ライゲーション
目的と概要
- ライゲーションは、分子クローニングを実行するために不可欠な実験です。IMCでは、注釈付塩基配列を含む様々な塩基配列同士を実際のクローニング実験と同様に結合して、その産物を生成します。すべての注釈はライゲーション産物にも正しく継承され、かつその産物も元の塩基配列と同様にIMCの多くの機能を使って解析することができます。
機能
- 塩基配列同士をその末端形状が相補的に一致する場合は、ライゲートし、１つの塩基配列にします。
- 最大5断片までの塩基配列をライゲーションできます。
- 3断片以上のライゲーションは、IMCGE以上で実行できます。
- 生成可能な全ライゲーション配列を生成できます。
- Version 7.24以降では、ライゲーション産物の完全相補配列を別な生成物としてカウントしています。
- GenBankやEMBL形式の注釈付塩基配列も同様にライゲーションが可能で、それらの注釈はライゲーション生成物に正しく継承されます。
- 塩基配列の末端同士の形状と配列が相補的に一致する場合は、環状塩基配列を生成します。
- 生成されたライゲーション産物における各断片のインサート方向をチェックするために使用できる制限酵素のリストを表示します。
- またそれらの制限酵素を使用した場合のゲル電気泳動パターンを表示します。
- カレントフォルダーにロードされているすべての塩基塩基配列の末端形状を表示します。
- ライゲーション産物として生成される塩基配列は、元の塩基配列と同様に解析することができます。
制限事項
- 現在、6個以上の塩基配列を連結するライゲーションはできません。
アルゴリズム
- IMC上で制限酵素切断された配列には、末端の状態を示す特殊なFeature KeyとQualifierが生成されます。
