in silico Protocol: PH004
アミノ酸配列の分子系統樹を描く
ClustalWによるアミノ酸配列のアラインメント結果を使って、分子系統樹を描きます
以下のインシリコ実験には、IMCを使用
試薬・装置
IMCを使用
方法
１．IMCを起動し、GenbankやEMBLなどの注釈つき、塩基配列ファイルを読み込みます。
２．アミノ酸配列をもつFeature(CDS, mRNA）の上で、マウスを右クリックします。
３．以下の３つのいずれかの場合に、Blastによるアミノ酸相同性検索を実行できます。 (1) インターネットに接続可能 (2) 参照ゲノムを読み込んである (3) アミノ酸データベース登録済み
４．ここでは参照ゲノムを読み込んであるケースで説明します。参照ゲノムが１つ以上読み込まれている場合は、Feature MapのCDS Featureの上で、マウス右クリックすると、表示されるプロダウンメニューに「Show Homology A.A.」というサブメニューが表示されます。これを選択し、クリックします。
５．すると、「Start Homology Search?」というメッセージが表示されるので、はい（Y)をクリックします。
６．次に、ホモロジー検索のパラメータ設定ダイアログが表示されます（オプションで表示しないように設定できます）。
７．検索実行中はProgress Messageが表示され、終了すると消えます。
８．ホモロジー検索結果リストが表示されます。例は、読みこれまれている参照ゲノム５種のそれぞれにおいて、トップヒットの１エントリーをリストしています。
９．アラインメント対象のアミノ酸エントリーにチェックをつけます。「Select All」ボタンをクリックすると、全部にチェックをつけることができます。
１０．ClustalWが実行され、Multiple Alignment結果が表示されます。
１１．この結果ウィンドウの下部にある、「PHylogenetic Tree」ボタンをクリックします。
１２．すると、分子系統樹描画ウィンドウが表示されます。
１３．分子系統樹描画ウィンドウの上部にあるボタンをクリックすると、系統樹の描画方法を変更することができます。
１４．有根系統樹の例
１５．無根系統樹の例
