GenomeTraveler
GenomeTravelerは、IMCとMGGの中枢機能を統合した次世代シーケンサ配列解析用ソフトウェアです。
- 開発の背景
- 操作画面構成
- 機能と特長
- 取込み予定のIMC機能
- 今後の追加機能開発方針
Scaffolding機能を実装 < Version 1.1
- DeNovoアセンブルした結果の多量のコンティグをペアエンド配列を利用して自動的に結合し、Scaffoldを生成します。
- 生成されたScaffoldはグラフィカルに表示されます。
- 生成されたScaffoldは、間をN塩基で埋めたFastA配列として出力できます。
- 生成されたScaffoldは、自動アノテーション可能です。
GenomeTravelerの操作画面構成
-
M: メインコントロールウィンドウ
- A: プロジェクト・ゲノム登録ウィンドウ
- B: GFFインポートウィンドウ
- C: Sam/Bamインポートウィンドウ
- D: フラグメントマッピングウィンドウ
- E: ペアエンドマッピング
- F: 実行結果リストウィンドウ
- G: Scaffoldリストウィンドウ
- H: マッピング結果アラインメントビューアウィンドウ
- I: Scaffoldingアラインメントビューアウィンドウ
GenomeTravelerの機能と特徴
- マッピング機能
- 大量配列を参照ゲノム塩基配列上にマッピングし、可視化します。
- 複数の染色体別に同時にマッピングできます。
- ペアエンドのマッピングが可能です。
- 3種の新型シーケンサ配列データに対応しています。
- Roche/454 GS FLX
- ABI SOLiD
- illumina GA
- FastQ
- CSFastA
- 新型シーケンサ配列以外の従来配列データも同時にマッピング可能です。
- GenBank/EMBL
- FastA
- Plain Text
- ABI/SCF
- PHD
- ゲノムレベルビューア機能
- 参照ゲノムへのマッピング結果を、染色体全体の鳥瞰図から、塩基配列までズームインできます。
- 参照ゲノム配列上のすべての既存のフィーチャーを、マッピングされたShort Readsと並行して閲覧することができます。
- 全ゲノム、全染色体間をスムーズにナビゲートします。
- 比較表示機能
- IMCのフィーチャーマップ機能を搭載しています。
- タイリングアレイプロファイルとの並列表示が可能です。
- 任意のゲノム位置特異的数値プロファイルを並列表示可能です。
- インポート機能
- 他ソフトウェアによるマッピング結果をインポートし、表示します。
- BED
- GFF
- SAM/BAM
- その他
- 検出・同定機能
- 変異箇所を自動抽出し、既存のSNP注釈と比較表を作成、CSV出力します。
- ピーク検出し、フィーチャーとして登録します。
- ユーティリティ
- 任意のゲノム断片領域にマッピングされたShort ReadsをFastQ形式でファイル再出力できます。
- IMCの解析機能を順次取り込んでいます（下記参照）。
取込み予定のIMC機能（順次搭載）
- フィーチャーマップ表示機能（搭載完了）
- 任意のプロファイル表示機能（搭載完了）
- フィーチャーレイアウトスタイル機能（搭載完了）
- フィーチャー登録機能（搭載完了）
- 変異箇所のフィーチャー自動登録
- ピーク位置のフィーチャー自動登録
- フィーチャー検索機能（搭載完了）
- フィーチャーインポート・マッピング機能（搭載完了）
- SNPs配列マッピング
- ORF探索機能
- 一部遺伝子同定機能は外部ソフトウェアの結果インポートで実現
- 自動アノテーション機能
- 一部遺伝子同定機能は外部ソフトウェアの結果インポートで実現
- 配列パターン検索機能
- キーワード検索機能（搭載完了）
- DDBJ/GenBank/EMBLファイル生成機能（搭載完了）
- プライマー設計機能（搭載完了）
- アレイプロファイル表示機能（搭載完了）
今後の機能開発方針
GenomeTravelerは、利用者の要望を最大限に取り入れ、利用者と共により利用価値のあるソフトウェアを目指します。
- 利用者の要望を取り入れる会員制要望投稿ページを設けます。
- 以前お知らせした「機能投票システム」は、基盤となるSNSソフトウェアに機能不足があり、現在運用ペンディング中です。
- 追加機能の開発は、その投稿結果を重視します。
- なお、この仕組みは順次弊社開発の全製品に拡大します。
