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IMC C23A フィーチャー演算子とその操作

フィーチャー演算子は、2つのフ重なり合うフィーチャーから、そのAND、OR、XORとなる新規フィーチャーを生成します。

新規に生成されるフィーチャーが属するフィーチャーキーは任意に指定できます。 

カレント配列上のすべてのオーバーラップフィーチャーが処理対象となります。

下に示すような2つの重なり合うフィーチャーがある場合、フィーチャー演算子によって新規フィーチャーがどのように生成されるかを説明します。

OR(論理和領域)の場合は、2つのフィーチャーのそれぞれ遠い方のPositionを両端にもつフィーチャーが生成されます。

AND(論理積領域)の場合は、2つのフィーチャーのそれぞれ近い方のPositionを両端にもつフィーチャーが生成されます。

XOR(排他的論理和領域)の場合は、2つのフィーチャーの重なりあう領域がJoin部分となり、重なり合わない部分同士をJoinしたフィーチャーとなります。

ここで操作方法を説明します。

互いに重なり合うフィーチャーがフィーチャーマップに表示されていることを確認します。

重なり合うフィーチャーは同じFeature Keyに属している必要があります。

メニューからGenome Analysis --> Creatre --> Overlap Feature... を選択します。

Feature Operator ダイアログが表示されます。

フィーチャー演算子のラジオボタンを選択します。

フィーチャー演算の結果生成される新規フィーチャーのフィーチャーキーをNew Feature Keyのプルダウンメニューから選択します。

Runをクリックします。

下のように新規フィーチャーが生成されます。

ところで、下のようなJoinされたフィーチャー同士の演算はどうなるでしょうか?

ORの場合は、下のようになります。

ANDの場合は、下のようになりますが、中央のイントロン部分のANDについては賛否があるかもしれません。

基本的にはエクソン部分の演算となります。

XORの場合は、下のようになります。これは賛成が多いかもしれません。

制限事項

対象となるフィーチャーはMain Feature Mapに表示されている注釈付配列上にあるすべてのオーバーラップするフィーチャー間(ただし、同一フィーチャーキーをもつフィーチャー間)に適用されます。