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参照ゲノムマップにゲノム塩基配列をロードするだけでBlast検索用データベースが自動的に作成され、そのデータベースに対する相同性（Blast)検索を簡単に実行できます。

相同性検索にはクエリー配列と配列データベースおよび検索プログラムの指定が必要です。

検索を実行するには以下の方法があります。

• クエリー配列を直接入力する
• クエリー配列をペーストする
• ファイルとして保存されているクエリー配列ファイルを参照する
• メインフィーチャーレーン上の１つのフィーチャーを右クリックして、そのフィーチャ―の配列をクエリー配列とする
• 参照フィーチャーマップ上の１つのフィーチャーを右クリックして、そのフィーチャ―の配列をクエリー配列とする
• メインフィーチャーレーンの選択領域（マウスドラッグで選択できます）にあるすべてのフィーチャーの配列をクエリー配列（複数クエリー）とする：GE以上に実装

検索用のデータベースには以下があります。

• カレント参照フィーチャーマップにロードされているゲノム塩基配列（CDS上のアミノ酸配列を含む）
• 登録されているゲノム塩基データベースあるいはアミノ酸配列データベース
• インターネット経由でNCBIの塩基配列データベースあるいはアミノ酸配列データベース

検索プログラムは以下から選択できます。

• BlastN
• BlastP
• BlastX
• tBlastN
• tBlastX