GSModelGenerator from RelatedModel (MLC_MGRM) は生物種(株)のゲノム情報から、その生物独自のゲノムスケールモデルを生成します。
動作環境
- 動作OS: MacOSX.14以降 および Windows 10
- 動作Platform: MATLAB (2020a 以降)、Java8, Python3 (MATLAB, Java8 および python3 は納品されません。別途入手いただきます)
- 必要外部ソフトウェア/データベース
- COBRAToolbox V3.0 (COBRAToolbox は納品されません。別途入手いただきます)
- SBMLToolbox (SBMLToolBox は納品されません。別途入手いただきます)
モデル生成機能
- 原核生物および真核生物種に対応しています。
- 目的とする生物種株についてのアノテーション付きアミノ酸配列情報を入力データとして使用します。
- 参照するデータは、参照生物種のアミノ酸配列情報、既存ゲノムスケールモデルです。
- 目的とする生物種のゲノムスケールモデルが出力されます。
解析機能
- 自動生成されたゲノムスケールモデルを編集できます。
- 生成されたゲノムスケールモデルのバリデーション解析を実行可能です。
- 生成されたゲノムスケールモデルについてFBA, FVAをはじめとするモデル解析機能を実行可能です。
データ形式
- 使用するデータはすべてテキストフォーマットにて記述されています(一部、圧縮されたデータがありますが、これらはすべてテキスト形式に展開可能です)。このため、通常のテキストエディターで直接編集することができます。
カスタマイズ
他製品との連携機能
納品形式
- データおよび必要なプログラムはDVDあるいはUSBメモリーに格納され、納品されます。ご希望によりダウンロード納品も可能です。