独自に注釈をつけたもの。

GenBank Format

Genbankフォーマットとは、注釈付の塩基配列データあるいはアミノ酸配列データのファイル形式を示します。米国NCBIで提供するテキスト形式のフォーマットです。このため、たいていのエディターソフトウェアでも内容を見ることが可能です。NCBIの塩基配列、アミノ酸配列データベースはもっとも大掛かりで、また頻繁に更新されています。このGenbankフォーマットのデータは様々なソフトウェアで読み込む、書き出すことができるので、研究者間のデータ交換にも最適です。IMCではGenbankフォーマットの塩基配列データを標準でサポートしており、読み込んでフィーチャーマップを表示したり、書き出し保存したりすることが可能です。

GenBank Format File

GenBankデータベースを構成するレコードエントリーの書式

GenBank Format, Multiple
GenBank Format, Single
GeneScan

遺伝子予測ソフトウェア。その出力ファイルをIMCで読み込み、フィーチャーとして登録できる。

Genome Rearrangement Map

ゲノムリアレンジメントマップ。リンクマップとも呼ぶ。IMCGE, IMCAE, GenomeTravelerに実装されている。

GenomeGAMLBER (ISB用語)

登録商標。ソフトウェアの名称。ゲノムギャンブラー。海洋研究開発機構が著作権を有する。

GenomeSpider

インシリコバイオロジー社のソフトウェアの名称

GenPept

GenBankの塩基配列のコーディング領域をアミノ酸翻訳し、注釈をつけたデータを言う。

GFF

General Feature Formatの略。IMCでフィーチャーインポートし、新規フィーチャーとして登録可能。

GFF

SOLiDのマッピング結果出力フォーマット。IMCおよびMGG、GenomeTravelerで読込可能。

Global Genome Rearrangement Map (ISB用語)

広域ゲノムゲノム再配置地図。

GPFF

GenPeptFormatFile。IMCでは、相同性検索用データベース生成の入力ファイルとして使用することができる。

GT

GenomeTraveler

GT: GenomeTraveler

インシリコバイオロジー社が開発した次世代シーケンサー用ソフトウェアの名称

GTF

フィーチャー記述ファイル形式のひとつ。

Homology

相同性、特に配列の

 

Homology Search

相同性検索、Blast, FastAなど。

IMC

in silico MolecularCloning:インシリコバイオロジー社が奈良先端科学技術大学院大学(小笠原教授、黒川助教授)からの協力の下に開発したバイオソフトウェア。

IMCEE

IMC Entry Edition, introductory product of IMC line ups.

in silico

(= インシリコ)~「シリコンの中で」というラテン語由来の言葉。in vivo(生体内), in vitro(ガラスの中で、試験管の中で)から転じて、コンピュータの中でという意味。

in silico Assembler

インシリコバイオロジー社が九州大学久原教授の協力の下に開発したDNAフラグメントアセンブラー。

in silico BIOLOGY

ドイツの論文誌。

in silico biology, inc.

(=インシリコバイオロジー株式会社)横浜、札幌に拠点を置く日本のバイオインフォマティクス企業。インシリコ生物学関連のソフトウェアを独自開発。インシリコモレキュラークローニングシリーズ、メタゲノムギャンブラーシリーズ、ゲノムトラベラーなどのバイオソフトウェアを開発、販売。奈良先端科学技術大学院大学発ベンチャー企業。

in silico digestion

制限酵素によるインシリコ消化切断。IMCに実装されている。

in silico Experiment

インシリコ実験。コンピュータ内で行う実験。

in silico Gel Electrophoresis

インシリコゲル電気泳動。IMCに実装されている。

in silico Ligation

コンピュータ内で仮想的に行うライゲーション実験。IMCで実行できる。

in silico PCR

インシリコPCR。IMCに実装されている

Insert Check

インサートチェック。IMCでは、インサートチェックに最適な制限酵素を探索することができる。

Intensity

発現強度値

ISB

in silico biology, inc.の略。インシリコバイオロジー株式会社のこと。

ISB Chart

インシリコバイオロジー社が開発した単一トレース波形ビューア・エディタ。多重トレース波形ビューアはChart Viewerを見よ。

Java

Sun Microsystemsが開発したプログラミング言語。ISB社開発製品で主に使用されている。

Java Memory

javaが確保するメモリー

Java Memory Indicator

(= Javaメモリー使用状況表示領域) IMCやGTに実装されている。

LAST

CBRCで開発された相同性検索ソフトウェアの名称。

Leopard (Apple用語)

Mac OS X.5のこと。

Leopard, Snow (Apple用語)

MacOSX.6のこと

LGRM

Local Genome Rearrangement Map

Ligation

ライゲーション反応。IMCクローニング機能の1つ。

Linkage Map (ISB用語)

IMCGE以上で作成できる(Global) Genome Rearrangement Mapのこと。

Local Genome Rearrangement Map

局所ゲノム再配置地図。IMCGE以上に実装された近縁種間比較ゲノム機能。

Main Feature Window (ISB Term)

IMCソフトウェアの操作はほとんどこの画面を中心に行うことになります。IMC Main Feature Windowはメニューバーおよびツールバーを上辺にもち、左側に編集DNAプール、反応DNAプール、参照DNAプールがあり、中央から右側にかけて、塩基配列表示領域、数値表示領域、編集フィーチャーマップ描画領域、参照DNAフィーチャーマップ領域からなります。また、左下隅にはJAVAメモリー使用状況が表示されます。

Map Scale
Map Shift
Map Shift Left
Map Shift Right
Match Color
Mate Pair
Melting Temperature

融解温度。DNAの二重鎖が解離する温度。

Message, Error

エラーが発生した場合に表示されるメッセージ。

Metabolite

代謝物質。

Metabolite DB

植物や微生物の二次代謝物質のデータベース。奈良先端科学技術大学院大学から委託をうけ、ISB社から販売中。

Metabolite Finder

Metabolite DB専用の検索用ソフトウェア。奈良先端科学技術大学院大学から委託をうけ、ISB社から販売中。

Metabolite, Secondary

二次代謝物質

MetaGenome

メタゲノム。同一環境に成育する複数の生物種のゲノムを言う。

MetaGenomeAnnotator

東京大学で開発された原核生物ORF予測ソフトウェアの名称。IMCやMiGAPで使用されている。

MetaGenomeGAMBLER

登録商標。ソフトウェアの名称。メタゲノムギャンブラー。海洋研究開発機構が著作権を有する。

Mismatch

Perfect Matchに対応する用語。

Mismatch Color
Mismatch Probe

配列の中央に対応するゲノム塩基配列と一致しない塩基を1つもつプローブを言う。バックグランドを示すと考えられる。

Multiple Alignement

多重並置

Multiple Alignment Editor

ISB用語

Multiple Alignment Viewer
Navigation Lane

IMCに実装されたレーンの一つ

NDF

Niblegenのファイル形式

Nimblegen

Arrayメーカのひとつ。IMCAEでサポートしている。

Nimblegen Array

Nimblegenのアレイデータの読み込み方法

Nimblegen Probe

Nimblegenのプローブマッピングの方法

Option Settings

オプション設定。ISBソフトウェアでの様々な設定を行う。

Pair File

Nimblegenのアレイファイル形式

TaxiSpider

インシリコバイオロジー社のソフトウェア製品の1つ。生物系統樹から目的の塩基配列およびアミノ酸配列を探索し、NCBIよりその配列をダウンロードすることができる。さらにそこから、IMCを起動することが可能。

さ:参照ゲノムマップ

アノテーションなどのために、参照するゲノム配列を線状に配置したゲノム地図。

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