MGG 主なウィンドウ構成
MGG のウィンドウ構成
メインコントロールウィンドウ
- メインコントロールウィンドウは、MGGの５つの主要な機能別ウィンドウを起動することができます。
- その他、オプション設定や、ソフトウェアのダウンロード、ヘルプ、ベクター配列の登録、検索用DBの作成、IMCの起動などが可能です。
- ５つの主要な機能別ウィンドウは、その実行順に、インポートウィンドウ、サンプルウィンドウ、アセンブルウィンドウ、マッピングウィンドウ、メタゲノムクラスタリングウィンドウです。
- 現在マッピングウィンドウは暫定的にSOLiDマッピング用と、それ以外のデータマッピング用の2つがあります。
インポートウィンドウ
- インポート可能な塩基配列ファイルは、以下の通りです。
- FastA Format(Multiple FastA, Single FastA)
- ABI Format
- SCF Format
- GenBank Format
サンプルウィンドウ
- サンプルウィンドウからアセンブルウィンドウへと転送されたフラグメントは、アセンブルの対象とすることができます。
- 逆に言うと、アセンブル対象フラグメントは、プロジェクトに転送され、登録されていなければなりません。
- 実際には、サンプル情報のうち、転送されるのは必要最小限のインデックス情報のみです。
アセンブル・マッピング閲覧ウィンドウ
- アセンブルウィンドウは、アセンブルを実行したり、アセンブル結果やマッピング結果を閲覧するためのウィンドウです。
- ここでは、複数のプロジェクトを登録することができます。
- １つのプロジェクトには、複数のアセンブルやマッピングを登録することができます。
- アセンブルやマッピングは、この単位ごとに実行されます。
- １つのアセンブル結果やマッピング結果は、アセンブルの下に格納されます。
- アセンブル結果から、次の操作が可能です。 コンティグ・リンケージの探索 マルチプル・トレース波形アラインメントビューアの表示 アセンブルにおけるコンティグ数・総塩基長統計の出力 コンティグ塩基長の分布表 メタゲノムをランダムショットガンでアセンブルした場合は、さらに、クラスタリングウィンドウにて生物種クラスタリングを実行することができっます。
マッピング実行ウィンドウ（MGGP プロフェッショナル版のみの機能）
- 近縁種ゲノム塩基配列へのマッピング機能を実行します。次世代シーケンサーからの大量のフラグメントデータでもマッピング可能です。
- 454, Solexa対応済。
- マッピングウィンドウは、マッピングを実行するためのウィンドウです。
- プロジェクトを登録することができます。
- １つのプロジェクトには、複数のアセンブルを登録することができます。
- アセンブルは、この単位ごとに実行されます。
- １つのアセンブル結果は、アセンブルの下に格納され、アセンブルウィンドウで閲覧することができます。
SOLiDマッピングウィンドウ（暫定仕様）
- SOLiDデータ専用のマッピングウィンドウです。マッピング結果は、アセンブルウィンドウで閲覧可能です。
メタゲノムクラスタリングウィンドウ（MGGP プロフェッショナル版のみの機能）
- メタゲノムクラスタリング結果を閲覧できます。
