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IMC W702 Sequence Lane タブペイン説明

Sequence Lane タブペイン では 配列レーン のスクロール幅設定、目盛り設定、フォント設定が可能です。

また、Sequence Lane 上に表示する塩基やアミノ酸の表記方法をカスタマイズすることができます。

Sequence Scale Parameters セクション:

Sequence Lane のスクロール幅や、目盛り設定、グリッド設定が行えます。

Base Shift Left プルダウンメニュー:プルダウンメニューからSequence Lane の左スクロール幅を選択します。Sequence Laneの横サイズを1とした場合の左スクロール幅を選択します。マウス1回のクリックで、1は等幅、1/2は2分の1幅、1/4は4分の1幅を左スクロールします。

Base Shigt Right プルダウンメニュー:プルダウンメニューからSequence Lane の左スクロール幅を選択します。Sequence Laneの横サイズを1とした場合の右スクロール幅を選択します。マウス1回のクリックで、1は等幅、1/2は2分の1幅、1/4は4分の1幅を右スクロールします。

Interval of Scale Auto ラジオボタン:Autoラジオボタンをオンにすると、Sequence Lane の目盛り間隔は自動的に設定されます。

Interval of Scale Custom ラジオボタン:Customラジオボタンをオンにすると、Sequence Lane の目盛り間隔を任意に設定できます。

Interval of Scale Custom 入力フィールド:Custom入力フィールドには、Sequence Laneの目盛り間隔を直接入力します。入力できるのは正の整数で単位は bp です。

Show Grid Line チェックボックス:チェックするとシーケンスレーンにグリッド(点線)を表示します。

Font セクション:

Font Size プルダウンメニュー:プルダウンメニューからシーケンスレーンに表示する塩基文字やアミノ酸残基文字のフォントサイズを選択できます。

アミノ酸文字配置セクション:シーケンスレーン上で塩基配列はそれぞれ1文字で表示されます。アミノ酸配列は1つのコドン(3塩基)に対応しますから、塩基3文字にアミノ酸残基1文字が表示されます。コドン3文字の中で、どの文字の上にアミノ酸残基1文字コードを表示するかを指定します。

Forward Strand プルダウンメニュー:このプルダウンメニューからシーケンスレーンの順鎖上でのアミノ酸残基表示位置を変更できます。

Reverse Strand プルダウンメニュー:このプルダウンメニューからシーケンスレーンの逆相補鎖上でのアミノ酸残基表示位置を変更できます。

Codon Setting セクション:

Show Start Codon チェックボックス:チェックすると、シーケンスレーンのアミノ酸表示用領域にスタートコドン候補を表示します。

Show Start Codon カラーボックス:シーケンスレーンに表示するスタートコドン候補の表示カラーを設定します。このカラーは透明度が自動的に設定されるため、実際の表示カラーは透明になります。

Show Stop Codon チェックボックス:チェックすると、シーケンスレーンのアミノ酸表示用領域にストップコドンを表示します。

Show Stop Codon カラーボックス:シーケンスレーンに表示するストップコドンの表示カラーを設定します。このカラーは透明度が自動的に設定されるため、実際の表示カラーは透明になります。

Show Stop Codon Absent Region チェックボックス:チェックすると、指定された塩基数以上の範囲でストップコドンが存在しない領域を表示します。

Stop Codon Absent Length 入力フィールド:その領域をストップコドン不在領域とするための最小塩基長を入力します。3の倍数を入力します。

Show Stop Codon Absent Region カラーボックス:ストップコドン不在領域を表示するカラーを指定します。

Show Amino Acid チェックボックス:チェックすると、ストップコドン不在領域上にアミノ酸残基を表示します。

Nucleotide Sequence Color セクション:

塩基文字のカラーを変更します。

A カラーボックス: アデニン(Adenyne)の表示文字カラーを設定します。

C カラーボックス: シトシン(Cytosine)の表示文字カラーを設定します。

G カラーボックス: グアニン(Guanine)の表示文字カラーを設定します。

T カラーボックス: チミン(Thymine)の表示文字カラーを設定します。

M カラーボックス: アミノ(Amino)塩基の表示文字カラーを設定します。

R カラーボックス: プリン(Purine)塩基の表示文字カラーを設定します。

W カラーボックス: 弱水素結合(Weak)塩基の表示文字カラーを設定します。

S カラーボックス: 強水素結合(Strong)塩基の表示文字カラーを設定します。

Y カラーボックス: ピリミジン(Pyrimidine)塩基の表示文字カラーを設定します。

K カラーボックス: ケト(Keto)塩基の表示文字カラーを設定します。

V カラーボックス: 非チミン(Not T)塩基の表示文字カラーを設定します。

H カラーボックス: 非グアニン(Not G)塩基の表示文字カラーを設定します。

D カラーボックス: 非シトシン(Not C)塩基の表示文字カラーを設定します。

B カラーボックス: 非アデニン(Not A)塩基の表示文字カラーを設定します。

N カラーボックス: 不明、どれでもよい塩基の表示文字カラーを設定します。

X カラーボックス: 使用しません。

Amino Acid Color セクション:

アミノ酸残基文字カラーを変更します。

A カラーボックス: アラニン(Alanine)の表示文字カラーを設定します。

R カラーボックス: アルギニン(Arginine)の表示文字カラーを設定します。

N カラーボックス: アスパラギン(Asparagine)の表示文字カラーを設定します。

D カラーボックス: アスパラギン酸(Aspartate)の表示文字カラーを設定します。

C カラーボックス: システイン(Cysteine)の表示文字カラーを設定します。

Q カラーボックス: グルタミン(Glutamine)の表示文字カラーを設定します。

E カラーボックス: グルタミン酸(Glutamate)の表示文字カラーを設定します。

G カラーボックス: グリシン(Glycine)の表示文字カラーを設定します。

H カラーボックス: ヒスチジン(Histidine)の表示文字カラーを設定します。

I カラーボックス: イソロイシン(Isoleucine)の表示文字カラーを設定します。

L カラーボックス: ロイシン(Leucine)の表示文字カラーを設定します。

K カラーボックス: リジン(Lysine)の表示文字カラーを設定します。

M カラーボックス: メチオニン(Methionine)の表示文字カラーを設定します。

F カラーボックス: フェニルアラニン(Phenylalanine)の表示文字カラーを設定します。

P カラーボックス: プロリン(Proline)の表示文字カラーを設定します。

S カラーボックス: セリン(Serine)の表示文字カラーを設定します。

T カラーボックス: スレオニン(Threonine)の表示文字カラーを設定します。

W カラーボックス: トリプトファン(Tryptophan)の表示文字カラーを設定します。

Y カラーボックス: チロシン(Tyrosine)の表示文字カラーを設定します。

V カラーボックス: バリン(Valine)の表示文字カラーを設定します。

U カラーボックス: 使用しません。

B カラーボックス: アスパラギンあるいはアスパラギン酸(Asx)の表示文字カラーを設定します。

Z カラーボックス: グルタミンあるいはグルタミン酸(Glx)の表示文字カラーを設定します。

X カラーボックス: 不明、どれでもよい残基の表示文字カラーを設定します。

Show Complementary Color チェックボックス:チェックすると、塩基配列文字を表示する場合に、その文字カラーを指定カラーの補色で表示し、背景を文字カラーで表示します。

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