eShop in silico 使用期限付き格安ライセンス製品
1年以内の期間ライセンスを使用される方向けの格安製品です
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ゲノム配列編集
Monitors | |
---|---|
Screen size | W1024px x H768px |
動作環境 | |
最小メモリーサイズ | 1.4GB |
ライセンス関係 | |
バージョンアップ | 期間中無制限 |
ライセンス期間 | 6ヶ月 |
製品発送方法 | |
ダウンロード | ダウンロード販売 |
パッケージ配送 | なし |
動作OSとVersion | |
JAVA Version | JAVA 8 |
MACOS | MACOS 11,12,13 |
Windows | Windows 7,8,10 |
入力ファイル形式 | |
Blastデータベース生成可能配列ファイルフォーマット | FastA, GenBank/EMBL, GenPept |
フィーチャーファイル形式 | CSV, Glimmer 1-5, GenScan, Gambler, XanaGenome, tRNAScan 1-2, Blast result, JSNP1-2, GFF, AUGUSTUS, BED, dbSNP, , Seq_gene, IMC Keyword Search, Simple Annotation, InterProScan |
読込可能アミノ酸配列フォーマット | GenPept, FastA |
読込可能アレイ発現ファイルフォーマット | Agilent, Affymetrix, Nimblegen |
読込可能塩基配列ファイル形式 | GenBank,EMBL,DDBJ, FastA, Plain Text, ABI, SCF |
出力ファイル形式 | |
プロファイルファイル形式 | IMC独自フォーマット |
書き出し可能塩基配列フォーマット | GenBank, EMBL, DDBJ, FastA |
画像ファイル形式 | PNG, PDF, EMF |
機能:基本操作 | |
Blast検索用データベース生成 | 核酸配列ファイルおよびアミノ酸配列ファイルから Blast検索用データベースを生成する。なお、メインカレントディレクリーおよび参照カレントディレクトリにロードされた配列ファイルについては、ロードされた時点で自動的にBlastデータベースが生成され、ロード解除された時点で自動削除される。 |
ウィンドウキャプチャ | メインウィンドウ全体あるいは指定領域の画面キャプチャー機能。キャプチャした画像はすぐに指定されたファイルに保存される。保存フォーマットはPNG形式のみ。 |
ツールボックス非表示ボタン | メニューバー下にあるツールボックスの表示と非表示を切り替えるトグルボタン。なお、ツールボックスはメインウィンドウからドックアウトも可能。 |
フィーチャー情報タブ | 現在ロードされているゲノム配列上のフィーチャーの情報内容を表示する。ディレクトリツリーと切り替えて表示される。 |
ラボノート機能 | IMCの操作をコマンドベースで記録する。記録内容は、実行日付、コマンド、実行ウィンドウ、入力データの参照場所、出力データの格納場所、使用されたデータベース、実行パラメータ、配列のゲノム上の位置、である。これらの結果は時間範囲を指定して、絞り込みできる。また印刷可能である。 |
操作履歴管理 | 操作履歴を自動的に保存する機能。保存される項目は、操作対象のフィーチャーキー、位置、ストランド、操作コマンド、実行日時。履歴は3種のソートキーでソートできる。ソートキーは、フィーチャーキー、ゲノム位置、操作日時、絞り込み可能、履歴削除可能、リストをCSVでファイル出力可能。 |
最新Versionチェック・ダウンロード・インストール | IMCインストーラおよびヘルプの最新版のリリースチェック、ダウンロード、インストールを行う。ダウンロードとインストール前には確認ダイアログが出力される。 |
機能検索(ベータ版) | 使用できない |
自動配列フォーマットチェック | ロードした配列ファイルが核酸配列であるかアミノ酸配列であるかを自動的に判定する。このほかに、配列を核酸あるいはアミノ酸と指定して読み込む機能もある。これらの3個の起動は排他的にトグルで表示される。 |
機能:ビューア・エディタ | |
GenBank/EMBLファイルビューア | 現在ロードされている配列ファイルをそのままの形式で閲覧できるビューア。配列や注釈をクリックすると、メインフィーチャーマップはその位置の地図を表示する。 逆に、このビューアを開いたまま、メインフィーチャーマップの一部をクリックすると、ファイルの対応する位置のテキストを表示する。 |
アノテーションビューア・エディタ | ゲノムアノテーション用に用意されたツール。主としてCDSに注釈を付加ために用いられる。ウィンドウは3部分に分かれ、注釈を入力・直接編集できるデスクリプションペイン、相同性検索の結果をCDSフィーチャー自体にリンクさせそれらを表示し、転記できる。配列表示領域には同時に既存をフィーチャーも選択的に表示できる。配列、フィーチャー、目盛りの表示設定は変更できる。表示内容はPDF,PNG,EMF形式で画像ファイル出力できる。また、このウィンドウからこのフィーチャーをクエリーとする相同性検索も実行でき、結果はただちに |
デスクリプションウィンドウ | フィーチャー記述の編集用ウィンドウ。フィーチャー上から起動され、ゲノム位置、ストランド、Qualifierのリストと値、および核酸配列とアミノ酸配列表示領域からなる。各配列はクリップボードにコピーできる。 |
トレースファイル ビューア・エディタ | ABI, SCFのキャピラリーシーケンサからの出力ファイルを読み込んだ時に使用される。塩基配列だけでなく、その波形(トレース)を表示できる。また、ベースコールを変更できる。 |
プラスミドマップ ビューア・エディタ | 環状ゲノムマップエディターに類似しているが、小さな環状ゲノムを描画する。環状レーンは同心円状に配置され、1つの同心円上に複数のフィーチャーキーを配置できる。 ストランド、フレーム別、フィーチャー形状、塗りと枠のカラー指定、枠の太さ、カラー分類法の選択、ラベルの表示・非表示、ラベルとして使用するQualifierの選択、フォントサイズ、2つの同心円のオーバーレイ機能、目盛り間隔を変更できる。 設計したスタイルは保存でき、他のプラスミドに適用できる。同心円の順序変更や追加・削除、編集が可能。プラスミドマップは |
環状ゲノムマップ ビューア・エディタ | 現在ロードされているゲノム配列に関する環状ゲノムマップの設計編集、フィーチャー同心円の追加・編集・削除、プロファイル同心円の追加・編集・削除、複数ゲノムの自動マップ生成、印刷・画像ファイル出力(PDF, PNG, WEF)が可能。設計されたサーキュラーレイアウトは、レイアウトスタイルとして保存でき、別のゲノム配列も同様のデザインで作成できる。様々スタイルの同心円をマップに追加できる。また、1個の同心円には、複数のフィーチャーを表示設定でき、ストランド指定、カラー分類、指定フィーチャーのみの表示などができる |
配列ファイルビューア | メインフィーチャーマップに現在表示されている領域の配列を表示するビューア。ビューア上で表示範囲の変更、逆ストランドの表示・非表示、アミノ酸翻訳の表示・非表示、目盛りの表示方法の変更、1行の表示塩基数を表示できる。また、PDF, PNG, EMFのフォーマットでそれぞれ画像ファイル出力できる。 |
機能:フィーチャーマップ操作 | |
ドックインとドックアウト | ドックイン・ドックアウト可能なペインは、Main Directory Tree, Reference Direactory Tree, Info Tab, Main Feature Map, Reference Feature Map, Toolbox は別方法で取り出せる |
フィーチャーマップズームスクロールパラメータ設定 | メインフィーチャーマップは、塩基単位、画面単位の左右スクロールが可能。専用ボタンあり。縦スクロールは、スクロールバーで操作。ズームはツールボックスあるいはメニューのズームボタンを使用。ズームインは、配列レーン上でのマウスドラッグによる指定、マウス右クリックでズームインできる。ズーム・スクロールの速度はSettingメニューから可能。 |
各種フィーチャ―リストとの連動機能 | フィーチャーキー検索、キーワード検索、配列パターン検索、機能分類検索、ゲノム統計表示、の各結果画面とフィーチャーマップが連動する。 |
配列レーンへの表示設定 | 配列レーン上で設定変更可能な項目は、核酸塩基およびアミノ酸のフォントサイズ変更、アミノ酸1文字コードの表示位置変更、核酸塩基およびアミノ酸残基の表示カラー変更、スタートおよびストップコドン候補の表示および憑依カラー設定である。 |
配列レーン上での操作 | 塩基配列選択、選択解除、塩基配列挿入、塩基配列削除、塩基配列置換、塩基配列コピー、新規フィーチャー登録、ホモロジーアーム設計、PCRプライマー設計 |
機能:フィーチャー上およびフィーチャーレーン上からの操作 | |
フィーチャーからの実行操作 | 参照ゲノムへの相同性検索、コドン頻度表表示、アミノ酸プロファイル表示、配列と注釈のコピー、フィーチャーを増幅するプライマー設計、アノテーションウィンドウの起動、デスクリプションウィンドウの起動、配列ビューアの起動とスタートコドン候補の表示、レーン属性の設定変更 |
フィーチャーのQualifier編集 | 表示カラー設定、文献ファイル添付、分子構造ファイル添付、フィーチャーマップ表示、ゲノムマップ表示、遺伝コード表変更 |
フィーチャーの編集 | 削除指定、削除、複製、イントロンの削除、エクソンの削除 |
機能:フィーチャーマップレイアウト設計 | |
コンテント・プロファイルレーン | レーン高さ変更、表示コンテント選択(GC Contentなど6コンテント、GC/AT Skew, Cumulative GC/AT Skew, Import Map Data, Fickett Profile)、背景色変更、プロファイルグラフのパラメータ変更、スライディングウィンドウパラメータ変更、間引き機能、グラフカラー変更。 |
ナビゲーションレーン | 表示対象フィーチャー(複数)選択可能。ストランド選択(Forward, Reverser, Both)、配置方法選択(Six Lane, Three Lane, Two Lane, One Lane, Pack)、間引き設定変更 |
パラメータ変更なしレーン | 配列レーン、縦スクロールバーレーン、配列スケールレーン、マップスケールレーン、フレームレーン |
フィーチャーレイアウトスタイル管理 | フィーチャーレイアウトスタイルの新規登録、編集、削除を行う。また、個別にスタイルをインポート、エキスポートする。リスト全体を別名で保存する。デフォルトのスタイルを変更できる。このリストは、メインウィンドウの上部インディケーター領域にプルダウンメニューとして表示され、現在ロードされているカレント配列にただちに適用できる。カレントディレクトリにある複数の配列ファイルを選択状態にして、プルダウンメニューから1つのスタイルを指定すると選択中の全部のファイルに適用される。 |
フィーチャーレイアウトスタイル設計機能 | フィーチャーレイアウトスタイルの設計マネージャー。スタイルへの新規レーンの登録、編集、削除、表示順序変更、スタイルの別名での保存を行う。既存のスタイルを呼び出し、編集することも可能。レーン毎の編集機能はレーン別に記述。 |
フィーチャーレーン | 表示フィーチャーキー(複数)選択、ストランド選択、配置方法(Six Lane, Three Lane, Two Lane, One Lane, Pack)、表示鎖変更(Forward, Reverse, Both)、エクソン表示方法変更、配置密度、レーンの高さ変更、オフセット変更 |
制限酵素レーン | 設定変更(レーン高さ、セット切替、制限酵素リストの絞り込み(認識配列長、パリンドローム性、末端形状(Blunt, Sticky)、DAM/DCM、対象配列の切断箇所数、制限酵素の選択) |
局所ゲノム再配置マップレーン | 変更可能なパラメータは、レーン高さ、縦オフセット、表示するフィーチャー(複数指定可能)、ストランド指定(Forward, Reverse, Both),配置方法(Six Lane, Three Lane, Two Lane, One Lane, Pack)、表示鎖変更(Forward, Reverse, Both)、エクソン表示方法変更、配置密度 |
機能:フィーチャー・フィーチャーキー設計 | |
フィーチャーへの連番付加 | フィーチャ―キー検索、キーワード検索、ゲノム統計の各検索結果からヒットしたフィーチャーに連番を付加できる。 |
フィーチャーキー新規登録・編集・削除 | フィーチャーキーの新規登録、編集、削除可能。ただし、必須フィーチャーキーの編集、削除はできない。新規登録時は、既登録フィーチャーキーをテンプレートとすることが可能。フィーチャーキー名、形状、背景パターン、枠カラー、塗りカラー、枠太さ、表示領域選択、ラベルとするQualifierの指定、使用するQualifierの複数指定が可能。 |
機能:参照ゲノムマップ操作 | |
多重リニアゲノムマップ=参照ゲノムマップ | 多重リニアゲノムマップは、近縁種間の複数のゲノム染色体からの並列フィーチャーマップである。参照ゲノムマップにロードされたゲノム配列のうち、カレントディレクトリにロードされた配列は全部自動的にマップ上に描画される。 |
機能:検索 | |
キーワード検索 | キーワードを入力して注釈を検索する。対象フィーチャーキーを複数選択可能。キーワードは複数指定可能。キーワード間の論理演算はAND/OR/NOT。検索範囲を限定可能。結果画面ではフィーチャーキー別の個数・配列上の位置・塩基長・遺伝子名・塩基配列・デスクリプションへのボタン・アノテーションへのボタンがリストされる、CDSではアミノ酸配列、+鎖ー鎖のみの選択、一括削除、コドン表、連番付加、FusionPCR、CSV/FastA/GenBankフォーマットでのファイル出力。Qualifier一括削除 |
フィーチャーキー検索 | カレント配列のフィーチャーキー数をカウント、検索対象のフィーチャーを複数選択可能、検索範囲限定可能、結果画面ではフィーチャーキー別の個数・配列上の位置・塩基長・遺伝子名・塩基配列・デスクリプションへのボタン・アノテーションへのボタンがリストされる、CDSではアミノ酸配列、+鎖ー鎖のみの選択、一括削除、コドン表、連番付加、FusionPCR、CSV/FastA/GenBankフォーマットでのファイル出力 |
遺伝子機能分類コード検索 | 遺伝子機能コード(任意だがCOG分類が一般的)を複数選択して、それらの機能を持つCDSフィーチャーを検索する。検索範囲指定可能。複数配列を検索対象にできる。 検索結果画面からはそれぞれの機能分類毎のCDS数、配列上の位置、ストランド、COGの説明、locus_tag、上流下流の遺伝子、CDSの塩基配列、デスクリプションウィンドウおよびアノテーションウィンドウへのリンクが表示される。アミノ酸配列を別途出力可能。ヒットCDSの一括削除、Fusion PCR, コドン使用頻度表表示が可能。CSV/FastA/G |
配列パターン検索 | 登録されている配列パターンを複数選択して、カレント配列中に存在するパターンを検出する。検索時にパターンを新規入力して検索することも可能。検索範囲指定可能。検索対象ストランド指定可能。1~2文字のミスマッチ検出可能。CDS領域あるいは遺伝子間領域の探索領域指定可能。CDSの上流・下流指定領域のみの検索可能。また、複数配列を検索対象として設定可能。 検索結果画面では、パターン毎に検出個数、配列上の位置、上流下流の遺伝子を表示可能。また、結果を新規フィーチャーとして自動登録可能。CSV/FastA形式で結果保存 |
配列パターン登録機能 | 塩基配列パターンおよびアミノ酸配列パターン(モティーフ)の登録、編集、削除が可能。配列パターンは正規表現に準拠。パターン名称とパターンの正規表現が登録できる。選択したパターンのリストをIMC独自形式(pattern.dat)で保存できる。初期設定に戻すことも可能。 |
重なり遺伝子検索 | 配列上でCDSが重複しているものを検索する。検索結果は、その位置とストランド。結果リストをCSV形式でファイル出力できる。 |
機能:ツール | |
2化合物間の代謝パスウェイ検索 | フィーチャーマップ上の2つのCDS上で、ソース化合物とターゲット化合物を指定して、2つの化合物を結ぶ代謝パスウェイを発見するツール。実行中にARMが起動される。原子トレースが可能で、炭素、窒素、硫黄について設定できる。 |
DNAアセンブラー | キャピラリーシーケンサフラグメントアセンブラー。現在改良中のため、使用できない。 |
NGSペアドファイル変換ツール | NGSのペアドフラグメントを1本に結合するツール |
アイ・スパイダー | 公開データベースから指定する配列ファイルを自動的にダウンロードするツール。ダウンロードリストにデフォルトで登録されているのは、5種のデータベース(RefsSeq microbial, COG, KOG, NR, TrEMBL)であるが、ユーザが任意の配列データベースを登録できる。 また、ダウンロードリストを別名で保存。あるいは同様リストの読込、リストのインポート、初期状態への回復が可能。手動でダウンロード実行、あるいは開始日時指定した自動実行が可能。ダウンロードされたファイルは指定したフォルダーに格納され |
タクシースパイダー | 微生物配列の属性リストをダウンロードし、それらをローカルに保存し、Taxonomy Treeの各枝に配置するツール。ローカルにディスクスペース47GBもの空き領域を必要とする。 Taxonomy Treeは2分割され、Super KingdomからOrderまでは、左のペイン、そこから1つ選択されたOrderに属するTreeを中央のペインに展開する。 Taxonomy の末端にある主としてSpeciesを選択すると、右側のペインに配列のリストが表示され、Nuc配列、AA配列の区別、Locus, defin |
ファイルフォーマットチェッカー | GenBank/EMBLフォーマットファイルを検査し、自動修復する。 |
代謝経路ファインダー・ビューア | ソース化合物からターゲット化合物までの代謝パスの探索と表示、複数のシングルパスの合成、酵素発現量データのグラフとマップへのオーバーレイ、化合物代謝データのマッピングとグラフ表示、新規反応登録、新規化合物登録、炭素・窒素・硫黄原子トレース機能 |
多重GenBank形式ファイル系統樹展開ツール | 1つのファイルに多数のゲノム配列データが格納されているデータを、その定義情報を参照して系統樹状に展開するツール。どのような系統の配列データがあるかわかりやすい。 |
機能:クローニング | |
DNAフラグメント末端修飾 | 制限酵素認識部位付加、チミン塩基付加、平滑化、リン酸化・脱リン酸化 |
PCR Primer 設計 | 配列レーンの塩基配列を選択して新規登録可能。フィーチャーレーンをドラッグして選択された領域内(外)に最適プライマーを設計。設計結果画面では条件に一致したプライマーセットをスコア順にリストアップ。項目属性は、生成物(塩基長、Tm, GC含量)、F/R Primer(Priming位置、Tm、GC含量、塩基配列)である。3'-末端にA塩基付加オプション。生成物最大塩基長で制限。この画面からプライマーセットを選択し、PCR実行可能。選択されたプライマーセットを新規フィーチャーとして登録可能。また、プライマーリス |
PCR Primer 設計パラメータ | 選択領域の内部(あるいは外部)にプライマーを設計する設定可能。設計可能領域幅変更、最低生成物塩基長、プライマー(最長・最短塩基長、最小・最大Tm、最小・最大GC含量、アニーリングオリゴ濃度、塩濃度)、3'末端塩基指定(G,C)、Priming Parameter (E-value, Percent Identity, Overlap Length)、Primer間Tm差、リピート配列長、自己相補性、3'安定性、3'自己相補性、スコア関数(選択、Tm係数、生成物係数)、設計回避領域設定可能(指定フィーチャー |
PCR Primerの管理 | 登録されたプライマー属性は、Primer ID、Primer配列、Primer塩基長、Tm、GC含量、登録日、コメント、PCRを実行したファイルへのリンク、である。リストは、Primer ID, Length, Tm, GC(%), Commentをキーとしてソート可能である。管理画面上からは、新規登録、編集、削除、末端への制限酵素認識部位付加、プライマーの任意の部位への制限酵素認識部位挿入、クリップボードへのコピー、が可能である。また、リスト全体あるいは一部を別名で保存、別リストの読込、プライマーのリス |
PCR反応 | インシリコでのPCRを実行する。実行は、プライマーリストから使用するPrimer Setを選択する方法、フィーチャーマップ上からのデザインリストからの実行、などがある。Amplifyを実行すると、生成物のリストが表示され、生成物を選択してカレントフォルダーにロード、あるいはCSV/FastA形式でのファイル出力が可能である。またContig Bridge機能とも連携している。 |
ゲノム塩基配列編集 | 分子生物学的な手段によらず情報処理的にゲノム配列を編集する。指定領域の削除、指定(複数)箇所での切断による断片化、コドンの置換 |
コンティグブリッジ | 複数のコンティグ配列をブリッジできるPCR Product配列をリストアップする。 |
シーケンシングPrimer自動設計 | カレント配列をシーケンシングするための全シーケンシングPrimerセットを自動設計する。設計パラメータとしては、デフォルトのPrimer設計パラメータの他にプライマー距離を設定できる。設計できなかった領域についてはパラメータを変更して、自動設計を繰り返す。結果は、CSV形式でファイル出力できる。 |
ライゲーション | カレントフォルダー上の2つのフラグメントのライゲーション、カレントフォルダー上の1つのフラグメントのセルフライゲーション |
一括PCR Primer 設計 | 事前にそのゲノム上にあるPCR 増幅したいCDSなどのリストをFeature Key検索などを利用して、ファイル保存しておく。そのファイルをして、この機能を実行するとリストにある各CDSを増幅するプライマーを全部自動的に設計する。設計できなかった領域については、パラメータを変更して自動設計を繰り返す。設計されたプライマーセットは、フィーチャーとして新規登録、プライマーリストに新規登録、CSV形式でファイル出力が可能である。 |
全ゲノムカバーPCR Primer設計 | 全ゲノムを等長のプロダクトでカバーする生成物を得るための自動プライマー設計機能。設計できなかった領域については、パラメータを変更して、全領域が成功するまで設計を繰り返すことができる。設計されたプライマーリストは、フィーチャーとして新規登録、プライマーとして新規登録、CSV形式でファイル出力が可能 |
制限酵素リスト操作 | セット選択、絞り込み(認識塩基数、パリンドローム、平滑・突出、DAM/DCM、切断箇所数、リスト保存、リスト編集、酵素新規登録、酵素編集、酵素削除、 |
制限酵素地図からの操作 | 配列ファイル切替、フィーチャーマップ表示、ズーム・スクロール、スライダー、バンド切り出し、ゲル電気泳動ウィンドウ起動 |
制限酵素消化断片のゲル電気泳動ウィンドウからの操作 | 電気泳動画像印刷、画像ファイル出力(PDF, PNG, EMF)、バンド切り出しと対応配列ファイル保存 |
制限酵素認識部位検索 | 探索領域選択、認識部位検索、認識部位リスト表示、制限酵素地図表示、複数配列からの一括検索 |
制限酵素認識部位検索結果画面からの操作 | 配列切替、別酵素追加検索、消化断片化、認識部位を新規フィーチャー登録、消化断片ファイルの登録、断片によるゲル電気泳動、リスト出力(CSV, FastA)、リストとフィーチャーマップの連動 |
複数テンプレートに対するPCR反応 | 複数のゲノム配列に対して、同じPrimerセットでPCR反応を実行する機能。それぞれのテンプレート上におけるPriming Siteの数と位置を表示、選択されたプロダクトのカレントフォルダーへのローディングおよびCSV形式でのファイル出力が可能である。 |
機能:ゲノム解析 | |
16SrRNAメタゲノム解析結果からの表示データ生成 | 16SrRNAメタゲノム解析の検索結果を使用して、Taxonomy Rank別のグラフデータなどを生成する。 |
16SrRNAメタゲノム解析:前処理~検索 | NGSでシーケンシングされた16SrRNAの断片配列を前処理する。ペアドフラグメントの場合は、自動的に結合する。使用するデータの数を限定可能。あらかじめ、16SrRNAのデータベースをロードしておく必要がある。各フラグメント配列をデータベースに対して、検索しTaxonomy アノテーションを実行する。 |
16SrRNA可変領域設定 | 16SrRNAメタゲノム解析の前処理として、使用する可変領域の設定とデータベース生成を行う。 |
ESTマッピング(カレントフィーチャーマップ上に) | シングルEST配列を複数指定し、カレント配列上に相同性によりマッピングする。イントロンの最大塩基長を指定し、隣り合うエクソン距離が離れた場合はマッピング対象外とする。実行後はマッピング候補リストが表示され、選択されたものだけを新規フィーチャーとして登録できる。 |
ORF抽出 | カレントゲノム配列からORF候補を抽出する。抽出範囲指定、遺伝子領域限定、遺伝子間領域長定義、オーバーラップする候補中からの最長抽出、開始位置の選択、スタートコドンが存在しない候補の抽出適・不適、オーバーラップする既登録フィーチャーキーの比較指定、が可能である。抽出された候補は新規フィーチャーとして登録できる。CSV/FastA形式でファイル出力可能。 |
アノテーション用外部サーバ設定 | オートアノテーション用の外部サーバを設定する。設定できるコマンドは、MetaGenomeAnnotator, AUGUSTUS, tRNAScan-SE, RNAmmerである。 |
アミノ酸翻訳 | 指定したフィーチャーキーの塩基配列を指定したコドン表によりアミノ酸配列に変換する。指定可能なフィーチャーキーは、CDS, ORF_XXX、ProkaryoteかEukaryteかの選択。ORFフィーチャーは翻訳後にCDSに変更される。 |
アミノ酸配列マッピング | 複数のアミノ酸配列ファイルを指定し、カレントゲノム配列上にマッピングする。エクソン領域のみにマッピングされるため、一つのアミノ酸配列からマッピングされたフラグメントは結合され、複数のポジションからなる1個フィーチャーとして登録できる。アミノ酸に注釈がある場合は転記される。 |
アラインメントエディター | マルチプルアラインメント結果からコンセンサス配列を編集する。マッチ・ミスマッチの記号とカラーを変更できる。 |
オートアノテーション | ゲノム配列の自動アノテーションを実行する。実行場所として、ローカル、ローカルエミュレータ、外部サーバから選択できる。あらかじめ、Create DBを使用して検索用データベースを実行場所に生成しておく必要がある。実行場所のOSによって選択できるコマンドが異なる。ゲノム配列は一度に複数指定可能で、実行はバッチ処理となる。検索用のコマンドは、blastp, blastx, tblastxから選択できる。出力ファイルはGenBank形式である。 |
カレント配列をクエリーとした一括相同性検索 | カレント配列をクエリーとして、指定した検索用データベースに対して相同性検索を実行する。ヒットした配列のQualifierのうち、指定したQualifierを自動転記する。 |
ゲノム統計情報表示 | カレントゲノム配列中に存在する全フィーチャーのフィーチャーキー別登録数を表示する。ここで選択されたフィーチャーキーに属するフィーチャーのリストが表示され、表示項目は、ゲノム位置、ストランド、GC含量、塩基別数、塩基組成、GC Skew, AT Skewスタートコドン候補個数、デスクリプションウィンドウ起動ボタン、アノテーションウィンドウ起動ボタン、である。ストランド別に選択できる。選択されたフィーチャーに対する連番付加機能がある。リストはCSV形式でファイル出力できる。選択されたフィーチャ―に連動して、メ |
ゲノム間特異領域検索 | カレントゲノム配列をクエリーとして、参照ゲノムのカレントにロードされているゲノム配列と比較して、特異(相同性がない)領域を探索する。特異領域検索結果画面から領域をクリックすると、各のマップはその位置を表示。CSV形式でファイル出力。 |
コアゲノム解析 | コアゲノム解析は、複数の近縁種ゲノム間での保存されたコア遺伝子を同定する機能である。カレントゲノム配列に対して、カレント参照ディレクトリにあるゲノム配列から解析対象ゲノムを選択可能。相同性スコアと 解析結果画面には、コア遺伝子がリストされ、各遺伝子行をクリックすると、メインフィーチャーマップと参照ゲノムマップはそれらの遺伝子領域を表示する。マルチプルアライメント表示可能で、機能はマルチプルアラインメントウィンドウの機能と同様。選択されたコア遺伝子をCSV形式でファイル出力可能。解析結果は専用フォーマットフ |
コドン使用頻度表示 | カレント配列ファイルのコドン頻度表を作成する。注釈付きゲノム配列の場合は、全CDSの頻度総計が計算される。CDS数、CDS上のコドン数、塩基数が表示される。表記はmRNAとDNA表示が可能。コドン別の割合と、頻度を切り替え表示できる。また、アミノ酸頻度も表示する。CSV形式でのファイル出力も可能 |
トレースマッピング | ABI/SCF形式のキャピラリーシーケンサから配列ファイルをカレント配列上にマッピングする。実行後は、マッピング候補リストが表示され、選択されたものだけをフィーチャ―として登録できる。登録後は、マップされたフィーチャからその波形プロファイルを表示できる。 |
フィーチャー演算子によるオーバーラップフィーチャー処理 | 同一フィーチャ―キーに属するフィーチャーが互いにオーバーラップする位置にある場合は、それらのフィーチャーのAND/OR/XORフィーチャーを新規生成し、登録する。新規に生成されるフィーチャーのフィーチャーキーは指定できる。 |
フィーチャー融合 | カレント配列の同一位置に同一Feature Keyを持つ2個以上のフィーチャーが存在する場合、これらのQualiferを継承して、1個のフィーチャーに融合する。 |
ベンダイアグラム解析 | すでに遺伝子が同定された近縁種ゲノム塩基配列についてそれらのGenBank形式ファイルを使い、それぞれのゲノム上に存在するすべての遺伝子の間に共通遺伝子か否かを判定し、3ゲノム間あるいは2ゲノム間のベン図(Venn Diagram)を描画する。共通遺伝子の判定には、NCBI Blastによるアミノ酸配列相同性検索のPercent IdentityおよびOverlap Lengthを使用。 結果画面からは、各グループに属する遺伝子の情報を表示し、ファイル出力が可能。結果画像は、PDF/PGN/EMF形式でフ |
マルチプルアラインメント | 複数の核酸あるいはアミノ酸配列間のアラインメントを作成する。メインカレントディレクトリにロードされている配列から複数選択可能。また、ホモロジー検索結果画面からもこの機能を起動できる。 結果画面からは、系統樹描画機能、シンプルエディター機能、クリップボードへのコピー、印刷が可能。一行に表示する文字数を変更できる。 |
参照ゲノム配列からの自動アノテーション | 参照ゲノム配列をクエリーとして、メインカレントディレクトリにロードされている全ゲノム配列に自動アノテーションする。実行後に候補リストが表示され、登録するかどうかを手動選択できる。 |
反復配列検索 | カレント配列中における反復配列を抽出する。結果ウィンドウが表示され、該当する行をクリックするとメインフィーチャーマップはその位置を示す。リストには、配列塩基長と2つの配列の位置、および塩基配列が表示される。選択した反復配列は新規フィーチャーとして登録できる。リストはCSV形式でファイル出力できる。 |
変異検索 | 近縁種ゲノム間の変異点を塩基単位で検出する。カレントゲノム配列を基準として、カレント参照ディレクトリにロードされているゲノム配列から複数を選択し比較する。ゲノム配列は遺伝子抽出されCDSフィーチャーが登録されている必要がある。検出部位をCDS上あるいは遺伝子間領域のどちらかに設定できる。検出判定基準は、%IdentityおよびOverlap率を変更できる。 解析結果画面には変異塩基のリストが表示され、表示項目はゲノム配列別に変異塩基、変異位置、gene name, ocus-Tagとなる。CSV形式でフ |
局所ゲノム再配置地図解析 | 2種の近縁種間の全体にわたり、かつ局所的なゲノムリアレンジメントマップを配列レベルで作成・描画する。カレント配列ゲノムを基準として、カレント参照ディレクトリにロードされている異なる近縁種ゲノムとの相同領域を検出し、塩基配列およびそれぞれのゲノムのフィーチャーをアラインメントした局所的ゲノム再配置マップを描画する。ローカルゲノムリアレンジメントマップと命名。実行後に、参照配列を取り込んだ新たな配列が生成され、その配列がカレント配列となる。ここではフィーチャレーンに参照ゲノムのレーンが自動的に追加されている。 |
広域ゲノム再配置地図解析 | 近縁種ゲノム間の全長にわたるゲノムリアレンジメントマップを作成・描画する。カレントゲノム配列と、カレント参照ディレクトリにロードされている近縁種ゲノム配列のうち選択(複数可)されたゲノム配列の間でペアワイズにゲノム全長を比較する。核酸配列での比較と、アミノ酸配列での比較が可能。相同性のクライテリアを変更可能。アミノ酸配列での比較の場合は、双方のゲノムともCDSが注釈付けされている必要がある。 結果画面からは、縦横ズーム、スクロール、相同ラインのピックアップ、任意のフィーチャ―キーの表示、非相同領域の表示、 |
系統樹の描画 | マルチプルアラインメント結果から、選択されたフィーチャ―の系統樹を描画する。水平表示、垂直表示、無根系統樹の指定ができる。また進化距離の表示・非表示が可能。ノードの形状をBox, Circle, Noneから選択できる。系統樹図は、PDF形式でファイル出力できる。外部で作成された系統樹ファイル(dnd形式)を読み込み、表示可能。 |
自動トランスクリプトームアノテーション付加 | トランスクリプトーム配列の自動アノテーションを実行する。実行場所は、ローカルのみである。あらかじめ、検索用データベースを生成しておく必要がある。生成される遺伝子のフィーチャーキーを指定できる。トップヒットからアノテーションに含める上からの順を指定できる。 |
複数ゲノム間EC番号存在不存在リスト生成 | 複数の近縁種ゲノムにおけるEC番号の付加状況をリストアップする。解析結果はEC番号順に各ゲノム配列に存在・非存在を表示する。このリストをCSV形式でファイル出力できる。 |
逆相補鎖変換 | カレント配列を全フィーチャーを含めて、それまでの逆相補鎖を順鎖とする配置に変換する。逆相補鎖変換された配列はその状態でファイル出力できる。もう一度実行すると元の鎖に戻る。 |
選択されたフィーチャーに対する一括相同性検索 | 選択されたフィーチャ―をクエリーとし、カレントディレクトリ中の各配列データ、および生成されている検索用データベースから指定されたデータに対して、相同性検索を実行する。ヒットした配列のQualifierのうち、指定したQualifierを自動転記する。 |
遺伝子クラスターアラインメント | 参照ゲノムマップ上に複数の注釈付きゲノム配列をロードし、一つのゲノムの1CDS上から他の遺伝子での相同な遺伝子を探索し、加えて周囲の遺伝子同士の相同性も検出し、結果として遺伝子クラスターのアラインメントを得るもの。 |
配列入力による相同性検索 | コピーアンドペーストあるいは配列指定によって入力された配列をクエリーとして、カレントディレクトリ(メインよびレファレンス)にある配列のうち選択された配列に相同性検索を行う。実行可能な相同性検索プログラムは、blastn, blastp, blastx, tblastx, tblastnである。相同性検索結果リストからは、ヒット領域を中央に表示するようにメイン・レファレンスの各マップがシフトする。 |
機能:アミノ酸配列解析 | |
プロファイル表示 | 疎水性、親水性、鎖柔軟性、表面性、分子量、アルファヘリックス、ベータシート、ベータターン、極性、バルキー性、総合スコア |
表示設定変更 | スライディングウィンドウ設定、プロファイルカラー設定、正規化、アミノ酸モティーフ表示、表示プロファイル選択、自動・手動スケール、基準線変更、ウェイト変更、 |
機能:ゲノム設計 | |
CAIによる遺伝子配列置換設計 | 異種組換を行うために、挿入遺伝子の遺伝子配列を宿主のCAIに合わせた配列に変換する。宿主のゲノム配列をカレント参照ゲノムにロードし、メインカレント配列を編集する。 |
In-Fusion クローニング 設計とビルド | カレント配列としてIn-Fusionクローニングに使用するベクターをロードしておく。設計画面では、最初にベクター配列が開環された状態で図示されている。開環部分にクローニングしたい複数の配列をIMC外部からドロップすると、開環部分にフラグメントが配置される。フラグメント同士の配置を移動できる。In-Fusion用のPrimer設計のためのパラメータには、Primer Size, 5' Junctionおよび3' Junctionのオーバーラップ塩基長、および設計されたPrimerに対して、名称付加、塩基長付 |
ギブソンアセンブリ 設計とビルド | |
ゲノムデザインチェッカー | カレント配列が遺伝子クラスターとして正しく構築されていることをチェックする。スタート・ストップコドンの有無、指定制限酵素サイトの個数、忌避配列の個数、スタートコドンから指定塩基長以内における必須配列の有無、宿主配列におけるレアコドンの検出。 |
コドン置換 | 選択されたCDSを指定した制限酵素で消化切断できないように置換する。置換に使用するコドンは指定したコドン頻度表に基づき、使用頻度の高いものとする。変更された元のコドンは、該当するCDSフィーチャーのQualifier /modified_base=に登録する。 |
フュージョンPCR 設計とビルド | ロードされているカレント配列からCDSをリストアップし、ぞれぞれを指定したプロモータおよびマーカーに接続して、Fusion PCR用のプライマーセットを連続設計する。設計されたプライマーはプライマーリストの登録、CSV形式でのファイル出力が可能である。 |
ホモロジーアーム設計 | ゲノム配列上の相同組換を行う領域をフィーチャーレーンで選択しておき、これを実行すると相同組換用のホモロジーアームを増幅するためのプライマーを設計する。増幅による生成物をカレント配列してロード、および参照ゲノムマップへのロードが可能である。 |
相同組換 | 参照ゲノムマップのカレントフォルダー上にインサート配列をロードしておき、カレントゲノム配列中の相同領域を指定することにより、相同組換を実行し、ゲノム配列をインサート配列で置き換える。組換後のゲノムは別配列としてカレントフォルダーにロードできる。 |