Protocol 更新情報

2010/2/26 PL003

2009/11/4 PH003

2009/11/4 PH002

2009/8/12 PC002

2009/8/11 PC001

ファイル形式と利用可能ソフトウェア

バイオサイエンス領域のソフトウェアやハードウェア装置から出力されるさまざまなデータファイルを読み込んで、閲覧することは研究の基本的操作です。そのようなファイルがどのソフトウェアで読込み（インポートし）、内容を閲覧したり、編集したりすることが可能か否かを説明します。

ファイル形式

塩基配列ファイル

注釈付き塩基配列ファイル
- GenBank形式塩基配列ファイル
- EMBL形式塩基配列ファイル
  - IMC:インポート・注釈表示・編集・出力
  - MGG: インポート・アセンブル・マッピング・出力
注釈なし塩基配列ファイル
- FastA形式塩基配列ファイル
  - IMC:インポート・編集・出力可能
  - MGG: インポート・アセンブル・マッピング・出力
- テキスト形式塩基配列ファイル
  - IMC:インポート
- 行番号、スペース付き塩基配列ファイル
  - IMC:インポート

アミノ酸配列ファイル

注釈付きアミノ酸配列ファイル
- GPFFファイル
  - IMC:インポート・注釈表示・編集・データベース生成・出力
注釈なしアミノ酸配列ファイル
- FastA形式ファイル
  - IMC:インポート・編集・出力・データベース生成

アラインメントファイル

ALN形式ファイル

アノテーション情報ファイル（フィーチャー定義ファイル）

GFF:
BED:
JSNP

IMC:インポート、マッピング、注釈表示、注釈編集
GT:注釈表示、編集

dbSNP

シーケンサ出力ファイル

従来型シーケンサ出力ファイル
- ABI形式ファイル
  - IMC:インポート、マッピング
  - MGG：インポート、アセンブル・マッピング
- SCF形式ファイル
  - IMC:インポート・マッピング
  - MGG：インポート・アセンブル・マッピング
- PHD形式ファイル
  - MGG：インポート・アセンブル・マッピング
次世代シーケンサファイル
- Multiple FastA形式ファイル
- Mutiple FastQ形式ファイル
- Solexa形式ファイル
  - Solexa 2
    - MGG：インポート・マッピング
- SOLiD形式ファイル
  - CSFastA
    - MGG：インポート・マッピング
  - QV.qual
    - MGG: インポート・マッピング

マッピング結果ファイル

ABI SOLiD GFFファイル
BED形式ファイル
SAM/BAM形式ファイル
MGGが出力するファイル

アセンブル結果ファイル

Phrap ACEファイル
MGGが出力するファイル

アレイ関係ファイル

Probe定義ファイル
- Affymetrix
  - IMCAE: インポート・マッピング
- Agilent
  - IMCAE: インポート・マッピング
- Nimblegen
  - IMCAE: インポート・マッピング
アレイ発現ファイル
- Affymetrix
  - IMCAE: インポート・プロファイル表示
- Agilent
  - IMCAE: インポート・プロファイル表示
- Nimblegen
  - IMCAE: インポート・プロファイル表示

制限酵素ファイル

GCG形式ファイル

プライマーファイル

IMC独自形式CSVファイル

遺伝子同定結果ファイル

Glimmer
GeneScan
AUGUSTUS
tRNAScan-SE

IMC: インポート・マッピング・注釈表示

MetaGeneAnnotator

相同性検索結果ファイル

Blast出力ファイル
LAST出力ファイル
BLAT出力ファイル

画像ファイル

PDF
PNG
EMF