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eShop in silico 初期購入ライセンス製品(新規のお客様向け)

初めてIMCライセンスを購入される方向けの製品です
ライセンスは自動継続されません。期限満了時に、継続・更新ライセンス製品からご注文いただきます。

ゲノムデザインメニュー

IMC L09A 自動アノテーションを使いCOG機能分類カラー表示

CDSが同定されているゲノム塩基配列に対して、オーソログデータベースであるCOGとの相同性検索を実行し、COGの機能分類コードを自動転記します。結果として、各CDSをフィーチャーマップ上にカラー分類表示することができます。

実装Edition

  • IMC GE, AE, DS, GT

準備するもの

  • COGデータベース myva
  • サンプルゲノム配列例 Bsub50kb.gbk
  • 任意のゲノム配列で実行可能ですが、COGデータベースは酵母以外の原核生物種を含まないため、真核生物ゲノム配列は適当ではありません。
  • サンプル配列は、枯草菌の一部領域のとりだしたものですが、全ゲノムで実行すると処理時間がかかる場合があります。

操作方法

  1. COGデータベースをダウンロードします。
    • NCBIからあるいは当サイトダウンロードメニューからダウンロードできます。
  2. COGデータベースを登録します。
    • バッチホモロジー検索用DB登録機能を使用します。
  3. Menuの"File" -> "Create Blast DB"を選択します。あるいは、ツールボックスのCreate Blast DBをクリックします。
    • "Create Blast DB" 機能の詳細情報
  4. サンプルゲノム配列を読み込みます。
    • サンプルゲノム配列はIMCインストール時に"ユーザ/Documents/sample"フォルダーに生成されます。
    • あるいは当サイトのダウンロードメニューからダウンロードできます。
  5. ORF Extractionを実行します。
    • メニューから"Genome Analysis" -> "ORF" -> "ORF Extraction..."を選択します。
    • ORF Extractoin 実行ダイアログが表示されます。
    • Runをクリックします。
    • ORF抽出が実行されます。
    • ORF抽出結果ダイアログが表示されます。
    • ORF候補を選択し、Insert as New Featureをクリックします。
    • ORF候補がフィーチャーとして登録されます。
  6. アミノ酸翻訳を実行し、各ORF候補をCDSに変換し、同時にそのアミノ酸翻訳を実行します。
    • メニューから"Genome Analysis" -> "ORF" -> "Translation"を選択します。
    • Translation実行ダイアログが表示されます。
    • 各CDSにアミノ酸配列が登録されていないと検索は" No Hit"となります。
    • 各CDSにすでにアミノ酸配列が登録されている場合は、この処理は不要です。
    • 各ORF候補がCDSに変換され、指定されたGenetic Tableを使用してアミノ酸翻訳されます。
    • CDSのアミノ酸翻訳機能の詳細情報
  7. バッチホモロジー検索を実行します。
    • ゲノム上の全CDSを対象とする場合は、Menuの"Genome Analysis" -> "Homology Search" -> "Homology Search for Selected Feature Key"を選択あるいは、ツールボックスのBat Homology Searchボタンをクリックします。
    • ゲノム上のある指定領域にある全CDSを対象とする場合は、マウスでその領域をドラッグし、領域を指定します。その選択領域の上でマウス右クリックし、表示されるポップアップメニューから"Homology Search by Selected Feature"を選択します。
  8. 表示されるBatch Homology Searchダイアログで、COGデータベースを選択し、Setボタンをクリックすると、実行が開始されます。
    • Batch Homology Search機能の詳細情報
  9. Classification Codeでカラー分類表示します。
    • Toolboxの"Draw Feature in Classification Color"ボタンをクリックします。

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