IMC操作インデックス

IMCを起動する
- Windows Xp/Vista/7でIMCを起動する
- Mac OS XでIMCを起動する
IMCを終了する
データを読み込む、インポートする
- 注釈付フォーマットの塩基配列ファイルをインポートし、そのFeatureマップを表示する
  - GenBank塩基配列ファイルをインポートする
- 塩基配列ファイルをインポートする
- 様々な形式のFeature定義ファイルをインポートする
  - CSV形式(A, B, C)のファイルに記述されたFeatureをインポートし、登録する
  - Glimmer(Glimmer1, Gliimmer2)形式ファイルをインポートし、Featureとして登録する
  - 旧XanaGenomeで解析された結果をインポートし、Featureとして登録する
  - 旧GenomeGAMBLERで解析された結果をインポートし、Featureとして登録する
  - tRNAScan-SEで予測された結果をインポートし、Featureとして登録する
  - GeneScan形式ファイルをインポートし、Featureとして登録する
- Blast検索結果をインポートし、現在表示中のFeature Map上のFeatureに貼り付ける
- DNAアレイ関連ファイルをインポートする
  - アレイのプローブ配列データをインポートする
  - アレイのCDFファイル（チャネルデータ）をインポートする
  - アレイのPBMAPファイルをインポートする
  - アレイのCELファイル（発現データ）をインポートする
  - 全データを一括してインポートする
データを保存する、書き出す、エキスポートする
- FeatureMap上に表示中の注釈付塩基配列ファイルを保存する
  - 現在のファイルを上書きする
    - デモ動画　Flash Movie
  - 別名で保存する
    - デモ動画　Flash Movie
- DDBJ大量データ登録用ファイルを作成し、保存する
- プローブ付塩基配列ファイルを書き出す
- アレイ発現強度データ付塩基配列ファイルを書き出す
- 発現強度データが存在しないプローブリストを書き出す
数値データをみる、眺める

データの分布を見る
アレイデータの分布を見る
フィーチャー上の数値を見る
フィーチャーマップ上にプロファイルをみる
２つのアレイの相関をプロットしてみる
遺伝子上、遺伝子間のプローブの平均発現量をみる
発現データが存在しないプローブのリストをみる

配列データを入手する
- BLASTDB作成用のデータを入手する
  - GPFFファイルをダウンロードする
  - NR(AA)ファイルを入手する
- NCBIからFastAファイルをダウンロードする（iSpider利用あるいは手動操作）
- NCBIヵらGenPeptファイルをダウンロードする（iSpider利用手動操作）
Feature Mapを操作する

Feature Mapを動かす
- デモ動画 Flash Movie 1分07秒
- Feature Mapを横にスクロールする
- 塩基配列をスクロールする
- 線カーソルを移動する
- Feature Mapを移動する
- Feature Mapの別の位置にジャンプする
- Feature Mapを拡大・縮小する
Feature Mapをカスタマイズする
Feature を操作する
１個のFeatureを操作する
１つのFeatureを新規に作成、登録する
１つのFeatureに注釈をつける
１つのFeartureを削除する
１つのFeatureの配列でホモロジー検索を実行する
同時に複数の位置が連続するFeatureを操作する
複数のFeature を削除する
同時に全Featureを操作する
全Featureを削除する
Feature Keyを操作する
新規にFeature Keyを作成、登録する
Feature Keyを削除する
Feature Keyを指定して、検索を行う
Feature Key別のFeatureの登録数を表示する

表示する

フィーチャーマップ（Feature Map）を表示する
参照マップ（Reference Map）を表示する
プラスミドマップを表示する
環状ゲノムマップ(Circular Genome Map)を表示する
2種のゲノム間のDotPlotを表示する
PCR Primerリストを表示する

印刷する
- Featrure Mapを印刷する
- Reference Mapを印刷する
- 環状ゲノムマップを印刷する
- プラスミドマップを印刷する
- DotPlotを印刷する
- 描画像を出力する
- デフォールトプリンターに直接印刷する
- PDF形式でファイル出力する
- PNG形式でファイル出力する
- EMF形式でファイル出力する
登録する

ホモロジー検索用のデータベースを登録する
作成する
ホモロジー検索用データベースを作成する

カラーを変更する

Featureの表示カラーを変更する
Blast検索結果のスコアなどに従ってFeatureの表示カラーを変更する

設定を変更する
- オプション設定ダイアログの概要
  - デモ動画

マップに表示するデータ系列を設定する
スケールを設定する
対数表示を設定する
発現データ系列間の演算を設定する
データ系列のラベルを設定する
プロットの方法を設定する
フィーチャーの表示方法を設定する
メインウィンドウサイズを設定する

クローニングを行う

制限酵素反応を行う
注釈付塩基配列の制限酵素認識部位を表示する
注釈付塩基配列を制限酵素認識部位で、実際に消化切断する
生成された制限酵素消化断片を注釈付塩基配列ファイルとして保存する
指定した制限酵素でベクターを開環する
PCRプライマーを設計する
指定したDNA領域を増幅するPCRプライマーを設計する
設計されたPCRプライマーを登録する
設計されたPCRプライマーで、PCRを実行する
PCRプライマーを登録する
マウスでドラッグした領域をPCRプライマーとして登録する
ライゲーションを行う
２つの直鎖状DNA断片をライゲーションする
断片同士の末端をチェックし、相補性のないもの同士はライゲーションしない
ベクターに逆にインサートされた産物も生成する
生成されたライゲーション産物を注釈付GenBankファイルとして保存する
セルフライゲーションを行い、環状DNAを生成する
逆方向のインサートチェックに最適な制限酵素をリストする
インサートチェック用制限酵素でゲル電気泳動をシミュレートする
プラスミドマップを描画し、印刷する
ライゲーションによりインサートの入ったプラスミドマップを描画する
プラスミドマップを画像ファイルとして保存する
プラスミドマップをPowerPointに貼り付ける

Annotation を行う

Annotation Windowを開き、アノテーションを行う
Description Windowを開き、アノテーションを行う
ホモロジー検索結果をアノテーションとしてCDS Featureに転記するトップヒットのエントリー内容を自動的に転記する
任意のヒットエントリー内容を手動で転記する

Mappingを行う

ABIファイルあるいはSCFファイルのマッピングを行う
ABI/SCFファイルのマッピングを行う　
あるゲノム位置に属するABI/SCFデータの波形アラインメントを行う

データを補正する

アレイ発現強度値を補正する
PMからMMを減ずる補正を行う
発現強度のSD値を使って、データ品質によるトリミングを行う
飽和発現強度以上のデータの処理方法を決定する
アレイ全体でのプローブの発現強度の順位によるトリミングを行う
アレイ全体でのプローブの発現強度の上位Ｎ％、下位Ｍ％トリミングを行う
指定塩基長のウィンドウ内での順位トリミングを行う
指定プローブ数のウィンドウ内での順位トリミングを行う
指定塩基長のウィンドウ内での割合によるトリミングを行う
指定プローブ数のウィンドウ内での割合によるトリミングを行う
指定の発現強度値以上、以下のデータのトリミングを行う
R-I変換を行う
メディアンあるいは平均値によるデータ変換を行う
Trimmed Mean変換を行う
Trimmed Median変換を行う
アレイ間の発現強度演算を行う
演算結果をファイルに出力する

グラフを描く

アレイ発現強度の分布グラフを描画する
グラフ描画パラメータを変更する

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IMCのVersionを確認する

現在使用中のIMCのVersionを確認する
IMCの最新Versionの有無をIMC起動時に自動的に確認する
IMCの最新Versionの有無を任意の時点で確認する
IMCソフトウェアをダウンロード、インストールする