ゲノム内解析
ゲノム内解析の方法
- ORFの同定・抽出
- IMCからMetaGeneAnnotatorを呼び出し、その原核生物ORF予測機能を使います。
- IMCのORF抽出機能を使用します。
- IMCから外部サーバ上にあるAUGUSTUSを呼び出し、その真核生物ORF予測機能を使います。
- EST配列をゲノム上にマッピングします。
- アミノ酸配列をゲノム上にマッピングします。
- tRNAの同定
- IMCから外部サーバ上にあるtRNAScan-SEを呼び出し、そのtRNA予測機能を使います。
- tRNA配列をゲノム配列上にマッピングします。
- rRNAの同定
- IMCから外部サーバ上にあるRNAmmerを呼び出し、そのrRNA予測機能を使います。
- rRNA配列をゲノム上にマッピングします。
- ORFのアミノ酸翻訳
- IMCのORFアミノ酸翻訳機能を使用します。
- スタートコドンの部位変更
- IMCのアノテーションウィンドウを利用します。
- 逆相補鎖配列の生成
- IMCの逆相補鎖生成機能を利用します。
- 反復配列の検出
- IMCのゲノム内反復配列同定機能を使用します。
