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ゲノムデザインメニュー

最新更新記事 (ソリューション)

チュートリアル

IMC B2DA31 フィーチャーレーン上の選択領域のCDSをクエリーとしてBlast検索する

メインフィーチャーマップフィーチャーレーン の選択領域に含まれるCDSフィーチャーをクエリー配列として、Blastを使用したホモロジー検索を実行します。

ホモロジー検索結果は各フィーチャーのQualifierに記録されます。

これらのQualifierを使用して、フィーチャーの形状、カラー、ラベルなどをそれらに従って表示することができます。

操作

続きを読む: IMC B2DA31...

IMC B2DA41 フィーチャーレーン上の選択領域のORF/CDSをアミノ酸翻訳

メインフィーチャーマップのフィーチャーレーン上の選択領域に含まれるCDSフィーチャーやORF候補フィーチャーをアミノ酸翻訳します。

ORF候補フィーチャーはフィーチャーキーを自動的にCDSに変更します。

アミノ酸翻訳時に使用する遺伝暗号表を変更することができます。

操作

  1. メインフィーチャーマップのフィーチャーレーンの選択領域上でマウス右クリックします。
  2. メニューが表示されます。
  3. 「Translate」を選択します。
  4. 「Translation Setting」ダイアログが表示されます。
  5. 選択領域に含まれるCDS/ORFフィーチャーのみチェック可能となっています。
  6. 遺伝暗号表を変更する必要があれば「Transl_table」プルダウンメニューからその番号を選択します。
  7. 「CodonTable」ボタンをクリックすると、その番号に対応する遺伝暗号表が表示されます。
  8. Close」ボタンをクリックします。
  9. 「Codon Table」が閉じます。
  10. 「Run」をクリックします。
  11. 各ORFフィーチャーがCDSに変更され、それぞれ遺伝暗号表に基づきアミノ酸翻訳されます。

 

IMC B2DA72 フィーチャーレーンの選択領域からORF抽出する

原核ゲノム配列からORF候補を抽出し、新規フィーチャーとして登録します。

ORF候補の判定は、ストップコドン不在領域の長さによって行います。

3種類の塩基長範囲のストップコドン不在領域(ORF_long, ORF_Middle,ORF_Short)を設定できます。

ORF候補はTranslate機能でCDSに変更することができます。

操作

  1. メインカレントディレクトリーに原核生物のゲノム塩基配列をロードします。
  2. ここでは例として、サンプルデータのBsub50kb.fastaを使用します。
  3. ロードすると通常はカレント配列となり、メインフィーチャーマップに表示されます。
  4. メインフィーチャーマップに表示されない場合は、メインディレクトリ上のこの配列をクリックします。
  5. メニューから「Genome Analysis -> ORF -> ORF Extraction」をクリックします。
  6. 「Range Setting」ダイアログが表示されます。
  7. 「Only Longest ORFs are Extracted in case of Overlap」チェックボックスにチェックします。
  8. 「Run」をクリックします。
  9. 「Stard ORF Search?」確認メッセージが表示されます。
  10. 「はい(Y)」をクリックします。
  11. ORF抽出が終了すると、「ORF Site」ダイアログが表示されます。
  12. 左側のリストにORF種類別のORF候補検出件数が表示されます。
  13. 左側のリストの各チェックボックスにチェックします。
  14. あるいは、左下の「Select All」をクリックします。
  15. 右側のリストに各ORF候補のフレームNo、開始塩基位置、終了塩基位置、塩基長、ストランド、塩基が表示されます。
  16. 抽出されたORF候補全部をフィーチャーとして登録する場合は、右下の「Select All」をクリックします。
  17. 全部のORF候補にチェックされます。
  18. 「Insert New Feature」をクリックします。
  19. 「Insert New Feature?」確認メッセージが表示されます。
  20. 「はい(Y)」をクリックします。
  21. 「Completed!!!」メッセージが表示されます。
  22. 「OK」をクリックします。
  23. 「ORF Site」ダイアログをクローズしないでおくと、各ORF候補の位置の確認に使用できます。
  24. 右側リストのORF候補の1つをクリックします。
  25. メインフィーチャーマップの対応するフィーチャーの位置がハイライトされます。
  26. 「ORF Site」ダイアログの「Close」をクリックします。
  27. 「ORF Site」ダイアログが閉じます。
  28. メインフィーチャーマップのフィーチャーレーン上に、登録されたORF候補のフィーチャーが表示されています。

次に、「ORF候補のフィーチャーキーをCDSに変更し、アミノ酸翻訳します」に進みます。

IMC B2DA05 フィーチャーマップ上で相同組換用ホモロジーアームを設計

フィーチャーレーン上の選択領域を相同組換領域とするホモロジーアームを設計します。

両側のホモロジーアームをゲノムからPCR増幅するためのプライマーを設計します。

 

操作

  1. フィーチャーレーン上の選択領域(相同組換領域とする)上でマウス右クリックします。メニューが表示されます。
  2. 「Homology Arm Design」をクリックします。
  3. 「Homology Arm Design」実行ダイアログが表示されます。

続きを読む: IMC B2DA05...

IMC B2K1 フレームレーンからのCDS候補手動登録

  • フレームレーンのストップコドン不在領域からCDSの候補を新規フィーチャーとして登録できます。
  • これは、CDS予測機能ではありません。

操作

続きを読む: IMC B2K1 フレームレーンからのCDS候補手動登録

IMC B2C レーンの共通操作

「Layout Style」ダイアログを使用すると、メインフィーチャーマップにレーンを追加したり、編集、削除することができます。

メインカレントディレクトリーにゲノム塩基配列をロードすると、通常はデフォールトレイアウトスタイルが適用され、デフォールトレイアウトスタイルに従って、メインフィーチャーマップが表示されます。

サンプルデータの「Bsub50kb.gbk」を例として説明します。

ここでは、レイアウトスタイルにVertical Scroll Barレーンしか定義されていない状態からレーンを追加、編集、削除する操作方法を説明します。

最初にスケールレーンを追加します。メニューからSettings -> Layout Style…を選択します。

「Layout Style]ダイアログが表示されます。

「Vertical Scroll Bar」だけが表示されています。

(通常はデフォールトレイアウトスタイルが適用され、他のレーンも表示されます)

ここに、「配列レーン」を追加します。

ダイアログ下部の「Add」をクリックします。

「Lane Setting」ダイアログが表示されます。

デフォールトでは、Featureレーンが表示されています。

Lane Type]のプルダウンメニューから、「Sequence]を選択します。

表示が以下のように変わります。

「Set」をクリックします。「Set」をクリックします。

「Lane Setting」ダイアログは閉じて、「Lane Style」ダイアログの「Vertical Scroll Bar]レーンの下に、「Sequence]レーンが追加されます。

「Lane Style]ダイアログの下部にある「Apply」をクリックします。

「Apply?」確認メッセージが表示されます。

「はい(Y)」をクリックします。

メインフィーチャーマップの「Vertical Scroll Bar」の下に「Sequence」レーンが表示されます。

次に「Ruler for Sequence」を追加します。

「Add」をクリックし、「Lane Setting」ダイアログの「Lane Type」から「Ruler for Sequence]を選択します。

表示が以下のように変わります。

「Set」をクリックします。

「Lane Setting」ダイアログが閉じて、「Sequence」レーンの下に「Ruler for Sequence]レーンが追加されます。

「Apply」をクリックします。

メインフィーチャーマップの一番下に、「Ruler for Sequence」レーンが追加されます。

「Ruler for Sequence」レーンを上に移動します。

「Ruler for Sequence」レーンのチェックボックスにチェックします。

「Up」を2回クリックします。

「Ruler for Sequence」レーンが一番上に移動します。

 

「Apply」をクリックします。

メインフィーチャーマップ上でも配列スケールレーンが一番上に表示されます。

次にフィーチャーレーンを追加します。

「Add」をクリックします。「Lane Setting」ダイアログが表示され、デフォールトの「Feature」レーンの設定用画面となっています。

そのまま「Set」をクリックします。

「Lane Setting」ダイアログの一番したに、「Feature{xxxx」が追加されます。

(この記述は、選択されているフィーチャーキーによって変わります)

「Confirm?」確認メッセージが表示されます。

「はい(Y)」をクリックします。メインフィーチャーマップの一番下に、フィーチャーレーンが表示されます。

(フィーチャーの形状やカラー、ラベルなどは設定状況によって変わります)

上では全部のフィーチャーキーが選択され、表示されている状態ですが、これを編集して、フィーチャーレーンに表示するフィーチャーキーを絞り込んでみます。

「Feature」レーンにチェックします。

「Edit」をクリックします。

「Lane Setting」ダイアログが表示されます。

Featureプルダウンメニューのフィーチャーキーは全部選択されている状態ですが、「CDS」をクリックして、CDSだけが選択されている状態にします。

「Set」をクリックします。

「Lane Setting」ダイアログが閉じて、「Layout Style」のFeatureレーンの記述が「Feature{CDS}…」のように変わります。

「Apply」をクリックします。

「Apply?」確認メッセージが表示されます。

「はい(Y)」をクリックします。

メインフィーチャーマップのフィーチャーレーンにはCDSだけが表示されます。

 次に、「Sequence」レーンを非表示にしてみます。

「Layout Style]ダイアログの「Sequence」レーンの眼玉アイコンをクリックします。

直ちに、「Sequence」レーンが非表示になります。

もう一度、目玉アイコンがあった位置をクリックすると、元通りに表示されます。

最後に、レーンを削除します。

「Sequence」レーンにチェックします。

「Delete」をクリックします。

「Delete?]確認メッセージが表示されます。

「はい(Y)」をクリックします。

「Layout Style」ダイアログから、「Sequence」レーンが削除されますが、メインフィーチャーマップの配列レーンはまだ表示されています。

「Apply」をクリックします。

「Apply?」確認メッセージが表示されます。

「はい(Y)」をクリックします。

「Sequence]レーンがフィーチャーマップから削除されます。

IMC E04H ヒット配列を新規フィーチャーとして登録

  • レファレンス側のクエリーでメインフィーチャーマップ上の配列に対する相同性検索のヒットがあった場合は、そのヒット領域を新規フィーチャーとして登録することができます。

操作

  1. メインフィーチャーマップにまだアノテーションされていないゲノム配列をロードします。
  2. カレントレファレンスディレクトリーにメインフィーチャーマップ上のゲノムの近縁種ゲノムでアノテーションされている配列をロードします。
  3. レファレンスマップ上の1つのフィーチャーの上でマウス右クリックします。メニューが表示されます。
  4.  
  5. 「Show Homology N.A.」をクリックします。「Show Homology N.A.」をクリックします。
  6. 「Start Homology Search?」確認メッセージが表示されます。
  7.  
  8. 「はい(Y)」をクリックします。
  9. 検索が実行され、実行中は進捗メッセージが表示されます。
  10. 検索が完了すると、「Completed!」という完了メッセージが表示され、Blast検索結果ダイアログが表示されます。
  11. ここでメインフィーチャーマップ上のヒットエントリーをクリックすると、メインフィーチャーマップ上の相同領域が反転します。
  12.  
  13. この行のチェックボックスにチェックし、「Insert New Feature」をクリックします。
  14. 「Select Feature Key」ダイアログが表示されます。
  15. Feature Key欄のプルダウンメニューから新規フィーチャーのFeature Keyを選択します。
  16. 「Run」をクリックします。
  17. 登録が完了すると「Completed!!」という完了メッセージが表示されます。
  18. メインフィーチャーマップ上の相同領域に新規フィーチャーが登録されます。

IMC E04G ヒット配列とクエリー配列のペアワイズアラインメント

ヒット配列とクエリー配列のペアワイズアラインメントは、BLAST検索結果ダイアログからすぐに表示できます。

操作

Blast検索を実行します。

Blast検索結果ダイアログが表示されます。

ヒットエントリリストの一番右側に「Alignment」カラムがあり、それぞれのカラムに「Show」ボタンが表示されています。

ある行の「Show」をクリックすると、ペアワイズ「Alignment」ダイアログが表示されます。

このダイアログからアラインメント配列をクリップボードにコピーすることができます。

「Close」をクリックすると、「Alignment」ダイアログは閉じます。

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