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GAA-GCFG GenomeComparator for Fungi 概要

GenomeComparator for Fungi (GAA-GCFG) は2つFungiゲノムを比較し、遺伝子やCDSの差分を自動抽出します。

動作環境

  • 動作OS: MacOSX.14以降 および Windows 10
  • 動作Platform: MATLAB (2019b 以降)、Java8, Python3 (MATLAB, Java8 および python3 は納品されません。別途入手いただきます)
  • 必要外部ソフトウェア
    • COBRAToolBox V3.0 (COBRAToolBox は納品されません。別途入手いただきます)
    • Solver (Solver は同梱されません。別途入手いただきます)

解析機能

  • 2個(基準ゲノムと比較対照ゲノム)の全真核ゲノム配列を比較します。
  • 2個の共通集合遺伝子を抽出します。
  • 2個の差分遺伝子を抽出します。
  • 専門辞書を使用して、遺伝子・酵素IDをゲノムスケールモデル用に変換統一します。
  • 真核生物のゲノム配列に対応していますが、高等生物の場合は処理時間がかかります。

データ形式

  • 使用するデータはすべてテキストフォーマットにて記述されています(一部、圧縮されたデータがありますが、これらはすべてテキスト形式に展開可能です)。このため、通常のテキストエディターで直接編集することができます。

カスタマイズ

  • このソフトウェアはカスタマイズ可能です。

他製品との連携機能

  • 当社の販売する他製品との連携が可能です。

納品形式

  • データおよび必要なプログラムはDVDに格納され、納品されます。ご希望によりダウンロードも可能です。

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