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MLC-MMAN MetaModeller Analysis Kit 概要

MetaModeller はゲノムスケールメタモデルを生成(Creator Kit)し、その代謝の様子を解析(Analysis Kit)するソフトウェアシリーズです。

MetaModeller Analysis Kit はゲノムスケールメタモデルの代謝を解析します。

動作環境

  • 動作OS: MacOSX.14以降 および Windows 10
  • 動作Platform: MATLAB (2019b 以降)、Java8 (MATLAB およびJava8 は納品されません。別途入手いただきます)
  • 必要外部ソフトウェア
    • COBRAToolBox V3.0 (COBRAToolBox は納品されません。別途入手いただきます)
    • Solver (Solver は同梱されません。別途入手いただきます)

モデル形式と編集

  • 納品されるメタモデルは、MATLAB あるいは同梱されるAnalysis Kitにより、直接読込み、その代謝解析を実行できます。
  • MATLABおよび同梱されるAnalysis Kitでは、メタモデルの一部のみ編集できます。それ以外のモデル部分の編集はテキストエディターを使用して編集できます。
  • 代謝物名称および反応名は3種類の内部記述形式(独自、KEGG, BiGG)を持っています。
  • 各代謝物はその存在する細胞部位を指定することが可能です。
    • MATLAB および同梱されるAnalysis Kit により、代謝物別に局在部位(Compartment)を指定できます。真核生物および原核生物のすべてのCompartmentに対応しています。

解析機能

  • FBA: Flux Balance Analysis
  • FVA: Flux Variability Analysis
  • その他

データ形式

  • 使用するデータはすべてテキストフォーマットにて記述されています(一部、圧縮されたデータがありますが、これらはすべてテキスト形式に展開可能です)。このため、通常のテキストエディターで直接編集することができます。

カスタマイズ

  • メタモデルの代謝物(化合物)名称、IDを利用者の希望する形式にカスタマイズします。
  • メタモデルの反応名、IDを利用者の希望する形式にカスタマイズします。
  • メタモデルの代謝物の細胞内局在部位(Compartment)指定を利用者の希望によりカスタマイズします。

他製品との連携機能

  • 当社の販売する他製品との連携が可能です。

納品形式

  • データおよび必要なプログラムはDVDに格納され、納品されます。ご希望によりダウンロードも可能です。

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