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eShop in silico 初期購入ライセンス製品(新規のお客様向け)

初めてIMCライセンスを購入される方向けの製品です
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IMC B2H40 配列レーン上の塩基配列の間に別の塩基配列を挿入する

  • メインフィーチャーマップの配列レーンの塩基配列の間に別の塩基配列を挿入します。

 

注意事項

  • 塩基配列が挿入されるため、挿入位置より下流にある塩基位置やフィーチャー位置がすべて自動的にシフトします。
  • コーディング領域の内部に挿入位置がある場合は、下流のアミノ酸配列やストップコドンが変わる場合があります。
  • 従って、コーディング領域の長さが大きく変わる場合があります。
  • また、3の倍数以外の塩基数が挿入されると読み枠が変わります。
  • 制限酵素認識部位の内部に挿入すると、通常認識部位ではなくなります。

挿入塩基配列の指定方法には以下の4種があります。

  • Input入力エリアに直接塩基配列をキーインする方法:
  • 挿入する塩基配列を格納したファイルを参照する方法:使用できるファイルフォーマットは、GenBank,EMBL,FastA, ABI, SCFです。
  • クリップボードにコピーされている塩基配列をペーストする方法:フィーチャーレーンやシーケンスレーンから塩基配列をクリップボードにコピーできます。
  • クリップボードにコピーされている塩基配列とフィーチャーをペーストする方法:フィーチャーレーンやシーケンスレーンから塩基配列とフィーチャーを同時にクリップボードにコピーできます。

操作方法

  1. 配列レーンの塩基配列上にマウスを移動します。
  2. マウスの形状が変わります。
  3. 2つの塩基の間でマウスクリックします。
  4. 「Input Sequence」ダイアログが表示されます。
  5.  
  6. 「Input]入力エリアに挿入する塩基配列を直接キーインします。
  7.  
  8. 「Insert]をクリックします。
  9. 「Insert Nucleotide?」という確認メッセージが表示されます。
  10.  
  11. 「はい(Y)」をクリックします。
  12. 指定した配列の間に入力した塩基配列が挿入されます。
  13. 下流にフィーチャーが登録されている場合は、すべて挿入塩基長分自動的にシフトされます。
  14.  
  15. 挿入する塩基配列が格納されたファイルを指定する場合は、File Name入力フィールドに絶対パス表示のファイル名を直接入力するか、「Ref…」をクリックします。
  16. 「Insert」をクリックします。
  17. クリップボードに挿入する塩基配列がコピーされている場合には、「Paste from Clipboard」がクリック可能になっています。
  18.  
  19. 「Paste from Clipboard」をクリックします。
  20. クリップボードから塩基配列がInput入力エリアに挿入表示されます。
  21.  
  22. Input入力エリアに表示された塩基配列は編集可能です。
  23.  
  24. 「Insert」をクリックすると、挿入位置に入力エリアの塩基配列が挿入されます。
  25. クリップボードにフィーチャー付きの塩基配列がコピーされている場合には、「Paste Sequence and Feature(s) from Clipboard」チェックボックスがチェック可能となっています。
  26.  
  27. 「Paste Sequence and Feature(s) from Clipboard」チェックボックスにチェックします。
  28. 「Ref…」ボタンとFilename入力フィールドが使用不可となります。
  29. 「Insert]をクリックします。
  30. 挿入塩基位置にクリップボードの塩基配列が挿入され、それに付随するフィーチャーも転記されます。

 

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