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2010年2月26日

配列操作
- 配列を入手する
  - 系統樹をたどる
- 配列を読込む
- 配列を書出す
- 配列を結合する
読込む
- 遺伝子同定結果
- 注釈を読み込む
- アノテーション情報
- 相同性解析結果
- アレイファイル
- 次世代シーケンサ配列
- アセンブル結果を読み込む
- マッピング結果を読み込む
書出す
- 塩基配列を
- 注釈を書き出す
- アレイプロファイルを
- マッピング結果を
- アセンブル結果を
- プライマー配列を
計算する・数える
描画・印刷する
クローニング
- プライマー設計
- プライマー管理
- PCR
  - ゲノム領域を増幅
- 制限酵素反応
  - 環状ベクターの開環
- ライゲーション
  - セルフライゲーション
- ゲル電気泳動
  - 制限酵素消化断片のゲル電気泳動
- インサートチェック
配列解析
- 組成解析
- 信号解析
- 核酸配列解析
- アミノ酸配列解析
遺伝子解析
- DeNovo探索
- マッピング探索
- クラスタリング探索
相同性解析
- 相同性検索
- 検索用データベース作成
- 相同性検索ソフトの選択
マルチプルアラインメント
- 任意の配列からマルチプルアラインメント作成
- 相同性検索に引き続いてマルチプルアラインメントを作成
進化解析
- 分子進化系統樹
  - アミノ酸の分子進化系統樹を描く
変異解析
- 変異部位を発見する
  - 次世代シーケンサデータを使う
  - 従来型ABIファイルを使う
発現解析
アノテーション
ゲノム内解析
- ORF抽出
- スタートコドン変更
- アミノ酸翻訳
- 複製開始点
- 逆相補鎖配列生成
比較ゲノム解析
- 環状ゲノムマップ
- 多重ゲノムアラインメント
- ドットプロット
- ゲノムリアレンジメントマップ
- Vennダイアグラム
メタゲノム解析
パスウェイ解析
アレイ解析
- タイリングアレイ
- 遺伝子レベルアレイ
次世代シーケンサ
- 参照ゲノムに貼付ける
- DeNovoアセンブルする
アセンブル
- DeNovoアセンブル
マッピング
- トレース波形マッピング
- EST配列マッピング
- アミノ酸配列マッピング
- SNPsデータ
- NGSフラグメント
ビューア
- ゲノムを見る
- 遺伝子を見る
- 発現プロファイルを見る
  - アレイマップ
- 組成プロファイルを見る
  - コンテントマップ
  - アミノ酸プロファイルマップ
- 組成を見る
  - コドン使用頻度
- 変異を見る
- アラインメントを見る
- アセンブル結果を見る
- マッピング結果を見る
- 系統樹を見る
プロファイル
カラー表示
- フィーチャーカラー分類
- 塩基配列カラー表示
  - 塩基をカラー表示
  - 塩基品質をカラー表示
- アミノ酸配列カラー表示
データフォーマット
- 配列ファイル
  - FastA
  - GenBank
  - EMBL
  - DDBJ
  - GCG
- 注釈定義ファイル
  - GFF
- 次世代シーケンサファイル
- アレイプローブファイル
- アレイ発現ファイル
- アセンブルファイル
  - ABI/SCF
  - FastA
  - GenBank
- マッピングできるファイル
  - FastA
  - FastQ
  - Solexa
  - CSFastA

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