GSMDesignChecker (MLC_MMCP) は多数のゲノムスケールモデルを比較し、共通集合ゲノムスケールモデル、和集合ゲノムスケールモデルを生成します。
動作環境
- 動作OS: MacOSX.14以降 および Windows 10
- 動作Platform: MATLAB (2019b 以降)、Java8, Python3 (MATLAB, Java8 および python3 は納品されません。別途入手いただきます)
- 必要外部ソフトウェア
- COBRAToolBox V3.0 (COBRAToolBox は納品されません。別途入手いただきます)
- Solver (Solver は同梱されません。別途入手いただきます)
モデル形式と編集
- 10個までのゲノムスケールモデルを同時に比較します。
- 全体の共通集合ゲノムスケールモデルを生成します。
- 全体の和集合ゲノムスケールモデルを生成します。
- 選択された一部のゲノムスケールモデル間の共通集合モデル、和集合モデルを生成します。
- ID変換辞書を用いて、それぞれのモデルのIDや名称をできるだけ統一します。
- 真核生物および原核生物のすべてのモデルに対応しています。
解析機能
データ形式
- 使用するデータはすべてテキストフォーマットにて記述されています(一部、圧縮されたデータがありますが、これらはすべてテキスト形式に展開可能です)。このため、通常のテキストエディターで直接編集することができます。
カスタマイズ
他製品との連携機能
納品形式
- データおよび必要なプログラムはDVDに格納され、納品されます。ご希望によりダウンロードも可能です。