IMC Version 4 の概要
2010年2月15日に、IMC Version 4.1がリリースされ、自動アノテーション機能が実装されました。このVersionからWindows 7対応となりました。
2009年11月4日にIMC(in silico MolecularCloning) Version 4 がリリースされました。このVersion の主たる改良目標は、ゲノム解析の原点であるフィーチャーマップ描画・印刷機能の自由度の大幅な向上です。また、アノテーションを支援する機能も充実させました。さらに複数配列検索機能が実装されました。
Version 4 初回のみダウンロード・インストールは手動で行ってください。詳しくは、Version 4インストール前の注意事項をご覧ください。
Version 3 以前の有効な更新ライセンスをお持ちの方は、一度だけVersion 4を手動でダウンロードしてください。Version 3以前からの自動ダウンロードは動作しません。Version 4を一旦インストールすると、次回からは通常の自動ダウンロード・インストールが可能となります。
Version 4使用前に、以下のフィーチャーレイアウスタイルの概要をぜひご覧ください。なお、Version 4の使用で不都合が生じた場合は、バージョンダウンをすることも可能です（準備が必要です）。
Version 4のメインフィーチャーマップ画面説明はこちらです
主な追加機能と変更点：
- 塩基配列およびアミノ酸配列のカラー表示（Main Feature Window, Annotation Window, Start Codon位置変更Dialog） （4.1.16）
- 検索結果から、Classificationへの指定値セットが可能 (4.1.15)
- 外部Unixサーバで動作するゲノム解析ソフトウェアを起動してその注釈を取り込む、自動アノテーション機能 (4.1.14）
- Annotation/Description Windowを各種検索結果画面から直接起動 （4.1.13）
- 反応チューブに読み込まれている配列のうち、指定配列を注釈付きで結合する機能 （4.1.9）
- dbSNPファイルインポート・マッピング機能 （4.1.6）
- マルチフォーマットファイルでの保存機能 （4.1.6）
- アレイプローブインポート処理をマルチコア対応 （4.1.6）
- 自動アノテーション機能 （4.1.3）
- Windows 7 対応 （4.1.0）
- 脱リン酸化・リン酸化処理の改良 （4.1.0）
- BED形式ファイルのインポート機能 （4.0.12）
- BED形式ファイルのエキスポート機能 （4.0.14）
- グローバル検索：任意の複数の配列の内容に対しての検索が可能 （4.0.11）。従来は1個の配列のみが検索対象。
- より自由なフィーチャーマップが描画可能になりました
- カスタマイズ結果（オプション設定ファイル）の受け渡し
- FLS:Feature Layout Style（フィーチャーレイアウトスタイル）
- 複数種類のプロファイルLaneの描画・印刷
- タイリングアレイプロファイルのLane設定数が無制限に
- パックレーン（Packed Lane）の指定可能
- 制限酵素マップレーンの指定機能
- マウスドラッグでLaneの高さの変更が可能に
- Laneの上下相対位置が変更可能に
- ゲノム塩基配列上へのアミノ酸配列マッピング機能
- Feature Fusion機能
- Feature Key新規登録テンプレート機能
- Suppress Duplicated Qualifier機能
- 連番ID登録機能
- 複数染色体ファイルへのGFFインポート・マッピング機能
- 名称の変更
- GenomeTravelerにも採用
グローバル検索：任意の複数の配列に対する検索が可能に
- フィーチャーキー検索
- キーワード検索
- パターン検索
- Classification検索
- 入力クエリーによるホモロジー検索
- バッチホモロジー検索
- 検索結果からただちにヒットした領域をマップ表示できます。
- 従来は1個の配列のみが検索対象でした。
Annotation/Description Windowを各種検索結果画面から直接起動（Ver.4.1.13）
- 以下の検索結果画面からAnnotation/Description Windowを直接起動できるようになったため、アノテーション操作効率がさらに向上しました。
- フィーチャーキー検索結果画面
- キーワード検索結果画面
- Classification検索結果画面
- フィーチャー統計画面（Statistics)
BED形式ファイルのインポート機能
- UCSC BED形式ファイルは、ゲノムブラウザの標準的なファイルフォーマットです。
- このBED形式ファイルを読込み、フィーチャー表示や、発現プロファイル表示が可能となりました。
BED形式ファイルのエキスポート機能
- IMCで生成されたフィーチャー情報をBED形式ファイルとして出力できるようになりました。
より自由なフィーチャーマップが描画可能に
- Version 3までの固定化されたフィーチャーマップの要素（行、フレーム、スケールなど）を「レーン」として部品化し、それぞれのレーンをマップカンバス上に自由に配置することができるようになりました。
- この配置結果は、FLS(Feature Layout Style）として、登録可能です。特定のスタイルを登録しておくと、他の配列を読み込んだ場合でも簡単に同一のスタイルを適用できます。また、読込時に適用されるデフォールトスタイルも指定できます。
- FLS(Feature Layout Style)の使い方
下図は、Genomics Editionのフィーチャーレイアウト例
- IMCの多彩なカスタマイズ設定を、他の利用者に簡単に提供・移転できるようになりました。
- IMCのカスタマイズ結果は、option.datというオプション設定ファイルに保存されていますが、このファイルを別名で保存したり、読み込んだりすることが可能となりました。
- このオプション設定ファイルを、他のIMC利用者に受け渡すことにより、その利用者が同じカスタマイズ結果を共有できます。
- オプション設定ファイルの使い方
FLS:Feature Layout Style（フィーチャーレイアウトスタイル）
- IMCの利用者は、部品（Lane）を、好きな位置に置き、もっとも適したフィーチャーマップを描画・印刷できるようになりました。
- 常に使用するフィーチャーレイアウトスタイル（FLS）を登録することができます。
- FLS情報は、描画する元となったGenBank/EMBL形式ファイル上に埋め込まれていますので、そのファイルを開くだけで複雑なフィーチャーマップを閲覧できるようになりました。
- デフォールトFLSを変更可能です。デフォールトFLSとは、初めてIMCに読込み、フィーチャーマップを表示する場合に適用されるFLSです。たとえば、GenBankやEMBLなどからダウンロードされた注釈付き配列ファイルを読み込んだ時に適用されるフィーチャーレイアウトスタイル は、デフォールトレイアウトスタイルが適用されます。
- デフォールトレイアウトスタイルが指定されていない場合は、FLSの指定がない配列ファイルを読み込んだ場合は、自動設定レイアウトが適用されます。
- Version 3までは、１つの数値プロファイルを固定した位置に描画・印刷することだけが可能でしたが、Version 4からはGC ContentやGC Skewなどのコンテントプロファイルだけでなく、複数の異なる任意数値プロファイルを読み込んで、異なるカラーで表示できるようなりました。
- これらの、数値プロファイルは、カンマ区切りのテクストファイルとして読込み、表示することができます。
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Version 3までのタイリングアレイプロファイルLaneは、1～6個のLane（行）の間で表示選択が可能でしたが、Version 4からはの制限がなくなりました。
- Forward/Reverse/Both StrandのアレイプロファイルLane（アレイ版のみ）を任意数分、表示・印刷することができるようになりました。
- これらのLaneには、タイリングアレイデータだけでなく、タイリングアレイデータを模した疑似アレイプロファイルデータ(Pseudo Array Profile Data)表示機能を利用して、さまざまなゲノム解析実験結果を並列に表示できるようになります。
- 高密度なESTライブラリをマッピングして生成されるフィーチャーなど、同一Feature Keyに属する多数のフィーチャーがマップ上に存在する場合は、１つのLane上に多数のフィーチャーを詰め込んで表示することが可能です。
- UCSC BED形式ファイルでインポートし、表示することも可能です（Version 4.0.12から）。
制限酵素地図レーンの指定機能（ Versoin 4.0.9から）
- 制限酵素地図が、1個のレーンとして表示されます。
- 制限酵素地図は従来は別画面に表示されていましたが、今回の改良でフィーチャーマップの中に描画する形式となりました。
- 各Laneの底辺の位置でカーソルが変化したら、マウスをドラッグすることによりLaneの高さを任意のピクセル数に設定することが可能です。
- 各Laneの上下位置を自由に変更できます。
- ゲノム配列上に、アミノ酸配列をマッピングし、新規フィーチャーとして登録しまします。
- 同一位置（イントロンスプライシングサイトを含む）にある同一Feature Keyに属するFeatureを１個にまとめます。
Suppress Duplicated Qualifier機能
- Feature Fusionの結果などで、1個のFeature内に同一のQualifier=valueがあった場合は、これを1個にまとめます。
- Feature Keyを新規登録する場合に、既存のFeature Keyをテンプレートとして利用できるようになりました。
- Featureインポート時やEST（cDNA）マッピング時に、locus_id等に指定プレフィックスと任意のケタ数の連番を付加することができます。
- Mutlple FastA形式で書かれた複数染色体（コンティグ）配列を含むゲノム塩基配列上に、Multiple GFF形式でかかれた注釈を染色体別にインポートし、ただしいゲノム位置に登録します。
以下の用語（メニュー名、コマンド名、機能名）を変更しました。
- EST Mapping（新名称） ← cDNA Mapping（旧名称）
- ABI Mapping（新名称） ← Trace Mapping（旧名称）
GenomeTravelerによるIMC Feature Mapの表示
- GenomeTraveler（2010年3月に販売開始）からのIMC機能の呼び出しができるようになりました。
- GenomeTravelerは、次世代シーケンサのマッピングを実行し、その結果を描画するソフトウェアです．
- GenomeTravelerからは、IMCの多様なフィーチャー描画機能を呼び出すことができるため、次世代シーケンサの出力をゲノム位置特異的な注釈情報と対比して、グラフィカルに表示することが可能です。
