in silico Protocol: PM001_2

次世代シーケンサillumina Solexa GAからの大量配列を参照ゲノム塩基配列上にマッピングする

概要

以下のインシリコ実験には、MGGを使用

インシリコ試薬・装置

参照ゲノム配列：蚕ゲノムの断片 nscaf1898.fasta
マッピングデータ：蚕mRNA配列
解析ソフトウェア：MGG(MetaGenomeGAMBLER Professional Edition with in silico Assembler)

インシリコ実験方法

MGGを起動します。
マッピングボタンをクリックします。
するとマッピング設定ダイアログが表示されます。
以下の設定を行います。
- 参照ゲノム配列を指定します。
- マッピングデータを指定します。
  - マッピングデータが格納されているディレクトリ・フォルダーをしています。するとそのディレクトリー・フォルダー以下に格納されているデータがすべてマッピング対象となります。ただし、格納されているファイルがすべて、マッピング可能なファイル形式であることが必要です。マッピングできない形式のファイルが含まれているとそれを読み込んだ時点で、読込がエラーで終了してしまいます。
- 参照ゲノムのスプリット指定を行います。
  - たとえば、ゲノム染色体を100Kbpずつにスプリットする場合は、100000と入力します。ゲノム染色体の大きさが4Mbpの場合は、40本の断片になります。
  - またOverlap塩基長には、そのときマッピングされる塩基配列長よりやや大きめの塩基長を指定します。たとえば、35bpのマッピング配列の場合は、35bp以上であればよいですが、きりのよい数値として50bpのOverlap塩基長を指定します。
- マッピングプロジェクト名を指定します。
  - 最初はプロジェクト名を新規登録します。
  - 二回目以降は、既存プロジェクトリストから選択することも可能です。
- マッピング名を指定します。
  - 通常は新規登録します。
  - 既存マッピング名から選択し、指定するとそれ以前にそのマッピング名で保存されている結果は上書きされてしまいます。
その他のパラメータ設定方法は詳細説明に記述されています。
マッピングボタンをクリックします。
すると、マッピングパラメータ設定ダイアログが表示されます。
- 使用しているコンピュータのコア数を指定します。
Setボタンをクリックして、マッピングの実行を開始します。
マッピングが開始され、実行状況がプログレスメッセージ上に表示されます。
- マッピング実行時間は、データの大きさや使用しているコンピュータの性能に左右されます。
マッピングが終了すると、完了メッセージが表示されます。
OKボタンをクリックすると、完了メッセージが閉じます。
結果を見るためには、アセンブルボタンをクリックします。
- 結果の閲覧を参照してください。