ゲノム比較
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- 多重ゲノム・アラインメント・フィーチャーマップ
- 染色体間での 相同性検索
- フィーチャーアラインメント、遺伝子クラスターアラインメント
- 環状ゲノムマップ （フィーチャーレイアウトスタイル 対応）
- ドットプロット
- 広域ゲノム再配置地図 作成（Global Genome Rearrangement Map）
- 局所ゲノム再配置地図 作成（Local Genome Rearrangement Map）
- ベン図 (Venn Diagram)：オーソログ解析用
- コアゲノム解析
- 変異株間 変異抽出
- 反復配列検出
- 次世代シーケンサ からの 16SrRNA による メタゲノム解析
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サブカテゴリ
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複数の近縁種ゲノムのフィーチャーや組成を同心円上に並列描画する機能です。
描画ダイアログから、同心円を自由に追加・編集・削除することができます。
- 複数の注釈付染色体塩基配列の任意のフィーチャーを表示
- 複数の染色体塩基配列の任意のコンテント・スキューを表示
- フィーチャー・コンテント表示順序変更
- GenomeMap表示指定フィーチャーのみの表示
- 同心円別の独立カラー設定
- レイアウトスタイルを登録し、多数のゲノムの環状ゲノムマップを効率よく作成
- 環状ゲノムマップの印刷（PDF,EMF,PNG)
- 実装：
 
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- この機能は以下のエディションに実装されています。
- 2つのゲノム配列間の相同領域をドットマトリックスで表示します。
- カレントゲノム配列とカレント参照ディレクトリにロードされている１つのゲノム配列を選択して比較します。
- ドットカラーをOverlap塩基長、%Identigyの段階別に設定できます。結果表示画面では、ズーム、シフト、矩形で選択した任意の領域の拡大、ドットカラー設定、ナビゲーションウィンドウ、表示ドット数の制限、フィーチャーキー表示（フィーチャ―マウスオーバーで注釈を表示）が可能です。
- ドット画像は、PDF/PNG/EMF形式でファイル出力可能で、印刷設定も可能です。
- ドットリストはCSV形式でファイル出力可能です。
ベン図（Venn Diagram）は集合論で使用される図で、3個の集合（4集合以上の場合も描画可能ですが、IMCでは3集合以下のみ描画します）間の要素の数の分布を示したものです。
それぞれの集合に属する要素を円内に示し、それらが重なり会う部分を共通要素として示します。
生物学への応用として近縁種ゲノム間の相同遺伝子の数を図示することに使用されます。
遺伝子クラスターアラインメントは、複数の近縁種ゲノムの１つの遺伝子に着目し、その近傍（上流にN個の遺伝子範囲、下流にN個の遺伝子範囲）を含めて、近縁種ゲノムとの間の相同性の有無を調べ、BBHがある場合には相同遺伝子同士を帯で結合表示するものです。
パンゲノムからコアゲノムを抽出します。
具体的には近縁種ゲノム集団から、共通遺伝子を抽出します。
集団が大きい場合は計算時間がかかりますので、コア数の多い計算機で実行することを推奨します。
実装エディション：IMCGE
,AE,DS
- 近縁種ゲノム（パンゲノム）間の変異点を塩基単位で検出します。
- カレントゲノム配列を基準として、カレント参照ディレクトリにロードされているゲノム配列から複数を選択し比較できます。
- ゲノム配列は遺伝子抽出されCDSフィーチャーが登録されている必要があります。
- 検出部位をCDS上あるいは遺伝子間領域のどちらかに設定できます。
- 検出判定基準については、%IdentityおよびOverlap率を変更できます。
- 解析結果画面には変異塩基のリストが表示され、表示項目はゲノム配列別に変異塩基、変異位置、gene name, ocus-Tagとなります。
- 結果はCSV形式でファイル出力できます。
- メモリーサイズを増やすと、解析可能なパンゲノムサイズも大きくなります。
IMCSE
