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IMC E04A1 クエリー配列入力による参照ゲノムへのBlast検索

クエリー配列を直接入力あるいはペーストして指定し、登録データベース、カレントメインディレクトリーにロードされている配列、および参照ディレクトリーにロードされた配列に対して相同性検索を実行します。

 

  • 参照フィーチャーマップ上に検索したいゲノム配列をロードし、カレント配列としておきます。

  • IMCEEとIMCSEでは、参照フィーチャーマップには1つのゲノム配列しか表示できません。

  • メニューからGenome Analysis -> Homology Search -> Homology Search by Input Sequenceをクリックします。
    • Input Queryダイアログが表示されます。

  • Sequence 領域に配列を直接入力するか、あるいはペーストします。
    • なお、メインフィーチャーマップ上のフィーチャーの上で右クリックするとそのフィーチャーの塩基配列あるいはアミノ酸配列をクリップボードにコピーすることができます。
    • あるいは、Filename入力フィールドに配列ファイル名を絶対パス付で入力するかあるいはRef...をクリックして配列ファイルを指定する方法でもクエリー配列を指定することができます。

  • Databaseリストには、登録されているデータベースと自動生成されたデータベースが表示されます。
    • リスト上のデータベースの数が多い場合には、データベース種類別チェックボックスにチェックすることにより、リストに表示されるデータベースを絞り込むことができます。
    • チェックされている種類のデータベースだけがリストに表示されます。
    • リストのデータベースにはそれぞれの属性項目が表示されます。
    • チェックボックス、Name、Type、SubType、Filename(絶対バス表示)
    • チェックボックスにチェックされたデータベースだけが検索対象となります。
  • 表示されているデータベース全部を選択したい場合は、Select Allをチェックします。
  • 現在の選択をすべて逆転する場合は、Reverse Selectedにチェックします。

  • Programを選択するにはそれぞれのプログラムのラジオボタンをオンにします。
    • 通常は、塩基配列のクエリーには塩基配列データベース(NA)、アミノ酸配列のクエリーにはアミノ酸配列データベース(AA)を指定します。
    • BlastX, tBlastN, tBlastXについては別途説明します。
  • 「Run」をクリックすると実行確認ダイアログ「Start Homology Search」が表示されます。

  • このダイアログ上の「Show Parameter」をクリックすると、Blast検索パラメータが表示され、Blast検索実行パラメータを変更することができます。
    • Blast検索実行パラメータについては別途説明します。

  • 「Hide Parameter」をクリックすると、Blast検索実行パラメータを隠すことができます。
  • 「はい(Y)」をクリックするとBlast検索が実行され、実行中は進捗メッセージが表示されます。

 

  • 検索が完了すると、Homology Search結果ダイアログが表示されます。

  • Blast検索結果ダイアログにはデータベース上でヒットした配列のリストが表示されます。表示項目は以下の通りです。
    • 選択用チェックボックス
    • Subject:ヒットしたデータベース上の配列の名前(配列名+フィーチャーキー+配列位置)
    • Identigy:クエリー配列とデータベース上のヒット配列の配列一致度(Percent Identity)
    • Alignment Length:アラインメント塩基長あるいはアミノ酸残基長
    • Mismatches: 一致しない塩基数あるいはアミノ酸残基数
    • Gap openings:ギャップ数
    • Query start:クエリー配列上のアラインメント開始位置
    • Query end:クエリー配列におけるアラインメント終了位置
    • Subject start:ヒット配列におけるアラインメント開始位置(ゲノム上の絶対位置)
    • Subject end:ヒット配列におけるアラインメント終了位置(ゲノム上の絶対位置)
    • E-value:出現期待値
    • Bit score:検索に使用された置換マトリックスの行列の値により決定される相同性スコア
    • Sequence:使用されたクエリー配列
    • Alignment:アラインメントの状況をグラフィカルに表示したもの。上下に並列にクエリー配列を表す線分とヒット配列を表す線分で示される。赤で表示されるっ領域が相同性のある領域を示し、黒で表示される領域が相同性のない領域を示す。
    • Alignment:アライメントダイアログへのボタン、クリックするとアラインメントダイアログが表示される。

  • Alignement ダイアログでは、Copy to Clipboardをクリックするとクリックボードにアラインメントがコピーされます。
  • CloseをクリックするとAlignementダイアログが閉じます。
  • Homology Search結果ダイアログの操作についてはこちらをご覧ください。

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