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最新更新記事 (ソリューション)

IMC_014: 遺伝子の相同性を見る

  • あるゲノムのメインフィーチャーマップと近縁種ゲノムの参照フィーチャーマップが表示されている状態では、多くの場合簡単に相同性解析を実行できます。サンプルデータがロードされている場合は、それを例にして相同性解析を実行してみることができます。
  1. メインディレクトリツリーのBacillus subtilisディレクトリのNC_000964.gbkをクリックします。
    • その配列ノードの背景が赤となり、メインフィーチャーマップにそのゲノムのマップが表示されます。
  2. Reference ディレクトリツリーのBacillus subtilisディレクトリをマウス右クリックして、カレントディレクトリにします。
    • ディレクトリアイコンが緑色のCマークになっていれば、カレントディレクトリになっています。Reference フィーチャーマップには、2つの近縁種ゲノムのマップが表示されています。
  3. メインフィーチャーマップ上の一つのCDSフィーチャーの上でマウス右クリックします。CDSフィーチャーはデフォルトでは、横にした家形のアイコンで表示されています。
    • 多くのメニューが表示されます。
  4. メニューの中から、Show Homology --> Show Homology A.A.を選択します。
    • 実行確認メッセージが表示されます。
  5. 「はい(Y)」をクリックします。
    • Homology Search 結果ダイアログが表示されます。
  6. 一つの行をクリックします。
    1. メインフィーチャーマップの検索元CDSと参照フィーチャーマップの相同CDSが並びます。
  7. マルチプルアラインメントを見る場合には、Select Allをクリックし、Multiple Alignmentをクリックします。
    • マルチプルアラインメントが表示されます。

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