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eShop in silico 初期購入ライセンス製品(新規のお客様向け)

初めてIMCライセンスを購入される方向けの製品です
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IMC i01B ある塩基配列上の制限酵素認識部位を探す

目的

 

ゲノム塩基配列から、指定した制限酵素(複数あるいは全部指定可能)の認識部位を探索します。

操作の流れ

  1. ゲノム塩基配列のロード
  2. ゲノム塩基配列の選択
  3. 制限酵素の選択
  4. 認識部位の検出
  5. 認識部位のフィーチャーマップ表示

用意するもの・サンプル

  1. ソフトウェア:IMC SE,GE,AEで実行可能
  2. 塩基配列ファイル
    • GenBank, EMBL, FastAフォーマットの塩基配列ファイル
    • 例えば、練習用サンプル Bsub50Kbp.gbk
  3. 制限酵素
    • IMCに用意されています。
      • 登録されていない制限酵素を新規登録できます。
    • 例えば、練習用酵素: BamHI

操作手順

  1. メニュー⇒Load GenBank Fileを使用して、サンプルゲノム配列 (Bsub50Kbp.gbk)をロードします。
    • サンプルゲノム配列がフィーチャーマップに表示されます。
  2. メニュー⇒Cloning⇒RE Recogjnitionを選択します。
    • Enzyme Selection ダイアログ が表示されます。
    • imcimgI01/IMC6040_E504_0002.png
  3. 使用する制限酵素を選択します(複数指定あるいは全部指定可能)。
  4. "Show Recognition Site..."をクリックします。
    • Recognition Siteウィンドウが表示され、制限酵素別の制限部位数が左側パネルにリストされます。
    • imcimgI01/IMC6040_E504_0003.png
  5. 制限酵素の左側のチェックボックスにチェックします(複数および全指定可能)。
    • 選択された宣言酵素の認識部位のリストが右側パネルに表示されます。
  6. 右側パネルのリストの1つの認識部位をクリックします。
    • メインフィーチャーマップのその部位が表示されます。
    • imcimgI01/IMC6040_E504_0004.png

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