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IMC F06A Plasmid Map基本操作:目盛り・制限酵素・複製開始点

プラスミドマップを描画してみます。カレントゲノムマップにプラスミドの注釈付き塩基配列ファイルをロードするとそのプラスミドマップを描画できます。

 プラスミドマップを描く対象の注釈付き塩基配列をカレントディレクトリにロードし、カレント配列(サンプルデータのpColdV.gbkも使えます)とします。大きな環状ゲノムを描くのには適していません。バクテリアのゲノムのような大きな環状ゲノムを描画するには、環状ゲノムマップビューア・エディターをご使用ください。

メニューからWindow -> Plasmid Mapを選択します。

確認メッセージが表示されます。


「はい(Y)」をクリックします。

Plasmid Map Drawing ダイアログが表示されます。

IMCインストール後、初めてプラスマップ描画機能を使用する場合は、上記のようなDefault Layout Styleが適用されています。

Default Layout Styleを編集して使用することも可能ですが、ここでは、何もない状態からプラスミドマップを描画してみます。

 

現在表示されている環状レーンを全部削除します。

各環状レーンのチェックボックスを全部チェックし、下部のDeleteをクリックします。

Delete確認メッセージが表示されます。

「はい(Y)」をクリックします。

リストから環状レーンが全部削除されます。

Drawをクリックします。

右側のDrawing Canvasがクリアされます。

初に、外周に目盛りと制限酵素サイトを描画してみます。

Addをクリックします。

Plasmid Map Lane Style Setting ダイアログが表示されます。

View欄のScaleをオンにします。

Base Circleチェックボックスにチェックします。

Interval(in bp):欄に単位数値(例えば1000)をbp単位で入力します(正の整数値のみ)。

Setをクリックします。

Setting ダイアログが閉じ、環状レーンリストにScaleレーンが表示されます。

Drawをクリックします。

Drawing Canvasにプラスミドマップの外周と目盛りが表示されます。

描画されたプラスミドマップがCanvasからはみ出してしまう場合は、Diameter of Circleの値に少し小さい値を入力します。

制限酵素リストから、このプラスミド上に存在することが判っている制限酵素を選び、チェックします。

 

Drawをクリックします。

外周上に指定した制限酵素認識部位の位置が描画されます。

 

 つぎに、複製開始点だけを別の環状レーンに描画します。

Addをクリックします。

Plasmid Map Drawing ダイアログが表示されます。

View欄でFeatureラジオボタンをオンにします。

その下のフィーチャーキープルダウンメニューから、req_origineをクリックします。

その右側の項目は、Bothをオン、Base Circleにチェック、All Frameをオン、にします。

Figureプルダウンメニューからなるべく太い矢印を選択し、PaintおよびFrameのカラーボックスで適当な色を選択します。

Thicknessは1で、FKカラーボタンをオンにします。

Labelにチェックし、Qualifierプルダウンメニューはnoteを選択します。

Setをクリックします。

Settingダイアログが閉じて、環状レーンリストに行が追加されます。

Drawをクリックします。

Drawing Canvasに、複製開始点を含むプラスミドマップが表示されます。

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