ゲノムスケールモデルと注釈付きゲノム配列データから、GPR:GeneProductRelationを自動あるいは手動で注釈付けするソフトウェアです。
機能概要
- ゲノムスケールモデルのロード機能
- 注釈付きゲノム配列データのロード機能
- ゲノムスケールモデルのReaction情報に対するのGeneProductAssociation関連注釈の解析機能
- 対応する生物種のゲノム情報におけるgene注釈との自動リンク機能
- 複雑なGeneProductAssociationルールを可視化した論理図に変換する機能
- ゲノムスケールモデルに注釈されたgene情報のIDと対応するゲノム背哲情報が対応しない場合に、相同性検索によりIDを対応化する機能
使用データ形式
- ゲノムスケールモデルデータ形式： XML, Matlab, CSV
- 注釈付きゲノム情報データ形式： GenBank
ソフトウェアの動作環境
- 動作OS: MacOS 11, 12, 13 および Windows 11
- 動作Platform： MATLAB (2022b 以降）
納品形式
- データファイルはUSBメモリーに格納され、納品されます。また、データが更新された場合はダウンロードサービスがあります。
