eShop in silico

Welcome to ISB Online Shop!

自社広告(当サイトから離れません)

eShop in silico 使用期限付き格安ライセンス製品

1年以内の期間ライセンスを使用される方向けの格安製品です
ライセンスは自動継続されません。継続使用される方は、再度ご購入ください。

サイト内全文検索

IMC O03A DotPlotの基本操作

この機能は以下のエディションに実装されています。

IMCGE, AE, DS

準備しておくデータ:

DotPlotの実行には、2つのゲノム塩基配列が必要です。

使用できるデータフォーマットはGenBank/EMBLあるいはFastA形式です。

比較元のゲノムをカレント配列ディレクトリにロードし、カレント配列とします。

比較する他のゲノムをカレントレファレンスディレクトリにロードします。

 

メニューからGenome Analysis --> Compare --> DotPlotを選択します。

あるいはツールボックスのDotPlotボタンをクリックします。

 

実行確認メッセージが表示されます。

「はい(Y)」をクリックします。

 

DotPlot実行ダイアログが表示されます。

上部のリストには、カレントレファレンスディレクトリにロードされているゲノム配列が全部表示されます。

下部のリストには、各ドットの条件別塗りカラーが設定されています。

上部のレファレンスゲノム配列から1つを選択します。このゲノム配列とカレントフィーチャーマップのゲノム配列が比較されます。

Runをクリックします。

 

DotPlotの実行が開始され、進捗メッセージが表示されます。

 

実行が完了すると、DotPlot結果ダイアログが表示されます。

 

プロット上をマウスドラッグして、リリースするとその矩形領域にズームインされ、拡大表示ができます。

ズームイン表示されます。

戻るボタンをクリックすると全体表示に戻ります。