IMC機能一覧表
塩基配列ファイル操作機能
- 塩基配列ファイル読込み、フィーチャーマップの描画・印刷
- GenBank/EMBL形式塩基配列ファイル
- FastA形式塩基配列ファイル
- プレーンテキスト形式塩基配列ファイル
- 数字・空白文字を含む塩基配列ファイル
- シーケンシングファイル（ABI/SCF形式ファイル）
- ペーストによる塩基配列読み込み
- マップに表示中の塩基配列・フィーチャーのファイル保存・書き出し
- GenBank/EMBL形式ファイル
- FastA形式ファイル
- DDBJ形式大量塩基配列登録ファイル
- フィーチャーからの塩基配列ファイル作成
アミノ酸配列ファイル操作機能
- アミノ酸配列ファイル読込み、アミノ酸フィーチャーマップの描画・印刷
- GenPept形式アミノ酸配列ファイル
- FastA形式アミノ酸配列ファイル
- プレーンテキスト形式アミノ酸配列ファイル
- 数字・空白文字を含むアミノ酸配列ファイル
- ペーストによるアミノ酸配列読み込み
- マップに表示中のアミノ酸配列・フィーチャーのファイル保存・書き出し
- GenPept形式ファイル
- FastA形式ファイル
フィーチャーマップ操作機能
- 各種ファイルからのフィーチャーの新規・追加登録
- CSV形式のフィーチャーファイル
- Glimmerによる遺伝子同定結果ファイル
- GeneScanによる遺伝子同定結果ファイル
- RNAScan-SEによるtRNA同定結果ファイル
- 旧GenomeGAMBLERの遺伝子同定結果ファイル
- 旧XanaGenomeの遺伝子同定結果
- MGAによる遺伝子同定結果ファイル
- GFF形式のフィーチャーファイル
- JSNP形式のSNPsファイル
- フィーチャー操作
- フィーチャー新規登録、変更、削除
- フィーチャーのQualifier変更
- フィーチャーへの文献ファイルの付加・閲覧
- フィーチャーへの立体構造ファイルの付加・閲覧
- フィーチャーの形状、カラー、描画位置変更
- フィーチャーフュージョン機能
- 同一Qualifierの縮退機能
- 指定Qualifierのスクリーニング
- フィーチャーマップ描画・操作・印刷機能
- ワイドレンジマップズーム・スクロール
- ゲノム上の任意領域マップ表示機能
- 表示中フィーチャーマップの逆相補鎖変換機能（注釈同期）
- フィーチャーカラー分類表示
- 相同性スコア等によるカラー分類表示
- カテゴリによるカラー分類表示
- EC番号によるカラー分類表示
- 任意の分類体系によるカラー分類表示
- フィーチャーキー別のカラー表示
- フィーチャーキー別のカラー表示
- フィーチャーへのラベル表示
- 任意のQualifierをラベルとして表示
- 任意のラベルを入力
- フィーチャーマップの印刷
- 直接印刷
- 画像ファイル出力（PDF, EMF,PNGから選択）
- 任意の用紙、ページ設定
- フィーチャーレーン移動・高さ変更
- フィーチャーレイアウトスタイル機能
- フィーチャー検索機能
- フィーチャーキー検索
- フィーチャーへの注釈検索
- キーワード検索（部分一致）
- カテゴリ検索
- EC番号検索
- 任意の分類コード検索
- 操作履歴による検索
閲覧・描画機能
- フィーチャーマップビューア
- 参照ゲノムマップビューア
- GenBank/EMBLファイルビューア
- 配列整形ビューア
- DNA塩基配列表示・整形機能
- コーディング領域のアミノ酸翻訳機能
- 整形配列印刷機能
- ペアワイズ配列アラインメントビューア
- 多重配列アラインメントビューア
- 単一トレース波形ビューア・エディター
- 多重トレース波形ビューア
- 進化系統樹ビューア
- ゲノム再配置ビューア
- 環状ゲノムマップビューア
- プラスミドマップビューア
- ドットプロットビューア
- ベン図（Venn Diagram)ビューア
- 遺伝子アレイ発現マトリックスビューア
- アレイデータ補正ビューア
核酸配列解析機能
- 配列パターン検索
- 塩基配列パターン検索（IUPAC)
- CDS/RNA上の翻訳アミノ酸配列パターン検索
- ミスマッチ検索
- 遺伝子間領域あるいは遺伝子上流指定塩基以内の領域探索
- プライミング位置検索
- 制限酵素認識部位検索
- 配列相同性検索
- NCBI Blast（NCBI製）を使用する相同性検索
- SLIM Search（別売）を使用する相同性検索
- 配列アラインメント
- ClustalWを使用するマルチプルアラインメント
- ペアワイズアラインメント
- 分子系統樹の描画・印刷
- マルチプルアラインメント結果からの進化系統樹作成
- 分子系統樹の印刷
- EST(cDNA)配列のゲノム塩基配列上へのマッピング
- 配列組成解析
- フィーチャーマップに表示されている領域の下記の組成プロファイル
- GC/AT Content
- 単一塩基組成プロファイル
- GC/AT Skew
- Cumulative GC/AT Skew
- FickettによるTestCode?解析プロファイル
- フィーチャー別に、組成データをCSV形式でファイル出力
- ORF解析
- GC含量、GCスキュープロファイルの表示
- 原核生物ORF候補抽出
- 開始コドンの変更
- RBS(SD配列）の登録と表示
- ORF領域のアミノ酸翻訳
- コドン解析
- フィーチャーマップ上の全CDSフィーチャーのコドン使用頻度表表示
- 特定の領域に存在する複数のCDSフィーチャーのコドン使用頻度表を表示
- 特定の１つのCDSフィーチャーのコドン使用頻度表を表示
- コドン使用頻度表のCSVファイル出力
- 塩基配列組成・フィーチャー・コドン統計
- 全フィーチャー位置リスト作成
- 全フィーチャー塩基組成作成
- 全CDSフィーチャースタートコドン表示
- リストのファイル出力
クローニング操作機能
- PCRプライマー設計
- フィーチャーマップの塩基配列上の任意の領域をマウスドラッグで設計
- 設計されたプライマーセット一覧表の表示とファイル保存
- 設計された任意のプライマーペアのプライミング位置へのマップ連動
- 設計された任意のプライマーセットをフィーチャーとして登録
- プライマー塩基配列への変異導入
- Primer末端へのタグ配列付加
- Primer配列への制限酵素認識配列付加
- PCRプライマー管理
- プライマーリストからのプライミング塩基配列ファイル自動読込み
- 複数のプライマーリストファイルの切換え
- プライマーリストのソート機能
- PCR反応
- プライマー設計からPCRまでの連続操作
- PCR産物の注釈付塩基配列保存
- 1塩基突出末端の生成
- リン酸化・脱リン酸化末端の生成
- 平滑末端の生成
- リン酸化・脱リン酸化末端の生成
- 制限酵素反応
- 制限酵素によるDNA塩基配列の認識部位リスト表示
- 認識部位リストから指定認識位置へのマップ連動
- 制限酵素認識部位のマップ表示
- 制限酵素認識部位のフィーチャーとしての登録
- DAM/DCMによる非切断部位の表示
- 制限酵素によるDNA塩基配列の消化切断（注釈保持）・個別ファイル生成
- DAM/DCMによる切断阻害
- クローニングによるインサートDNA断片のチェックに最適な制限酵素探索
- ゲル電気泳動
- 制限酵素消化断片のゲル電気泳動表示
- インサートチェック用制限酵素によるベクター消化断片電気泳動表示
- PCR産物・制限酵素消化断片の末端操作
- 末端平滑化反応（Blunting)
- リン酸化・脱リン酸化反応
- T-ベクターの作成
- ライゲーション反応
- 末端適合性判定付き、１断片セルフライゲーション・環状化
- 末端適合性判定付き、2断片間ライゲーション・環状化
- T-Aクローニング
- プラスミドマップの描画・印刷
- インサートDNAを吹き出しにしたプラスミドマップの作成
- インサートDNAあるいはベクター領域のいずれかを不可視化
- プラスミドマップ上の表示フィーチャーキーの選択と表示形状の変更
- 特定のフィーチャーキーが描画される同心円の指定
- プラスミドマップの印刷(PDF, EMF, PNG)
ラボノート機能
- インシリコ実験操作自動記録機能
- 記録選択表示機能
- 記録印刷機能
アミノ酸配列解析
- アミノ酸配列パターン検索
- アミノ酸相同性検索
- フィーチャーマップ上のCDSから参照ゲノムマップ上のCDSへの検索
- 参照ゲノムマップ上のCDSからフィーチャーマップ上および参照ゲノムマップ上の他のDNA上のCDSへの検索
- 任意のCDSから登録済みアミノ酸データベース検索
- 任意のCDSからNCBI NetBlastアミノ酸データベース検索
- アミノ酸配列マルチプルアラインメント
- アミノ酸配列のゲノム塩基配列上へのマッピング
- アミノ酸プロファイル解析
- 二次構造指標
- 親水性指標
- 疎水性指標
- 表面性指標
- アミノ鎖柔軟性指標
- 極性基指標
- 分子量指標
- 二次構造指標
- 重み付け総合指標の作成機能
配列検索用データベース生成機能
- NCBI BLAST用データベース生成
- ダウンロード用圧縮ファイルから直接データベース作成機能
- データベース連結機能
- GenPept圧縮ファイルからの直接注釈転記用データベース作成
- SLIM Search用データベース自動生成
ゲノムマッピング機能
- EST(cDNA)塩基配列ファイルマッピング
- アミノ酸配列マッピング
- 複数ゲノムへのcDNA塩基配列自動マッピング
- SNPｓ塩基配列ファイルマッピング
- トレース波形データマッピング
アノテーション機能
- アノテーション用データベース作成機能
- 注釈転記用データベース作成
- 外部サーバでの相同性検索実行用クエリー配列生成機能
- 外部サーバでの相同性検索実行結果の自動リンク機能
- アノテーションウィンドウ機能
- 任意のゲノム領域のアノテーションウィンドウ表示
- Qualifier値編集機能
- 任意の相同性検索結果表示
- 相同性検索結果から任意のQualifier値転記機能
- 配列表示カスタマイズ機能
- スタートコドン候補表示・変更機能
- 連動アミノ酸翻訳機能
- RBS(SD配列）フィーチャー表示機能
- CDS領域表示方法カスタマイズ機能
- GenBank/EMBLファイルビューア機能
- アノテーション整理機能
- 不必要Qualifier自動除去機能
- DDBJ大量塩基配列登録用ファイル作成
- フィーチャーフュージョン機能
- Qualifier縮退機能
- バッチホモロジー検索機能
- 全ゲノム領域自動ホモロジー検索
- 任意の指定領域自動ホモロジー検索機能
- 未検索フィーチャーのみの自動ホモロジー検索機能
- 指定Qualifierの注釈自動転記機能
- 自動アノテーション機能
比較ゲノム機能
- 多重参照ゲノムマップ描画・操作・印刷
- 複数の染色体のフィーチャーマップを相同フィーチャーでアラインメント
- 連動・非連動スクロール・ズーム機能
- フィーチャーマップとの間の相同性検索
- 核酸配列相同性検索およびアラインメント
- アミノ酸配列相同性検索およびアラインメント
- 各ゲノム染色体表示行の移動機能
- 環状ゲノムマップの印刷（PDF,EMF,PNG)
- 環状ゲノムマップ描画・印刷
- 複数の注釈付染色体塩基配列の任意のフィーチャーを表示
- 複数の染色体塩基配列の任意のコンテント・スキューを表示
- フィーチャー・コンテント表示順序変更
- GenomeMap表示指定Featureのみの表示
- 同心円別の独立カラー設定
- 環状ゲノムマップの印刷（PDF,EMF,PNG)
- ゲノム再配置マップ（Genome Rearrangement Map）の描画・操作・印刷
- 複数の染色体間の領域別塩基相同性によるマップ
- 複数の染色体間の領域別アミノ酸相同性によるマップ
- 解析結果のCSVファイル出力
- リンクのカラー設定
- ゲノム間非相同領域の表示
- ゲノム・リアレンジメントマップとフィーチャーマップ、レファレンスマップの連動
- ゲノム・リアレンジメント・マップの印刷（PDF,WMF,PNG)
- ベン図（Venn Diagram）の描画・操作・印刷
- リストのＣＳＶファイル出力
- ベン図の描画カラー変更
- 選択CDS領域マップの表示
- ドットプロット（DotPlot)描画・印刷
- BLAST使用のDotPlot作成
- Sliding Window方式使用のDotPlot作成
- DotPlotの印刷（PDF,WMF,PNG)
- ゲノム塩基配列上の反復配列の抽出
- ゲノム塩基配列上の反復配列リスト表示
- 反復配列リストからのフィーチャーマップ移動操作
- 反復配列リストのCSVファイル出力
- ゲノム間非相同領域の抽出機能
タイリングアレイデータ解析機能
- プローブ・マッピング機能
- Affymetrix社製プローブ（BPMAPファイル等)・マッピング
- Nimblegen社製プローブ（NDFファイル)・マッピング
- Agilent社製プローブ・マッピング
- SLIM Search（別売）使用による高速プローブ・マッピング
- アレイファイルインポート
- Affymetrix社CELファイルインポート
- Nimblegen社PAIRファイルインポート
- CSV形式ファイル発現データファイルインポート
- アレイ内データ補正
- 発現強度値分布グラフ表示
- 発現強度値累積分布グラフ表示
- PM - MM 変換
- 全域Trimming（順位、比率、発現強度）
- 塩基配列ウィンドウ内トリミング（順位、比率）
- プローブ数ウィンドウ内トリミング（順位、比率）
- 平均値・中央値移動
- 補正計算順序変更自由
- 補正計算セットのコピーアンドペースト
- 複数個所にマッピングされるプローブの発現量補正（コピー数にて除算する）
- アレイ間データ補正・アレイ間演算
- 発現強度値プロファイル描画・印刷
- 最大6系列（順鎖6系列、逆相補鎖6系列）までのプロファイル同時並行表示
- 逆相補鎖プロファイルの順鎖プロファイルへのオーバーレイ
- アブノーマル値プローブの可視化（不可視化）
- フィーチャーマップとの連動ズーム・スクロール
- フィーチャーマップと並行して印刷（PDF,EMF,PNG)
- エラープローブ検索・リスト表示機能
- エラープローブリスト表示機能
- エラープローブリストCSVファイル出力機能
- エラープローブからのフィーチャーマップ、プロファイル移動機能
- プローブレベルから遺伝子レベルへの発現強度値変換
- CDSフィーチャー上やCDS間にマッピングされるプローブの発現強度をトリム集計
- 遺伝子別及び遺伝子間別発現強度値クラスタリング
- 遺伝子上発現強度および遺伝子間発現強度でのクラスタリング
- 発現強度値の対数変換
- アレイ別遺伝子別発現強度マトリックスの描画
- マトリックスのピクセル表示
- 発現強度段階の自動カラー設定
- クラスタリングツリーの描画
- マトリックスの印刷（PDF,WMF,PNG)
- 結果の保存と再読込み
各種設定およびユーティリティ
- ソフトウェア最新Version確認・ダウンロード・インストール
- ヘルプのダウンロード
- 関連サイトの登録・簡易接続機能
- 旧形式注釈付塩基配列ファイルのチェック機能
- GenBank/EMBL圧縮形式ファイルの生物系統樹式展開機能
- gz圧縮Multiple GenBankファイルの展開
- 各エントリーのOrganism生物種名を解析し、ツリー上のディレクトリ/フォルダーを生成・格納
