MGG 操作インデックス
MGG Operation Index
データを読み込む、インポートする
- シーケンサー生データをインポートする
- 塩基配列をインポートする
- 品質チェックデータをインポートする
- 実験管理データをインポートする
- 次世代シーケンサ塩基配列をインポートする
データを保存する、書き出す、エキスポートする
- 塩基配列を書き出す
- コンティグのアラインメント情報を書き出す
- コンティングコンセンサスと参照ゲノムのアラインメントを出力する
- コンティグの塩基配列を書き出す
- 参照ゲノム塩基配列とコンセンサス配列の不一致箇所を出力する
データをみる、眺める
- 波形データを見る
- 塩基配列を見る
- 塩基長別、QualityValue別ヒストグラムを眺める
- フラグメント別品質評価グラフを眺める
- プレート別品質評価グラフを眺める
- 次世代シーケンサのベースコール品質を眺める
- 参照ゲノム塩基配列とコンセンサス配列の不一致箇所を眺める
印刷する
- 塩基長別、QualityValue別ヒストグラムを印刷する
- フラグメント別品質評価グラフを印刷する
- プレート別品質評価グラフを印刷する
- アセンブルの進行状況をヒストグラムで印刷する
命名規約を適用する
- 命名規約を作成する
- 命名規約を適用する
- プレートID、ウェルIDを抽出し、プレート毎にディレクトリを作成する
- プレートIDを自動的に生成する
データのチェックを行う
- 品質チェックを行う
- ベクター配列汚染のチェックを行う
- 品質不良塩基をトリミングで取り除く
アセンブルを実行する
- アセンブルのためのProjectを作成する
- トリミング済みFragmentデータをプロジェクトに転送する
- Projectの下にAssembleを登録する
- アセンブル対象のフラグメントを選択する
- アセンブル対象のフラグメントを検索する
- アセンブルの実行を中止する
データチェックからアセンブルを自動実行する
- 自動実行の設定
アセンブル結果をみる
- アセンブルの結果サマリーを見る
- アセンブルの進行状況をヒストグラムで見る、印刷する
- コンティグのアラインメントを眺める
- Mate情報からコンティグ同士の位置を推定する
- フラグメントがどこコンティグにアセンブルされたか検索する
マッピングを実行する
- 次世代シーケンサー塩基配列を既知近縁ゲノムにマップする
- 参照ゲノム塩基配列を自動的に分割し、マッピングする
マッピング結果をみる
- マッピング結果のアラインメントを閲覧する
- マッピング結果のCoverage Depthを見る
- 参照ゲノム塩基配列との変異塩基をリスト表示する
- 参照ゲノム塩基配列とマッピング結果のコンセンサスを比較する
登録する
- 命名規約を登録する
- ベクター塩基配列を登録する
- よく使うディレクトリ、フォルダーを登録する
- Projectを登録する
- Assembleを登録する
- 品質チェックソフトウェアを登録する
- 波形表示編集ソフトウェアを登録する
- アセンブルソフトウェアを登録する
- BLASTを登録する
- SLIM Searchを登録する
- Blatを登録する
- ClustalWを登録する
設定する
- 表示カラーを変更する
- 使用するソフトウェアを設定する
- トリミングパラメータを設定する
- ベクターチェックパラメータを設定する
- アセンブルパラメータを設定する
- （アセンブル・データ）サーバーを設定する
- コンセンサス指数プロファイルを設定する
- IMC起動方法を設定する ディレクトリ、フォルダーを設定する
- ズーム、スクロールを設定する
- クラスタリングパラメータを設定する
- Proxy Serverを設定する
- フォントを設定する
- ウィンドウサイズを設定する
アノテーションを実行する
- コンティグ塩基配列付でIMCGEを起動する
- （以下はIMCGEの機能です。IMCGEは別売となります）
- 原核生物ゲノムやｃDNA中のORF候補を抽出する
- ORFをCDSとして登録し、アミノ酸翻訳する
- 指定したデータベースに対してホモロジー検索を実行する
- ホモロジー検索結果を転記する
- 自動アノテーションを実行する
