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IMC O04: ベン図(Venn Diagram)を描く

ベン図(Venn Diagram)とは?

ベン図(Venn Diagram)は集合論で使用される図で、3個の集合(4集合の場合も描画可能ですが、IMCでは3集合以下のみ描画します)間の要素の数の分布を示したものです。それぞれの集合に属する要素を円内に示し、それらが重なり会う部分を共通要素として示します。生物学への応用として近縁種ゲノム間の相同遺伝子の数を図示すことに使用されます。

搭載ソフトウェア

  • IMC GE and AE
  • GT

機能

すでに遺伝子が同定された3株の近縁種ゲノム塩基配列についてそれらのGenBank形式ファイルを使い、それぞれのゲノム上に存在するすべての遺伝子の間に共通遺伝子か否かを判定し、3ゲノム間あるいは2ゲノム間のベン図(Venn Diagram)を描画します。

  • 共通遺伝子の判定には、NCBI Blastによるアミノ酸配列性検索を使用します。
  • 判定基準は、Blast結果のPercent IdentityとOverlap Lengthを使用します。
  • Percent IdentityとOverlap Lengthが指定値以上の組をそれぞれが共通と定義します。

Venn Diagramをカラーグラフィック描画します。

  • 各数値をクリックするとその遺伝子リストを表示します。
  • 描画色を変更することが可能です。
  • 印刷が可能です。

共通遺伝子等のリストを表示、ファイル出力します。

  • 3種に共通な遺伝子数とそのリスト
  • 3種のうち、いずれかの2種に共通な遺伝子数とそのリスト
  • そのゲノムのみに存在し、他の2種ゲノムに共通な遺伝子が存在しない遺伝子の数とそのリスト
  • 各リストはCSVファイルとして出力できます。

共通遺伝子あるいはユニーク遺伝子に関して、遺伝子フィーチャーアラインメントします。

  • リスト上の各共通遺伝子あるいはユニーク遺伝子をクリックすることにより、MGV(参照ゲノムマップ)上の各ゲノムをその遺伝子位置で遺伝子フィーチャーアラインメントします。

制限事項

  • Venn Diagram機能は、IMC GE/AEに実装されています。IMCSEには実装されていません。
  • Venn Diagramの描画対象ゲノムはすべてMGV上にロードしておく必要があります。

結果表示ダイアログ画面および項目説明

  • - [[結果表示ダイアログ画面説明>IMC_VennDiagramResultDialog]]
  • - [[共通・ユニーク遺伝子リスト表示説明>IMC_VennDiagramResultList]]

アルゴリズム

  • 比較するゲノム上に同定されたCDSのアミノ酸配列をNCBI Blastの相動性検索を利用して比較します。
  • 2ゲノムの比較の場合は、一方のゲノム上の1つのCDSが他のゲノムの全CDSに対してアミノ酸配列相動性検索を行い、さらにそのトップヒットCDSが元のゲノムのクエリーCDSと一致する場合に、共通遺伝子であると定義します。
  • ただし、指定条件(Percent IdentityとOverlap Length)が判定基準値以下である場合には、棄却されます。

 

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