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eShop in silico 初期購入ライセンス製品(新規のお客様向け)

初めてIMCライセンスを購入される方向けの製品です
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IMC W708 Blast Color 設定タブペインの説明

Blast Color タブペイン では バッチホモロジー検索自動アノテーション 遺伝子クラスターアラインメント、広域ゲノム再配置マップ などを実行した結果、フィーチャーに 自動転記 された項目に従い各フィーチャーを カラー分類 するための設定を行います。

カラー分類には、2種類あり、1つは各 フィーチャー図形 全体を一色でべた塗りするもので、もう1つはフィーチャーの塩基配列あるいはアミノ酸配列毎にその 一致度 により塗りカラーを変えるものです。

後者の場合は、大縮尺では塗りカラーは間引きされます。

2種類からの選択は View Type ラジオボタンで行います。

 

View Type ラジオボタン:Area をオンにした場合は、フィーチャー全体を一色で塗ります。

Set Blast Color with e-value, overlap, % identity and Color セクション: 

このセクションでは、相同性スコア の条件により 塗りカラー を設定します。条件は最大100条件まで設定でき、リストの上から条件が吟味されていきます。行の条件を充たした場合は、その塗りカラーが適用され、それより下位の条件は判定されません。判定条件が入力されていない行については、判定は行われず、そのまま下位の条件判定に移ります。すべての条件を充たさなかった場合は、「Other Blast Color Setting」セクションの設定が適用されます。

E-value 範囲テキストフィールド: E-Value については、条件の上限と下限の範囲を設定します。ゼロまたは正の実数値を入力します。左辺の値は右辺の値より小さい値を入力します。指数表記も可能です。

Overlap テキストフィールド: クエリー配列 と サブジェクト配列 の アラインメント長 が全長に占める割合を指定します。正の実数値を入力します。

% Identity テキストフィールド: クエリー配列 と サブジェクト配列 の アラインメント領域 における塩基あるいは残基の一致度をパーセンテージで指定します。正の実数値を入力します。

Other Blast Color Setting セクション: ここでは条件リストをすべて充たさなかった場合の塗りカラーを設定します。

When not satisfying the above conditions カラーボックス: 条件をすべて充たさなかった場合の塗りカラーを設定します。

View Type ラジオボタン:One Base をオンにした場合は、フィーチャー範囲の全塩基あるいは残基単位の一致度で塗りカラーを変えます。

One Base Color Setting セクション: 

ホモロジー検索の結果、クエリー配列

とサブジェクト配列が塩基あるいは残基ごとに一致しているか否かで塗りカーを変えることができます。

A.A. Match カラーボックス: クエリーと サブジェクト のアミノ酸が一致する場合にこの塗りカラーが適用されます。

A.A. Same Type カラーボックス:クエリーとサブジェクトのアミノ酸が 同一タイプ の場合にこの塗りカラーが適用されます。

A.A. Mismatch カラーボックス:クエリーとサブジェクトのアミノ酸が一致しない場合にこの塗りカラーが適用されます。

N.A. Match カラーボックス:クエリーとサブジェクトの塩基が一致している場合にこの塗りカラーが適用されます。

N.A. Mismatch カラーボックス:クエリーとサブジェクトの塩基が一致しない場合にこの塗りカラーが適用されます。

 

Feature Setting 共通操作ボタンについてはこちらをご覧ください。

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