in silico biology, co.jp - フィーチャーマップとレーン

フィーチャーマップ

IMC のフィーチャーマップは多様なカスタマイズ機能（フィーチャーレイアウトスタイル対応）を有しており、望み通りの遺伝子地図などを描画、印刷することができます。

遺伝子地図（フィーチャーマップ）作成、地図のカスタマイズ（フィーチャー配置方法、形状、カラー、ラベル）

独自フィーチャーキーの登録

環状DNA 対応のスクロール、地図描画

高速ズーム、スクロール、ナビゲーションレーン

GenBank/EMBL フォーマットファイルとの連動

コンテントマップ（組成ファイル）のグラフ描画・印刷

フィーチャーレイアウトスタイルを使用することにより、複数の機能別レーンを組み合わせてフィーチャーマップを描画する際に予め登録したレイアウトを適用することにより、簡単に複雑なフィーチャーレイアウトをもつフィーチャーマップを描画することができます。

配列レーンには、現在ロードされている塩基配列ファイルの塩基および、もしそこがコーディング領域である場合はアミノ酸配列がそれぞれストランド別に表示されます。

配列レーンはフィーチャーマップのどの位置にも配置することができます。必要であれば2個以上の配列レーンを１つのフィーチャーマップ上に配置できます。

塩基4種類とアミノ酸20種類はそれぞれ個別に異なるカラーで表示することができます。

描画カラーおよびフォントサイズの変更は、フィーチャーセッティングのSequence Lane タブペインで行います。

アミノ酸1文字コードをコドンのどの位置に置くかを変更することができます。

スタートコドン候補やストップコドンの位置を示す矩形をフレーム表示領域に表示できます。

フォントタイプの変更はできません。

上図は、Forward StrandにあるCDS、rRNA、tRNAを3フレーム表示にしたフィーチャーレーンのサンプルです。
フィーチャーレーン設定ダイアログからは以下の機能が実行できます。
表示フィーチャーキー（複数）選択、ストランド選択、配置方法（Six Lane, Three Lane, Two Lane, One Lane, Pack)、表示鎖変更(Forward, Reverse, Both)、エクソン表示方法変更、配置密度、レーンの高さ変更、オフセット変更。

コンテント・プロファイルレーン設定ダイアログから設定可能な項目は以下の通りです。
レーン高さ変更、表示コンテント選択（GC Contentなど6コンテント、GC/AT Skew, Cumulative GC/AT Skew, Import Map Data, Fickett Profile)、背景色変更、プロファイルグラフのパラメータ変更、スライディングウィンドウパラメータ変更、間引き機能、グラフカラー変更。

Navigation Laneは、Feature Map全体の鳥瞰地図を表示し、スライダでFeature Mapの表示位置を移動することができます。

ナビゲーションレーン設定ダイアログから変更可能な項目は以下の通りです。
表示対象フィーチャー（複数）選択可能。ストランド選択(Forward, Reverser, Both)、配置方法選択（Six Lane, Three Lane, Two Lane, One Lane, Pack)、間引き設定変更。