eShop in silico

GenomeComparator for Fungi (GAA-GCFG) は２つFungiゲノムを比較し、遺伝子やCDSの差分を自動抽出します。

動作環境

• 動作OS: MacOSX.14以降 および Windows 10
• 動作Platform： MATLAB (2019b 以降）、Java8, Python3 (MATLAB, Java8 および python3 は納品されません。別途入手いただきます）
• 必要外部ソフトウェア
  • COBRAToolBox V3.0 （COBRAToolBox は納品されません。別途入手いただきます）
  • Solver (Solver は同梱されません。別途入手いただきます）

解析機能

• ２個（基準ゲノムと比較対照ゲノム）の全真核ゲノム配列を比較します。
• ２個の共通集合遺伝子を抽出します。
• ２個の差分遺伝子を抽出します。
• 専門辞書を使用して、遺伝子・酵素IDをゲノムスケールモデル用に変換統一します。
• 真核生物のゲノム配列に対応していますが、高等生物の場合は処理時間がかかります。

データ形式

• 使用するデータはすべてテキストフォーマットにて記述されています（一部、圧縮されたデータがありますが、これらはすべてテキスト形式に展開可能です）。このため、通常のテキストエディターで直接編集することができます。

カスタマイズ

• このソフトウェアはカスタマイズ可能です。

他製品との連携機能

• 当社の販売する他製品との連携が可能です。

納品形式

• データおよび必要なプログラムはDVDに格納され、納品されます。ご希望によりダウンロードも可能です。