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IMC E04T01 アミノ酸配列ファイルからローカルBlast検索用データベースを作成

  1. アミノ酸配列ファイルからローカルのPCやMac上でBlast検索を実行するための網の配列データベースを作成してみます。
  2. 例として、COGアミノ酸データファイルをBlast検索できるようにBlastデータベース化します。
  3. COGアミノ酸データファイルは、IMCのインストール時にコピーされ、以下に保存されています。
  4. Windowsでは、c:\Program Files (x86)\isb\imc\dataにあるmyvaとして格納されています。
  5. 予めこのファイルを一時的な格納場所にコピーしておきます。たとえば、ユーザ\Workなどの一時ディレクトリを作成してそこにコピーします。
  6. 操作方法IMCを起動して、メニューからFile -> Create Blast DB…を選択します。
  7.  
  8. 「Blast DB List」ダイアログが表示されます。
  9.  「Add Amino Acid DB…」をクリックします。
  10. 「Blast DB Setting」ダイアログが表示されます。
  11. Amino Acid File(S):欄の右側にある「Ref…」をクリックして、予めコピーしておいたCOGファイルmyvaを選択します。
  12. DB Name: 入力フィールドに直接任意のデータベース名を入力します。たとえば、「COG」と入力します。
  13. 今回はローカルにデータベースを作成するため、現在使用中のPCまたはMacの書き込み可能なディレクトリをしています。
  14. デフォールトでは以下のディレクトリに生成されます。今回はローカルにデータベースを作成するため、現在使用中のPCまたはMacの書き込み可能なディレクトリをしています。
  15. デフォールトでは以下のディレクトリに生成されます。
  16. C:\Users\user\imc_xx\data\db
  17. 「Run」をクリックします。
  18. 「Create Amino Acid DB?」という確認メッセージが表示されます。
  19. 「はい(Y)」をクリックします。「はい(Y)」をクリックします。
  20. データベース生成の実行が開始され、実行中は進捗メッセージが表示されます。
  21. 生成が完了すると「Completed」メッセージが表示されます。
  22. 「OK」をクリックすると「Completed」メッセージが閉じて、Blast DB Listに生成されたデータベースが表示されます。
  23. これでローカルBlast検索用のデータベースが生成されました。

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IMC EE 1ヶ月
¥972  ¥875
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IMC GE 6ヶ月
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¥30,024  ¥15,012

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