GSMDesignChecker (MLC_DCBK) はゲノムスケールモデルの構文をチェックし、エラー箇所の修正を支援する(一部自動修正)ソフトウェアシリーズです。
動作環境
- 動作OS: MacOSX.14以降 および Windows 10
- 動作Platform: MATLAB (2019b 以降)、Java8, Python3 (MATLAB, Java8 および python3 は納品されません。別途入手いただきます)
- 必要外部ソフトウェア
- COBRAToolBox V3.0 (COBRAToolBox は納品されません。別途入手いただきます)
- Solver (Solver は同梱されません。別途入手いただきます)
モデル形式と編集
- ゲノムスケールモデルは、MATLAB に直接読込み、その構文解析を実行できます。
- モデル上に検出されたエラーの一部のみ自動編集できます。それ以外のモデル部分の修正は半自動で一括修正できます。
- モデル全体はテキストエディターを使用して編集できます。
- 真核生物および原核生物のすべてのモデルに対応しています。
解析機能
データ形式
- 使用するデータはすべてテキストフォーマットにて記述されています(一部、圧縮されたデータがありますが、これらはすべてテキスト形式に展開可能です)。このため、通常のテキストエディターで直接編集することができます。
カスタマイズ
他製品との連携機能
納品形式
- データおよび必要なプログラムはDVDに格納され、納品されます。ご希望によりダウンロードも可能です。