eShop in silico

この操作の前に、「Set Pathway Draw Data」を実行してください。IMC起動後一度だけ実行します。

ローカルパスウェイビルダーで使用するペイン

上段3列目：LMS:　Local Pathway Builder タブペイン

• 代謝パスウェイ描画領域です。ここに代謝パスウェイが描画されます。
• このタブペインは取り外し可能で、かつリサイズできます。

中段1列目：GSM: GenomeScaleModel　タブペイン

下段2列目：EM: Extendable Metabolites　タブペイン

• 現在描画されている代謝パスウェイから１反応で到達できるメタボライトのリストを表示する　タブペインです。

下段3列目：Rxn: Rxns List タブペイン

• Current GenomeScaleModel　の　Reaction List　を表示する　タブペイン　です。
• 各カラムでソートできます。

下段3列目：Mets: Species List タブペイン

• Current GenomeScaleModel　の　Metabolte(Species) List を表示する　タブペイン　です。

下段4列目：ER: Extendable Rxns タブペイン

操作方法

1. メニューから METABOLIC STREAM > Load GenomeScaleModel をクリックします。
2. Load SBML ファイル選択ダイアログが表示されるので、ゲノムスケールモデル（SBMLフォーマット）を選択します。
3. 注：現在使用できるゲノムスケールモデルは、BiGG モデルです。
4. ロードが完了すると、下段３列目の Rxns List タブペインにその情報がリスト表示されます。
5. 1反応の描画
6. Rxns List タブペインから最初に描画したい反応を選択し、クリックします。
7. Local Pathway Builder タブペインにその反応が描画されます。
8. 現在描画されている反応の代謝物から続く反応を追加
9. Extendable Mets　List タブペインに表示されている代謝物を1個クリックすると、その代謝物が仲介する反応をExtendable Rxns List タブペインに表示します。
10. Extendable Rxns List の反応を1個クリックするとその反応がLocal Pathway Builderに追加されます。