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eShop in silico 使用期限付き格安ライセンス製品

1年以内の期間ライセンスを使用される方向けの格安製品です
ライセンスは自動継続されません。継続使用される方は、再度ご購入ください。

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IMC W212C 参照ゲノムからの半自動アノテーション操作ダイアログ

  • Auto Annotation by Reference Dataの結果操作用にダイアログです。
  • 参照ゲノムをBlast検索用データベースとして、メインカレントゲノム配列に半自動的に注釈を追加します。
  • このアノテーション機能では、一度に複数のゲノム配列に対してアノテーションを実行できるため、Name欄にはアノテーションされたメインカレントゲノム配列のリストが表示されます。
  • そのうち1つの配列をクリックすると、その配列に属する結果が表示されます。

Screening欄は、検索結果を絞りこむためにあります。絞り込みのキーは以下の3種類です。

  • Identity:クエリー配列とヒット配列のアラインメント領域における一致度(パーセント値)
  • E-Value:同じ組成のランダムな配列と比較した場合にこの検索空間で偶然一致する配列が存在する確率
  • Bit Score:検索使用するマトリックスに指定されたクエリー配列とヒット配列の一致・不一致スコアの総和Screen:それぞれの値の範囲を入力し、このボタンをクリックすると絞り込みが実行されます。

ヒットリスト:クエリー配列としたレファレンスゲノムのフィーチャー別にヒットサブジェクトがリストアップされます。

カラム別説明

  • チェックボックス:チェックすると選択状態となるFeature Key:参照ゲノム上のクエリーフィーチャーのフィーチャーキー
  • Query Length:参照ゲノム上のクエリーとなるフィーチャーの塩基長
  • Subject Length:参照ゲノム配列の塩基長
  • Identity:クエリー配列とヒット配列のアラインメント領域における一致度(パーセント値)
  • Alignment Length:アラインメント領域の塩基長
  • Mismatches:アラインメント領域におけるクエリー配列とヒットサブジェクト配列の不一致塩基数
  • Gap Openings:アラインメント領域における生成されたギャップの塩基長
  • Query Start:クエリーフィーチャー配列の相対開始塩基位置
  • Query End:クエリーフィーチャー配列の相対終了塩基位置
  • Subject Start:参照ゲノム配列の絶対開始塩基位置
  • Subject End:参照ゲノム配列の絶対終了塩基位置
  • E-Value:同じ組成のランダムな配列と比較した場合にこの検索空間で偶然一致する配列が存在する確率
  • Bit Score:検索使用するマトリックスに指定されたクエリー配列とヒット配列の一致・不一致スコアの総和
  • Sequence:ヒットサブジェクトのアラインメント領域の配列
  • Alignment (Figure):クエリー配列とヒットサブジェクトのそれぞれ全長とアラインメント領域を図示したもの
  • Alignment (Button):クリックすると、クエリー配列とヒットサブジェクト配列のペアワイズアラインメントダイアログが表示される。
  • Gpff (Button):クリックすると、ヒットサブジェクトのGPFFのFeature Key、 Qualifier、Valueリストが表示され、選択したエントリーをQualifierとして、コピーできる。