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IMC I01C 制限酵素によるDNA配列の消化断片化

実装製品・エディション

目的


注釈付き塩基配列ファイルを特定の制限酵素で消化切断し、それぞれを配列ファイルとして保存します。

操作の流れ

  1. 塩基配列の読み込み
  2. 制限酵素の選択
  3. 消化断片化
  4. 断片化配列のファイル保存

用意するもの・サンプル

  • ソフトウェア:IMC SE,GE,AE,DS
  • サンプル塩基配列ファイル(例): Bsub50Kbp.gbk
  • 制限酵素(例): BamHI

操作手順

  1. 塩基配列ファイルをCurrentMainFolderにロードします。
    • Feature Mapが表示されます。
  2. RE Recognition Buttonをクリックします。
    • Enzyme Selection Dialogが表示されます。
  3. Select All ボタンをクリックします。
    • すべての制限酵素が選択されます。
  4. Show Recognition Siteボタンをクリックします
    • Recognition Siteウィンドウが表示され、制限酵素別の制限酵素サイトの数が表示されます。
  5. 例えば、BamHI制限酵素にチェックします。
    • 右側のパネルにBamHI認識部位のリストが表示されます。
  6. Digestionをクリックします。
    • BamHI消化断片リストが表示されます。
  7. Select Allをクリックします。
    • BamHI消化断片全部が選択されます。
  8. Loadボタンをクリックします。
    • 全消化断片が反応プールにロードされます。また、それぞれ断片毎にGenBankファイルが生成されます。

結果

  1. 断片化されたGenBankファイルが新規に作成されます。
    • 操作の際、「Load」および「Save」した場合です。Saveしない場合は、破棄されます。

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