eShop in silico

代謝ストリーム検索ツールです。

目的化合物を生成する代謝ストリームを検索します。

化合物ベクターデータおよび反応ベクターデータが付属しているため、導入後すぐに使用できます。

動作環境

• 動作OS: MacOSX.15以降 および Windows 10以降
• 動作Platform： MATLAB (2021b 以降） (MATLAB は納品されません。別途入手いただきます）

機能概要

• 目的化合物クエリーデータ入力機能
• 目的化合物を生成する代謝ストリーム検索機能
• 化合物ベクターデータプルーフリスト表示機能
• 反応ベクターデータプルーフリスト表示機能

付属データ

• 化合物ベクターデータファイル
• 反応式ベクターデータファイル

納品形式

• プログラム・スクリプトファイルはDVDに格納され、納品されます。ダウンロードも可能です。

Corynebacterium用の代謝ストリームビューアです。

サブシステム別に代謝ストリームを表示編集できます。

代謝物座標データが付属しているため、使用開始時点でも見やすい代謝ストリームを表示できます。

動作環境

• 動作OS: MacOSX.15以降 および Windows 10以降
• 動作Platform： MATLAB (2021b 以降） (MATLAB は納品されません。別途入手いただきます）

機能概要

• ゲノムスケールモデル入力機能
• 代謝ストリームの表示および編集機能
• 代謝解析データ・代謝実験データのオーバーレイ表示機能
• サブシステム別代謝ストリームの比較機能

付属データ形式

• 代謝物座標データ（XLS形式）
• 他にMap形式の補助データがあります。

納品形式

• プログラム・スクリプトファイルはDVDに格納され、納品されます。

特注ソフトウェア製品

利用者のニーズに応じたカスタマイズ可能なソフトウェア製品です。

GenomeScaleModel Design Checker

GenomeScaleModel Handlers

GenomeScaleModel Analyzers

GenomeScaleModel Creator / Generator

MetaModeller & MetaModelComparator

 FBA Executers

KnockOut Executers

代謝モデル用辞書

代謝モデル解析に使える辞書類です。代謝モデル解析用にチューニングされています。

Metabolite Dictionary

Reaction Dictionary

 生物種別　ゲノムスケールモデル構築・解析用データ

GSM Data Sets for Species

代謝反応自動分類ソフトウェア

ReactionClassifier

酵素関連データベース

酵素の反応物・生成物に関するデータベース製品

EnzymeReactantProductDB

ゲノムスケールモデル製品

オリジナルMET ID, REACTION ID を任意のIDに変換した製品です。

Bacteria

Fungi 

代謝ストリームワークベンチ関連製品

代謝ストリームワークベンチ上で動作する個別特注製品です。

生物種別代謝ストリームビューア

MetabolicStreamViewer

代謝ストリームファインダー

MetabolicStreamFinder