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IMC i02C フィーチャーレーンの選択フィーチャーを増幅するプライマー設計

メインフィーチャーマップ の フィーチャーレーン 上の選択したフィーチャーを増幅する PCRプライマー設計 を行います。

操作

メインフィーチャーマップ にPCRするフィーチャーをもつ ゲノム配列 をロードし、カレント配列 とします。

増幅したい フィーチャー をクリックします。

フィーチャーが選択され 補色 で表示されます。

フィーチャー上でマウス右クリックします。

プルダウンメニュー が表示されます。

PCR Primer Design を選択します。

PCR Primer Design ダイアログ が表示されます。

Show Parameter… をクリックします。

ダイアログ が拡大し、プライマー設計 のパラメータ群が表示されます。

選択したフィーチャー全体を含む PCRプロダクト を増幅したい場合は、Outside を選択します。

選択したフィーチャーの内部の一部を増幅した場合は、Inside を選択します。

Start Design をクリックします。

プライマー設計 が実行され、終了すると Primer Design List ダイアログ が表示されます。

設計条件を充たしたすべての プライマーセット が表示されます。

一番上の行にチェックします。

チェックされた プライマーペア が増幅する領域が フィーチャーレーン 上にカラーで表示されます。

Amplify をクリックします。

確認メッセージ Start PCR? が表示されます。

「はい(Y)」をクリックします。

PCR反応 が実行され、Amplify List ダイアログ が表示されます。

通常は1つの プロダクト が表示されています。

チェックします。

Load をクリックします。

この PCR Product が メインカレントディレクトリ にロードされます。

確認メッセージ Completed!!! が表示されます。

「OK」をクリックします。

確認メッセージ が閉じます。ロードされた PCR Product をクリックします。

メインフィーチャーマップ が切り替わり、その PCR Product の フィーチャーマップ が表示されます。

増幅された領域には最初に選択されたフィーチャーが含まれています。