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メインフィーチャーマップ の フィーチャーレーン の選択領域に含まれるCDSフィーチャーをクエリー配列として、Blastを使用したホモロジー検索を実行します。

ホモロジー検索結果は各フィーチャーのQualifierに記録されます。

これらのQualifierを使用して、フィーチャーの形状、カラー、ラベルなどをそれらに従って表示することができます。

操作

フィーチャーレーン上の選択領域を相同組換領域とするホモロジーアームを設計します。

両側のホモロジーアームをゲノムからPCR増幅するためのプライマーを設計します。

操作

1. フィーチャーレーン上の選択領域（相同組換領域とする）上でマウス右クリックします。メニューが表示されます。
2. 「Homology Arm Design」をクリックします。
3. 
4. 「Homology Arm　Design」実行ダイアログが表示されます。

フィーチャーレーンの選択領域を増幅するPCRプライマーを設計します。

選択領域と設計されるプライマーの位置については、2種類の設定が可能です。

1. 選択領域の外側にフォワード・リバースプライマーを設計し、できるだけプロダクト塩基長が短くなるようにします。

この場合は、選択範囲の外側に設計できる範囲（黄色で示された範囲）を設定し、それを超える位置には設計できません。

デフォールト値は1000bpで、このパラメータは変更することができます。

２．選択領域の内側にフォワード・リバースプライマーを設計し、できるだけプロダクト塩基長が長くなるようにします。

この場合は、最小プロダクト塩基長を設定し、それ以下の短いプロダクトは設計できません。

デフォールト値は、100bpで、このパラメータは変更することができます。

また、設計されるプライマーの位置を固定するオプションがあります。

また、プライマー位置に制限酵素認識部位などの特定のフィーチャーキーのフィーチャーがある場合は、そのフィーチャーを避けて重ならない位置にプライマーを設計するオプションがあります。

フィーチャーキー別に避けるか避けないかを設定できます。

たとえば、選択領域の外部にプライマーを設計し、その範囲が薄い黄色の範囲であっても、「フィーチャーを避ける」設定にした場合は、フィーチャーとオーバーラップする領域にはプライマーを設計しません。

操作１

• メインフィーチャーマップ の フィーチャーレーン 上でマウスドラッグすることにより、その領域を選択することができます。

• 選択された領域上でのマウス右クリックにより、下記の機能を実行できます。

• Zoom IN the Selected Area: 選択領域を画面全体にズームインします
• Set Feature Lane: フィーチャーレーンの設定を行います
• PCR Primer Design: 選択領域を増幅するPCRプライマー設計を実行します
• Search Optimal Primers: 選択領域を増幅可能な登録済プライマーを検索します
• Design Homology Arm: 選択領域を相同組換領域とするホモロジーアームを設計します
• Replace Codon: 選択領域にある指定制限酵素認識部位のコドン置換し、制限酵素認識部位を解消します
• Save as a (New) Feature: 選択領域を新規フィーチャーとして登録します
  
  Delete Whole Feature: 選択領域に含まれるフィーチャーを削除します
• Change Feature Key: 選択領域に含まれるフィーチャーのフィーチャーキーを変更します
• Duplicate Features: 選択領域に含まれるフィーチャーの複製を指定フィーチャーキーで登録します
• Join Features: 選択領域に含まれるフィーチャーをジョインし、新規フィーチャーとして登録します
• Annotation Grade: 選択領域に含まれるフィーチャーのannotation_gradeを設定します
• Homology Search by Selceted Features: 選択領域に含まれるフィーチャーをクエリー配列としたBlast検索を実行します
• Translate: 選択領域に含まれるCDS/ORFフィーチャーをアミノ酸翻訳します
• Show Trace Chart: 選択領域に含まれるトレース波形を表示します
  
  Delete Nucleotide: 選択領域の塩基配列を削除します
• Auto Annotation by Selected Area…: 選択領域を自動アノテーションします
• ORF Extraction: 選択領域からORF抽出します
• Launch Annotation Window: 選択領域を操作範囲とするアノテーションウィンドウを起動します
• Copy Sequence to Clipboard: 選択領域の塩基配列をクリップボードにコピーします
• Copy Reverse Complement Sequence to Clipboard: 選択領域の逆相補鎖塩基配列をクリップボードにコピーします
• Copy Sequence and Features to Clipboard: 選択領域の塩基配列と領域に含まれるフィーチャーをクリップボードにコピーします
• Copy Reverse Complement Sequence and Features to Clipboard: 選択領域の逆相補鎖塩基配列と領域い含まれるフィーチャーをクリップボードにコピーします
• Set Qualifier: 選択領域に含まれるフィーチャーのQualifierを一括指定します
  • /color
  • /label
  • /featuremap
  • /genomemap
  • /trans_table

Clear Selection: 選択領域の選択解除を行います

フィーチャーレーンには登録されているフィーチャーを様々な図形で描画し、配置することができます。

また、フィーチャーを属性を表すQualifier情報は、ラベルとして表現できます。

フィーチャーレーンは、メインフィーチャーマップにいくつでも同時に表示できます。

それぞれのフィーチャーレーンに複数のフィーチャーキーを表示でき、異なるデザインを適用できます。

これらを組み合わせた複合的なフィーチャーマップを設計できます。

設計

• フレームレーンのストップコドン不在領域からCDSの候補を新規フィーチャーとして登録できます。
• これは、CDS予測機能ではありません。

操作

• メインフィーチャーマップ上のフィーチャーレーンにおいて、複数のエクソンをもつCDSフィーチャーは、第2エクソン以降のエクソンのフレームが第1エクソンとは異なるフレーム上にあっても、第1エクソンと同一のフレーム上に描画されます。

• 以下の様に、各エクソンを所属するフレーム上に描画することも可能です。

操作方法

コンテント・プロファイルレーンは、塩基組成などの数値をスライディングウィンドウ手法を用いて、それらのプロファイルを表示するためのレーンです。

コンテント・プロファイルレーンに表示できる登録済プロファイルは以下の通りです。

• GC Content
• AT Content
• A Content
• C Content
• G Content
• T Content
• GC Skew
• AT Skew
• Cumulative GC Skew
• Cumulative AT Skew
• Fickett
• Import Map Data

操作方法