Blastデータベース生成可能配列ファイルフォーマット |
FastA, GenBank/EMBL, GenPept |
フィーチャーファイル形式 |
CSV, Glimmer 1-5, GenScan, Gambler, XanaGenome, tRNAScan 1-2, Blast result, JSNP1-2, GFF, AUGUSTUS, BED, dbSNP, , Seq_gene, IMC Keyword Search, Simple Annotation, InterProScan |
読込可能アミノ酸配列フォーマット |
GenPept, FastA |
読込可能アレイ発現ファイルフォーマット |
Agilent, Affymetrix, Nimblegen |
読込可能塩基配列ファイル形式 |
GenBank,EMBL,DDBJ, FastA, Plain Text, ABI, SCF |
ドックインとドックアウト |
ドックイン・ドックアウト可能なペインは、Main Directory Tree, Reference Direactory Tree, Info Tab, Main Feature Map, Reference Feature Map, Toolbox は別方法で取り出せる |
フィーチャーマップズームスクロールパラメータ設定 |
メインフィーチャーマップは、塩基単位、画面単位の左右スクロールが可能。専用ボタンあり。縦スクロールは、スクロールバーで操作。ズームはツールボックスあるいはメニューのズームボタンを使用。ズームインは、配列レーン上でのマウスドラッグによる指定、マウス右クリックでズームインできる。ズーム・スクロールの速度はSettingメニューから可能。 |
各種フィーチャ―リストとの連動機能 |
フィーチャーキー検索、キーワード検索、配列パターン検索、機能分類検索、ゲノム統計表示、の各結果画面とフィーチャーマップが連動する。 |
配列レーンへの表示設定 |
配列レーン上で設定変更可能な項目は、核酸塩基およびアミノ酸のフォントサイズ変更、アミノ酸1文字コードの表示位置変更、核酸塩基およびアミノ酸残基の表示カラー変更、スタートおよびストップコドン候補の表示および憑依カラー設定である。 |
配列レーン上での操作 |
塩基配列選択、選択解除、塩基配列挿入、塩基配列削除、塩基配列置換、塩基配列コピー、新規フィーチャー登録、ホモロジーアーム設計、PCRプライマー設計 |
コンテント・プロファイルレーン |
レーン高さ変更、表示コンテント選択(GC Contentなど6コンテント、GC/AT Skew, Cumulative GC/AT Skew, Import Map Data, Fickett Profile)、背景色変更、プロファイルグラフのパラメータ変更、スライディングウィンドウパラメータ変更、間引き機能、グラフカラー変更。 |
ナビゲーションレーン |
表示対象フィーチャー(複数)選択可能。ストランド選択(Forward, Reverser, Both)、配置方法選択(Six Lane, Three Lane, Two Lane, One Lane, Pack)、間引き設定変更 |
パラメータ変更なしレーン |
配列レーン、縦スクロールバーレーン、配列スケールレーン、マップスケールレーン、フレームレーン |
フィーチャーレイアウトスタイル管理 |
フィーチャーレイアウトスタイルの新規登録、編集、削除を行う。また、個別にスタイルをインポート、エキスポートする。リスト全体を別名で保存する。デフォルトのスタイルを変更できる。このリストは、メインウィンドウの上部インディケーター領域にプルダウンメニューとして表示され、現在ロードされているカレント配列にただちに適用できる。カレントディレクトリにある複数の配列ファイルを選択状態にして、プルダウンメニューから1つのスタイルを指定すると選択中の全部のファイルに適用される。 |
フィーチャーレイアウトスタイル設計機能 |
フィーチャーレイアウトスタイルの設計マネージャー。スタイルへの新規レーンの登録、編集、削除、表示順序変更、スタイルの別名での保存を行う。既存のスタイルを呼び出し、編集することも可能。レーン毎の編集機能はレーン別に記述。 |
フィーチャーレーン |
表示フィーチャーキー(複数)選択、ストランド選択、配置方法(Six Lane, Three Lane, Two Lane, One Lane, Pack)、表示鎖変更(Forward, Reverse, Both)、エクソン表示方法変更、配置密度、レーンの高さ変更、オフセット変更 |
制限酵素レーン |
設定変更(レーン高さ、セット切替、制限酵素リストの絞り込み(認識配列長、パリンドローム性、末端形状(Blunt, Sticky)、DAM/DCM、対象配列の切断箇所数、制限酵素の選択) |
キーワード検索 |
キーワードを入力して注釈を検索する。対象フィーチャーキーを複数選択可能。キーワードは複数指定可能。キーワード間の論理演算はAND/OR/NOT。検索範囲を限定可能。結果画面ではフィーチャーキー別の個数・配列上の位置・塩基長・遺伝子名・塩基配列・デスクリプションへのボタン・アノテーションへのボタンがリストされる、CDSではアミノ酸配列、+鎖ー鎖のみの選択、一括削除、コドン表、連番付加、FusionPCR、CSV/FastA/GenBankフォーマットでのファイル出力。Qualifier一括削除 |
フィーチャーキー検索 |
カレント配列のフィーチャーキー数をカウント、検索対象のフィーチャーを複数選択可能、検索範囲限定可能、結果画面ではフィーチャーキー別の個数・配列上の位置・塩基長・遺伝子名・塩基配列・デスクリプションへのボタン・アノテーションへのボタンがリストされる、CDSではアミノ酸配列、+鎖ー鎖のみの選択、一括削除、コドン表、連番付加、FusionPCR、CSV/FastA/GenBankフォーマットでのファイル出力 |
遺伝子機能分類コード検索 |
遺伝子機能コード(任意だがCOG分類が一般的)を複数選択して、それらの機能を持つCDSフィーチャーを検索する。検索範囲指定可能。複数配列を検索対象にできる。 検索結果画面からはそれぞれの機能分類毎のCDS数、配列上の位置、ストランド、COGの説明、locus_tag、上流下流の遺伝子、CDSの塩基配列、デスクリプションウィンドウおよびアノテーションウィンドウへのリンクが表示される。アミノ酸配列を別途出力可能。ヒットCDSの一括削除、Fusion PCR, コドン使用頻度表表示が可能。CSV/FastA/G |
配列パターン検索 |
登録されている配列パターンを複数選択して、カレント配列中に存在するパターンを検出する。検索時にパターンを新規入力して検索することも可能。検索範囲指定可能。検索対象ストランド指定可能。1~2文字のミスマッチ検出可能。CDS領域あるいは遺伝子間領域の探索領域指定可能。CDSの上流・下流指定領域のみの検索可能。また、複数配列を検索対象として設定可能。 検索結果画面では、パターン毎に検出個数、配列上の位置、上流下流の遺伝子を表示可能。また、結果を新規フィーチャーとして自動登録可能。CSV/FastA形式で結果保存 |
配列パターン登録機能 |
塩基配列パターンおよびアミノ酸配列パターン(モティーフ)の登録、編集、削除が可能。配列パターンは正規表現に準拠。パターン名称とパターンの正規表現が登録できる。選択したパターンのリストをIMC独自形式(pattern.dat)で保存できる。初期設定に戻すことも可能。 |
重なり遺伝子検索 |
配列上でCDSが重複しているものを検索する。検索結果は、その位置とストランド。結果リストをCSV形式でファイル出力できる。 |
DNAフラグメント末端修飾 |
制限酵素認識部位付加、チミン塩基付加、平滑化、リン酸化・脱リン酸化 |
PCR Primer 設計 |
配列レーンの塩基配列を選択して新規登録可能。フィーチャーレーンをドラッグして選択された領域内(外)に最適プライマーを設計。設計結果画面では条件に一致したプライマーセットをスコア順にリストアップ。項目属性は、生成物(塩基長、Tm, GC含量)、F/R Primer(Priming位置、Tm、GC含量、塩基配列)である。3'-末端にA塩基付加オプション。生成物最大塩基長で制限。この画面からプライマーセットを選択し、PCR実行可能。選択されたプライマーセットを新規フィーチャーとして登録可能。また、プライマーリス |
PCR Primer 設計パラメータ |
選択領域の内部(あるいは外部)にプライマーを設計する設定可能。設計可能領域幅変更、最低生成物塩基長、プライマー(最長・最短塩基長、最小・最大Tm、最小・最大GC含量、アニーリングオリゴ濃度、塩濃度)、3'末端塩基指定(G,C)、Priming Parameter (E-value, Percent Identity, Overlap Length)、Primer間Tm差、リピート配列長、自己相補性、3'安定性、3'自己相補性、スコア関数(選択、Tm係数、生成物係数)、設計回避領域設定可能(指定フィーチャー |
PCR Primerの管理 |
登録されたプライマー属性は、Primer ID、Primer配列、Primer塩基長、Tm、GC含量、登録日、コメント、PCRを実行したファイルへのリンク、である。リストは、Primer ID, Length, Tm, GC(%), Commentをキーとしてソート可能である。管理画面上からは、新規登録、編集、削除、末端への制限酵素認識部位付加、プライマーの任意の部位への制限酵素認識部位挿入、クリップボードへのコピー、が可能である。また、リスト全体あるいは一部を別名で保存、別リストの読込、プライマーのリス |
PCR反応 |
インシリコでのPCRを実行する。実行は、プライマーリストから使用するPrimer Setを選択する方法、フィーチャーマップ上からのデザインリストからの実行、などがある。Amplifyを実行すると、生成物のリストが表示され、生成物を選択してカレントフォルダーにロード、あるいはCSV/FastA形式でのファイル出力が可能である。またContig Bridge機能とも連携している。 |
ゲノム塩基配列編集 |
分子生物学的な手段によらず情報処理的にゲノム配列を編集する。指定領域の削除、指定(複数)箇所での切断による断片化、コドンの置換 |
コンティグブリッジ |
複数のコンティグ配列をブリッジできるPCR Product配列をリストアップする。 |
ライゲーション |
カレントフォルダー上の2つのフラグメントのライゲーション、カレントフォルダー上の1つのフラグメントのセルフライゲーション |
制限酵素リスト操作 |
セット選択、絞り込み(認識塩基数、パリンドローム、平滑・突出、DAM/DCM、切断箇所数、リスト保存、リスト編集、酵素新規登録、酵素編集、酵素削除、 |
制限酵素地図からの操作 |
配列ファイル切替、フィーチャーマップ表示、ズーム・スクロール、スライダー、バンド切り出し、ゲル電気泳動ウィンドウ起動 |
制限酵素消化断片のゲル電気泳動ウィンドウからの操作 |
電気泳動画像印刷、画像ファイル出力(PDF, PNG, EMF)、バンド切り出しと対応配列ファイル保存 |
制限酵素認識部位検索 |
探索領域選択、認識部位検索、認識部位リスト表示、制限酵素地図表示、複数配列からの一括検索 |
制限酵素認識部位検索結果画面からの操作 |
配列切替、別酵素追加検索、消化断片化、認識部位を新規フィーチャー登録、消化断片ファイルの登録、断片によるゲル電気泳動、リスト出力(CSV, FastA)、リストとフィーチャーマップの連動 |
ORF抽出 |
カレントゲノム配列からORF候補を抽出する。抽出範囲指定、遺伝子領域限定、遺伝子間領域長定義、オーバーラップする候補中からの最長抽出、開始位置の選択、スタートコドンが存在しない候補の抽出適・不適、オーバーラップする既登録フィーチャーキーの比較指定、が可能である。抽出された候補は新規フィーチャーとして登録できる。CSV/FastA形式でファイル出力可能。 |
アミノ酸翻訳 |
指定したフィーチャーキーの塩基配列を指定したコドン表によりアミノ酸配列に変換する。指定可能なフィーチャーキーは、CDS, ORF_XXX、ProkaryoteかEukaryteかの選択。ORFフィーチャーは翻訳後にCDSに変更される。 |
アラインメントエディター |
マルチプルアラインメント結果からコンセンサス配列を編集する。マッチ・ミスマッチの記号とカラーを変更できる。 |
ゲノム統計情報表示 |
カレントゲノム配列中に存在する全フィーチャーのフィーチャーキー別登録数を表示する。ここで選択されたフィーチャーキーに属するフィーチャーのリストが表示され、表示項目は、ゲノム位置、ストランド、GC含量、塩基別数、塩基組成、GC Skew, AT Skewスタートコドン候補個数、デスクリプションウィンドウ起動ボタン、アノテーションウィンドウ起動ボタン、である。ストランド別に選択できる。選択されたフィーチャーに対する連番付加機能がある。リストはCSV形式でファイル出力できる。選択されたフィーチャ―に連動して、メ |
コドン使用頻度表示 |
カレント配列ファイルのコドン頻度表を作成する。注釈付きゲノム配列の場合は、全CDSの頻度総計が計算される。CDS数、CDS上のコドン数、塩基数が表示される。表記はmRNAとDNA表示が可能。コドン別の割合と、頻度を切り替え表示できる。また、アミノ酸頻度も表示する。CSV形式でのファイル出力も可能 |
フィーチャー演算子によるオーバーラップフィーチャー処理 |
同一フィーチャ―キーに属するフィーチャーが互いにオーバーラップする位置にある場合は、それらのフィーチャーのAND/OR/XORフィーチャーを新規生成し、登録する。新規に生成されるフィーチャーのフィーチャーキーは指定できる。 |
フィーチャー融合 |
カレント配列の同一位置に同一Feature Keyを持つ2個以上のフィーチャーが存在する場合、これらのQualiferを継承して、1個のフィーチャーに融合する。 |
マルチプルアラインメント |
複数の核酸あるいはアミノ酸配列間のアラインメントを作成する。メインカレントディレクトリにロードされている配列から複数選択可能。また、ホモロジー検索結果画面からもこの機能を起動できる。 結果画面からは、系統樹描画機能、シンプルエディター機能、クリップボードへのコピー、印刷が可能。一行に表示する文字数を変更できる。 |
反復配列検索 |
カレント配列中における反復配列を抽出する。結果ウィンドウが表示され、該当する行をクリックするとメインフィーチャーマップはその位置を示す。リストには、配列塩基長と2つの配列の位置、および塩基配列が表示される。選択した反復配列は新規フィーチャーとして登録できる。リストはCSV形式でファイル出力できる。 |
系統樹の描画 |
マルチプルアラインメント結果から、選択されたフィーチャ―の系統樹を描画する。水平表示、垂直表示、無根系統樹の指定ができる。また進化距離の表示・非表示が可能。ノードの形状をBox, Circle, Noneから選択できる。系統樹図は、PDF形式でファイル出力できる。外部で作成された系統樹ファイル(dnd形式)を読み込み、表示可能。 |
逆相補鎖変換 |
カレント配列を全フィーチャーを含めて、それまでの逆相補鎖を順鎖とする配置に変換する。逆相補鎖変換された配列はその状態でファイル出力できる。もう一度実行すると元の鎖に戻る。 |
配列入力による相同性検索 |
コピーアンドペーストあるいは配列指定によって入力された配列をクエリーとして、カレントディレクトリ(メインよびレファレンス)にある配列のうち選択された配列に相同性検索を行う。実行可能な相同性検索プログラムは、blastn, blastp, blastx, tblastx, tblastnである。相同性検索結果リストからは、ヒット領域を中央に表示するようにメイン・レファレンスの各マップがシフトする。 |