Gene2RxnConverter (MD_GMRST) は生物種(株)のゲノム情報から、その近縁種を含む多数のゲノムスケールモデルの酵素遺伝子情報を比較し、その生物独自のゲノムスケールモデルに必要な全反応情報を生成します。
動作環境
- 動作OS: MacOSX.14以降 および Windows 10
- 動作Platform: MATLAB (2019b 以降)、Java8, Python3 (MATLAB, Java8 および python3 は納品されません。別途入手いただきます)
- 必要外部ソフトウェア/データベース
- COBRAToolbox V3.0 (COBRAToolbox は納品されません。別途入手いただきます)
- SBMLToolbox (SBMLToolBox は納品されません。別途入手いただきます)
- Solver (Solver は同梱されません。別途入手いただきます)
変換機能(自動変換・手動変換)
- 原核生物および真核生物種に対応しています。
- 目的とする生物種株についてのアノテーションされているゲノム情報を入力データとして使用します。
- 参照するデータは、参照生物種のアミノ酸配列情報、既存ゲノムスケールモデルです。
- 目的とする生物種のゲノムスケールモデルに使用する反応情報が出力されます。
- 一部の反応については、手動編集する必要があります。
解析機能
- 生成されたゲノムスケールモデルについてはFBA, FVAの実行が可能です。
データ形式
- 使用するデータはすべてテキストフォーマットにて記述されています(一部、圧縮されたデータがありますが、これらはすべてテキスト形式に展開可能です)。このため、通常のテキストエディターで直接編集することができます。
カスタマイズ
他製品との連携機能
納品形式
- データおよび必要なプログラムはDVDあるいはUSBメモリーに格納され、納品されます。ご希望によりダウンロード納品も可能です。