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English
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| IMCゲノミクス版機能ツアー | ||
| 比較ゲノム機能 | ||
| 環状ゲノムマップ： Circular Genome Map | ||
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環状ゲノムマップ（Circular Genome Map）は、同心円上に複数のゲノム染色体からのFeatureやContentを描画する機能である。IMC GE/AEに実装されており、IMCSEには実装されていない。１つのゲノム染色体の遺伝子等各Featureの分布状態や、塩基組成の変化などを表示することができる。配置するFeatureやContentの同心円の順序は任意に変更可能である。描画カラーはFeatureMapおよびContentMapの設定に順ずるため、その変更はFeatureMapおよびContentMapパラメータの変更によって行う。Mapの直径の変更も可能である。環状ゲノムマップの印刷は、PDF, PNG, EMFの各フォーマットで出力可能。 | |
| ドットプロット：Dot Plot | ||
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ドットプロット(Dot Plot）は、２つのゲノム染色体塩基配列の互いに相同な領域を2次元グラフ上にドット(点）で描画する機能です。IMC GE/AEに実装されており、IMCSEには実装されていません。２つのゲノム染色体塩基配列の相同部位を表示するもっとも基本的な機能です。IMCではBlastを用いて、相同領域の探索を行っているが、厳密にはWindowアプローチを利用します（IMCには未実装）。Windowアプローチは大きなゲノム間の比較には時間がかかります。ドットプロットの印刷は、PDF, PNG, EMFの各フォーマットで出力可能です。 | |
| 複数ゲノム表示可能な参照ゲノムマップ： Reference Genome Map | ||
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レファレンスマップは、現在Feature Map上に表示されている染色体ゲノム塩基配列と比較するために、別画面を開きそこに複数の近縁種の染色体ゲノム塩基配列を表示し、相同な領域に即時に移動し、その付近のマップを描画することが可能です。レファレンスマップ上にも、Feature Mapと同様にすべてのFeature Keyを描画することができます。また、レファレンスマップの印刷は、PDF, PNG, EMFの各フォーマットで出力可能です。 | |
| ゲノム・リアレンジメントマップ： Genome Rearrangement Map | ||
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ゲノム・リアレンジメントマップは、２つ以上の染色体ゲノム塩基配列間の相同な領域を検出し、相同な領域を直線で結んだマップを表示する機能です。IMCでは、塩基配列のみならず、CDSが同定されている配列間においては、アミノ酸配列の相同性によるマップをも描画できます。ゲノム・リアレンジメントマップはズームおよびスクロールが可能であり、マップを表示しているウィンドウもリサイズ可能。さらに、マップ上の特定のラインをクリックすると、Feature MapおよびReference Map上の対応する領域が表示される。ゲノムリアレンジメントマップの印刷は、PDF, PNG, EMFの各フォーマットで出力可能です。 | |
| ベン図（Venn Diagram)作成機能 | ||
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3種のゲノム間の共通遺伝子と独自遺伝子をベン図上に表示します。また、属する遺伝子のリストを表示し、その各遺伝子から直接フィーチャーマップ上の位置をジャンプ表示可能です。 | |
| 反復配列検出機能 | ||
| 反復配列検出機能は、Feature Mapに表示中の塩基配列から相同な領域を抽出し、一覧することができます。一覧表は、CSV形式ファイルとしてファイル出力可能です。 | ||
| 非相同領域検出機能 | ||
| 複数のゲノム塩基配列間での相同性がない領域を表示します。 | ||
| ｃDNAマッピング機能 | ||
| ESTやCＤＮＡファイルを参照ゲノム塩基配列上にマッピングし、それぞれのマップされた位置にエクソン・イントロン領域を明示します。マッピングされた配列は新規フィーチャーとして自動的に登録されます。 | ||
| ABIファイルマッピング機能 | ||
| ABIやSCFフォーマットのDNAシーケンサからの出力ファイルを、参照ゲノム塩基配列上にマッピングし、その位置で波形を含めたマルチプルアラインメントを表示します。 | ||