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IMC i02 PR D Batch PCR Primer Design Protocol

 

  • テンプレートゲノム塩基配列をカレントmainディレクトリ(Ver.5.2から)にロードします。
  • Menu --> Search --> FK Search...を選択します。
    • Feature Key Search ダイアリグが表示されます。
  • 増幅対象範囲を指定するためのフィーチャーキーにチェックして指定します。
    • 複数指定可能ですが、1種だけを選択ことが望ましいです。
  • ゲノムのある範囲にあるフィーチャーだけを対象とする場合には、From Toに対象とするフィーチャーが存在する範囲を指定します。
    • デフォールトでは全ゲノム範囲が指定されています。
  • Setをクリックします。
    • Feature Key Search Resultウィンドウが表示されます。
  • + 対象とするフィーチャーにチェックします。
    • Feature Key Search Resultウィンドウの詳しい操作方法については、FK Searchを参照ください。
  • 選択後にCSVをクリックします。
    • ファイル保存ダイアログが表示されます。
  • 任意の名称でCSVファイルを保存します。
  • Menu --> Cloning --> Batch Primer Designを選択します。
    • Batch PCR Primer Design ダイアログが表示されます。
  • Ref...をクリックしてFeature Key Searchで作成したCSVファイルを指定します。
  • Parameterをクリックします。ここでは大量一括設計に重要なパラメータ設定だけを説明します。
    • Batch PCR Primer Design Parameter設定ダイアログが表示されます。
  • 外側に設計する場合はOutsideラジオボタンをクリックします。
    • 外側に設計する場合は、各フィーチャーの外側にある一番近い塩基を1として上流側に塩基数を数え、その設計可能範囲を指定します。
    • たとえば、Forward Primerをフィーチャーの上流200塩基位置から101塩基位置までの範囲で設計したい場合は、Primer Design Range (Extra Upstream Bases)を200と101に設定します。
    • Reverse Primerも同様にPrimer Design Range (Extra Downstream Bases)を101と200に設定します。
  • 内側に設計する場合はInsideラジオボタンをクリックします。
    • 内側に設計する場合は、最小増幅塩基長(Min. Amplify Length)を設定します。
  • Find Primer Pair...(Design Primer)をクリックします。
    • ゲノム全体を対象とした場合は処理時間がかかります。
    • 設計処理実行中は進捗メッセージが表示されます。
    • 実行が修了するとPrimer Listウィンドウが表示されます。
      • 左パネル上に各フィーチャーの位置毎に設計されたプライマーペアの数が表示されます。カウントがとなっている位置については与えられた設計条件ではプライマーセットを設計できなかったことを意味します。
  • 左パネルの設計位置(フィーチャー位置)のうち、カウントがでない行にチェックします。
    • 選択された行(フィーチャー位置に対応)に設計されたプライマーペアのリストがカウント数だけ表示されます。
  • 右下にあるSelect the Best Primer Pairをクリックします。
    • 最適プライマーペアにチェックされます。
    • 左パネルで複数行にチェックされている場合は、チェックされた行ごとに最適プライマーペアが選択されます。
  • + Save as a (New) Primerをクリックします。
    • チェックされたプライマーペアがマイプライマーセットに登録されます。
  • CSV..をクリックします。
    • チェックされたプライマーペアがCSV形式ファイルとして出力されます。
  • Insert New Featureをクリックします。
    • チェックされたプライマーペアのプライミングサイトが新規フィーチャーPrimerとしてカレントフィーチャーマップに登録されます。