eShop in silico

ゲノムスケールモデルと注釈付きゲノム配列データから、GPR:GeneProductRelationを自動あるいは手動で注釈付けするソフトウェアです。

機能概要

• ゲノムスケールモデルのロード機能
• 注釈付きゲノム配列データのロード機能
• ゲノムスケールモデルのReaction情報に対するのGeneProductAssociation関連注釈の解析機能
• 対応する生物種のゲノム情報におけるgene注釈との自動リンク機能
• 複雑なGeneProductAssociationルールを可視化した論理図に変換する機能
• ゲノムスケールモデルに注釈されたgene情報のIDと対応するゲノム背哲情報が対応しない場合に、相同性検索によりIDを対応化する機能

使用データ形式

• ゲノムスケールモデルデータ形式：　XML, Matlab, CSV
• 注釈付きゲノム情報データ形式：　GenBank

ソフトウェアの動作環境

• 動作OS: MacOS 11, 12, 13 および Windows 11
• 動作Platform： MATLAB (2022b 以降）

納品形式

• データファイルはUSBメモリーに格納され、納品されます。また、データが更新された場合はダウンロードサービスがあります。