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IMC O10 遺伝子クラスターアラインメントを描くには

近縁種ゲノム 間の 遺伝子クラスターアラインメント を行う方法を説明します。

  • この機能は以下の IMCエディション で使用できます。
  • IMC GE  AE DS

操作

  1. カレントレファレンスディレクトリー に比較したい注釈付き(遺伝子同定済) ホールゲノム塩基配列 をロードします。
  2. レファレンスフィーチャーマップ の一つのゲノムの着目する遺伝子(CDS)の上でマウス右クリックします。
  3. 表示されるメニューから「Gene Cluster Alignemt」を選択します。
  4. 実行ダイアログ が表示されます。RUNをクリックします。
    • 実行確認メッセージ が表示されます。
  5. 「はい(Y)]をクリックします。
    • 実行が開始され、終了すると Binary Best Hit List ウィンドウが表示され、レファレンスフィーチャーマップ 上の 基準遺伝子 の周辺で相同性のある遺伝子間が帯で結合されます。
  6. 1つのゲノムをスクロールしても、それにつれて帯は移動しますが、トポロジー は変わりません。
    • ズームを行っても同様です。