in silico Protocol: PC016
制限酵素消化断片のゲル電気泳動
ゲノム塩基配列を制限酵素で消化した断片をゲル電気泳動します。
以下のインシリコ実験には、IMCを使用
インシリコ試薬・装置
１．環状ゲノム塩基配列ファイル（＊、＊＊）：例（Bsub_50kb.gbk)
２．直鎖状ゲノム塩基配列ファイル（＊、＊＊）：例（Bsub_50kbL.gbk)
３．実行ソフトウェア：IMCSE/GE/AE
＊DNA塩基配列は、Genbank、EMBLなどのサイトからダウンロード可能です。
＊＊例はインストール時のサンプルに含まれています。isb/imc/samples
インシリコ実験方法
１．塩基配列ファイル読み込みボタンをクリックし、ファイル選択ダイアログから環状ゲノムDNA塩基配列(Bsub_50kb.gbk)をIMCに読み込みます。また、直鎖化されたゲノム塩基配列（Bsub_50kbL.gbk)を読み込みます。
２．IMCメイン画面左側の反応チューブに２個の線形と環状DNAアイコンが表示されます
３．まず、直鎖状のゲノム塩基配列の制限酵素による消化断片化を行います。
４．直鎖状のゲノム塩基配列（Bsub_50kbL.gｂｋ）をクリックします。すろと、そのフィーチャーマップが表示されます。
５．制限酵素ボタンをクリックします。
６．表示された制限酵素リスト画面から、BamHIとAvrIIの２つの制限酵素にチェックします。
７．Show Recognition Siteボタンをクリックします。
８．２つの制限酵素が認識部位の数のリストダイアログが表示されます。さらに、それぞれの制限酵素をチェックすると、それぞれあるいは両方の制限酵素認識部位の全リストが右側に表示されます。
９．全制限部位にチェックし、Gel Electrophoresisボタンをクリックします。すると、左のようなゲル電気泳動の図が表示されます。
１０．次に今度は、環状のＤＮＡを制限酵素で消化断片化行います。
１１．手順を省略し、結果のみ表示します。環状ＤＮＡのために、バンドが１本少なくなっています。
