eShop in silico

インシリコバイオロジー株式会社公式オンラインショップサイト

自社広告(当サイトから離れません)

eShop in silico 使用期限付きライセンス製品

1年以内の期間限定ライセンスを使用される方向けの格安製品です(日本消費税込)
ライセンスは自動継続されません。継続使用される方も、再度、新規購入してください。海外からの購入の場合は海外居住者登録してください。

サイト内全文検索

MD-GMRST Gene2RxnConverter 概要

Gene2RxnConverter (MD_GMRST) は生物種(株)のゲノム情報から、その近縁種を含む多数のゲノムスケールモデルの酵素遺伝子情報を比較し、その生物独自のゲノムスケールモデルに必要な全反応情報を生成します。

動作環境

  • 動作OS: MacOSX.14以降 および Windows 10
  • 動作Platform: MATLAB (2019b 以降)、Java8, Python3 (MATLAB, Java8 および python3 は納品されません。別途入手いただきます)
  • 必要外部ソフトウェア/データベース
    • COBRAToolbox V3.0 (COBRAToolbox は納品されません。別途入手いただきます)
    • SBMLToolbox (SBMLToolBox は納品されません。別途入手いただきます)
    • Solver (Solver は同梱されません。別途入手いただきます)

変換機能(自動変換・手動変換)

  • 原核生物および真核生物種に対応しています。
  • 目的とする生物種株についてのアノテーションされているゲノム情報を入力データとして使用します。
  • 参照するデータは、参照生物種のアミノ酸配列情報、既存ゲノムスケールモデルです。
  • 目的とする生物種のゲノムスケールモデルに使用する反応情報が出力されます。
  • 一部の反応については、手動編集する必要があります。

解析機能

  • 生成されたゲノムスケールモデルについてはFBA, FVAの実行が可能です。

データ形式

  • 使用するデータはすべてテキストフォーマットにて記述されています(一部、圧縮されたデータがありますが、これらはすべてテキスト形式に展開可能です)。このため、通常のテキストエディターで直接編集することができます。

カスタマイズ

  • このソフトウェアはカスタマイズ可能です。

他製品との連携機能

  • 当社の販売する他製品との連携が可能です。

納品形式

  • データおよび必要なプログラムはDVDあるいはUSBメモリーに格納され、納品されます。ご希望によりダウンロード納品も可能です。

eShop 製品一覧

選択中のライセンスに対応する試用版

ご購入の前に試用ライセンスで動作確認ができます